1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 서신중학교를 운영하는 학교법인인 원고는 설립 당시 화성시 서신면 전곡리 55-14 구거 2,938㎡ 외 46 필지 토지(이하 '이 사건 토지‘이라 한다)를 출연받은 이래 이를 기본재산으로 보유하다

2010. 1. 5. 이 사건 토지에 관하여 공익사업자인 경기도시공사 등의 협의매수에 응하여 경기도시공사 등으로부터 보상금 24,083,197,934원을 수령하였는데, 이중 일부 비용을 제외한 23,099,147,294원(이하 ’이 사건 토지 매각 대금‘이라 한다)을 고유목적사업 준비금으로 손금산입하여 2009. 3. 1.부터 2010. 2. 28.까지 사이의 사업연도에 관한 법인세 신고를 마쳤다.

나. 원고는 위 고유목적사업 준비금 23,099,147,294원을 정기예금으로 예치하여 관리하여 오다 2011. 6. 30. 관할 교육청의 허가를 받아 그 정기예금 일부를 해지하여 2011. 8. 3. 서울 강남구 삼성동 143-24 지상 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 10,200,000,000원에 취득하였다.

다. 중부지방국세청은 학교법인에 대한 고유목적사업준비금의 사후관리를 조사한 결과 원고가 고유목적사업 준비금으로 손금에 산입하였던 23,099,147,294원 중 이 사건 건물의 취득에 사용된 10,200,000,000원은 고유목적사업에 사용되지 아니한 것으로 판단하여 이를 관할 세무서장인 피고에게 통보하였다. 라.

피고는 이 사건 토지 매각 대금 23,099,147,294원은 고정자산의 처분으로 인하여 생긴 수입으로서 법인세법 제3조 제1항 제5호에 해당하여 원칙적으로 법인세부과 대상이었으나 원고가 이를 고유목적사업 준비금으로 손금계상하여 법인세 부과대상에서 제외되었는데, 그 중 이 사건 건물의 취득에 사용된 10,200,000,000원은 고유목적사업에 사용하지 아니한 것이라는 것을 이유로 법인세법 제29조 제4항 제4호를...