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대법원 2012. 1. 26. 선고 2010두3763 판결
[법인세부과처분취소][공2012상,378]
판시사항

수익사업을 영위하지 않는 비영리내국법인인 갑 재단법인이 토지를 양도한 후 같은 사업연도 내에 수익사업인 부동산임대업을 개시한 사안에서, 갑 법인이 토지 양도로 얻은 양도소득에 대하여 과세특례조항인 구 법인세법 제62조의2 를 적용할 수 있다고 본 원심판단은 정당하다고 한 사례

판결요지

수익사업을 영위하지 않는 비영리내국법인인 갑 재단법인이 토지를 양도한 후 같은 사업연도 내에 수익사업인 부동산임대업을 개시한 사안에서, 구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제62조의2 의 문언 체계 및 수익사업을 영위하지 않는 비영리법인은 영리를 추구하는 법인이 아닌 점을 고려하여 자산양도소득에 대한 법인세 부담이 양도소득세보다 과중하여지지 않도록 하려는 입법 취지 등에 비추어, 갑 법인이 수익사업을 영위하지 않던 기간에 토지를 양도하여 양도소득이 발생했으므로, 그 후 같은 사업연도 내에 수익사업을 영위했더라도 양도소득에 대하여 과세특례조항인 구 법인세법 제62조의2 를 적용할 수 있다고 본 원심판단은 정당하다고 한 사례.

원고, 피상고인

재단법인 대유원 (소송대리인 법무법인 랜드마크 담당변호사 최성훈)

피고, 상고인

강서세무서장

주문

상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

이유

구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법’이라 한다) 제62조의2 제1항 은 비영리내국법인( 법인세법 제3조 제2항 제1호 에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다)은 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 ‘자산양도소득’이라 한다)이 있는 경우에는 제60조(과세표준 등의 신고) 제1항 의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다고 규정하고, 같은 조 제2항 제1항 의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법 제92조 (양도소득과세표준의 계산)의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조(양도소득세의 세율) 제1항 각 호 의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다고 정하고 있다(이하 ‘이 사건 과세특례조항’이라 한다). 그리고 법인세법 제3조 제2항 제1호 는 제조업, 건설업, 부동산임대업 등의 수익사업(이하 ‘수익사업’이라 한다)을 열거하고 있다.

원심은 그 채용 증거를 종합하여, 수익사업을 영위하지 않는 비영리내국법인인 원고가 2003. 9.경 이 사건 토지를 양도한 후 같은 사업연도 내인 2003. 12.경 수익사업인 부동산임대업을 개시한 사실 등을 인정한 다음, 법인세법 제62조의2 제1항 소정의 ‘수익사업을 영위하는 비영리내국법인’은 위 규정의 문언 체계상 ‘양도소득이 발생할 당시 수익사업을 영위하는 비영리내국법인’이라고 새기는 것이 자연스러운 점, 이 사건 과세특례조항이 적용되면 법인세법 제62조의2 제7항 에 따라 자산양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 하므로 자산양도시점을 기준으로 이 사건 과세특례조항의 적용 여부를 선택할 수 있어야 하는 점 등을 종합적으로 고려하여 볼 때, 원고가 수익사업을 영위하지 아니하던 기간에 이 사건 토지의 양도로 인한 양도소득이 발생하였으므로 그 후 같은 사업연도 내에 수익사업을 영위하였더라도 위 양도소득에 대하여 이 사건 과세특례조항을 적용할 수 있다고 해야 한다고 판단하였다.

앞서 본 규정의 문언 및 수익사업을 영위하지 않는 비영리법인은 영리를 추구하는 법인이 아닌 점을 고려하여 자산양도소득에 대한 법인세 부담이 양도소득세보다 과중하여지지 않도록 하려는 이 사건 과세특례조항의 입법 취지 등에 비추어 볼 때, 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 거기에 상고이유로 주장하는 법인세법 제62조의2 의 해석·적용에 관한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 없다.

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 박보영(재판장) 박일환 신영철(주심) 민일영

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