2008감심0305 (2008.11.24)

비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례

비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례는 자산의 양도당시를 기준으로 적용되어야 한다고 주장하나 사업연도 중에 수익사업을 영위한 경우 당해 사업연도에 발생한 자산양도소득 전부에 대하여 과세특례가 적용될 수 없는 것임

결정 내용은 붙임과 같습니다.

구 법인세법 제3조 (과세소득의 범위)

구 법인세법 제29조 (고유목적사업준비금의 손금산입)

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2007. 8. 20. 원고에 대하여 한 2003사업연도 법인세 636,261,300원의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의경위

가. 비영리내국법인인 원고는 2003. 9. 3. 소외 주식회사 ○○○그룹에 평택시 ○○읍

○○리 ○○○-2 답 1,140㎡, 같은 리 ○○○-5 전 4,109㎡, 같은 리 ○○○-1 전 615㎡, 같은 리 ○○○-2 도로 327㎡ 등 4필지 합계 6,191㎡를 2,248,800,000원에, 2003. 9. 16. 소외 김○승에게 같은 리 ○○○-1 전 539㎡, 같은 리 ○○○-3 도로 83㎡ 등 2필지 합계 622㎡를 28,266,000원에 각 매도하였다(이하 위 6필지를 '이 사건 토지'라 한다).

나. 원고는 2003. 11. 11. 이 사건 토지의 양도소득에 대하여 법인세법 제62조의2에 따라 소득세법에 정한 방법(기준시가 기준)으로 계산한 95,337,140원을 법인세로 예정 신고함과 아울러 자진 납부하였다.

다. 원고는 2003. 12. 2. 서울 강서구 ○○동 799-10 대 596.7㎡ 지상 상가건물(지상 3층, 지하 1층)을 매수하였고, 2003. 12. 5. 강서세무서장으로부터 2003. 12. 2.자로 임대수익사업을 개시한다는 내용의 사업자등록증을 교부받았다.

라. 피고는 2003. 8. 20. 원고가 2003사업연도에 부동산임대업을 영위하였으므로 이 사건 토지의 양도소득에 대하여 법인세법 제62조의2를 적용할 수 없다는 이유로 법인세법에 정한 방법(실거래가 기준)으로 계산한 810,782,580원을 원고의 2003사업연도 법인세로 부과처분하였다가 2008. 9. 1. 이를 636,261,300원으로 감액하는 경정처분을 하였다(이하'이 사건 처분'이라 한다). 한편, 피고는 이 사건 처분의 과세표준을 계산함에 있어 원고가 2003. 11. 7.부터 2004. 4. 10.까지 사이에 고유목적사업에 실제 지출한 224,887,900원을 2003사업연도의 손금으로 인정하였다.

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2007. 11. 16. 감사원에 심사청구를 제기하였으나, 2008. 11. 24. 감사원은 원고의 심사청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 갑제1 내지4호증,을제1 내지5호증의각기재

2. 주장및판단

가. 원고의주장

(1) 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례를 정한 법인세법 제62조의2는 자산의 양도 당시 비영리내국법인이 법인세법 제3조 제2항 제1호에서 정한 사업을 영위하지 않았다면 당연히 적용되는 규정이므로, 원고의 경우에도 법인세법 제62조의2를 적용할 수 있음에도, 이와 달리 원고의 이 사건 토지의 양도소득에 대하여 법인세법 제62조의2의 적용을 배제한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 피고가 원고의 2003사업연도 소득금액을 계산함에 있어서 법인세법 제29조 제1항에 정한 고유목적사업준비금(이 사건 토지의 양도소득의 100분의 50 상당액)을 손금으로 산입하여야 함에도, 이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련 법령

구 법인세법 제3조 (과세소득의 범위)

구 법인세법 제29조 (고유목적사업준비금의 손금산입)

구 법인세법 제62조의2 (비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례)

구 법인세법 시행령 제56조 (고유목적사업준비금의 손금산입)

다. 판단

(1) 첫번째주장에관하여

법인세법 제62조의2 제1항 제1문은'비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 자산양도소득 이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다'고 규정하고, 동조 제9항은'제1항 내지 제8항에 규정하는 자산양도소득에 대한 특례의 적용방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다'고 규정하며, 동법 시행령 제99조의2 제2항은'법 제62조의2 제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도소득에 대한 과세특례는 동조 제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 이를 적용한다. 이 경우 각 사업연도 단위별로 이를 적용하지 아니한 때에는 당해 사업연도의 양도소득에 대하여는 법 제62조의2의 규정을 적용하지 아니한다'고 규정하고 있다.

법인세법 제62조의2의 취지는 수익사업을 영위하지 않는 비영리내국법인은 기장과 세무신고능력이 부족한 경우가 많기 때문에 납세절차를 간소화하기 위하여 자산양도소득에 대하여 양도소득세 과세체계에 따라 과세표준신고를 하고 그에 따라 계산한 금액 을 법인세로 납부하면 이를 법인세 과세표준신고에 갈음할 수 있도록 하는 것이라고 보이는 점, 법인세는 기간과세로서 과세기간인 사업연도 종료 당시에 과세요건이 완성 되고 그때 조세채무가 성립하는 것이므로 사업연도 진행 중에 세법이 개정되었을 경우 에도 그 사업연도 종료 당시의 법에 의하여 과세를 하고 조세채무의 범위도 결정되는 점 등을 종합하여 보면, 법인세법 시행령 제99조의2 제2항에서 법인세법 제62조의2 제 1항에 의한 과세특례는 자산의 양도일이 속하는 사업연도 단위별로 적용한다고 규정한 데에는 비영리내국법인이 사업연도 중에 법인세법 제3조 제2항 제1호에서 규정하는 사 업을 영위하게 되는 경우에는 당해 사업연도에 발생한 자산양도소득 전부에 대하여 법인세법 제62조의2를 적용할 수 없다는 취지가 포함되었다고 해석함이 상당하다.

따라서, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

(2) 두 번째 주장에 관하여

법인세법 제29조 제1항은 비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하도록 규정하고 있는 바, 원고가 결산조정에 따라 이 사건 토지의 양도소득의 100분의 50 상당액을 고유목적사업준비금으로 손금에 계상하지 않은 만큼, 비록 원고가 양도소득에 따른 세액을 오해하여 양도소득의 10분의 50 전액을 고유목적사업준비금으로 손금에 계상하지 않았다 하더라도, 원고가 이 사건 토지의 양도소득에서 실제 고유목적사업을 위해 지출한 금액을 초과하여 법령상 고유목적사업준비금의 손금한도액 전부를 손금에 산입할 수 없으므로, 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면,원고의청구는이유없으므로주문과같이판결한다.