원고의 청구를 기각한다.

소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2010. 6. 4. 서울 성북구 B아파트, C호(이하 이 사건 주택이라 한다)를 취득하였다가 2018. 11. 15. 이 사건 주택을 양도(이하 이 사건 양도라 한다)하였다.

나. 이 사건 양도 당시, 원고는 2016. 11. 4. 취득한 서울 성북구 B아파트, D호(이하 이 사건 대체주택이라 한다)을 소유하고 있었고, 원고 배우자 E은 2018. 1. 11. 취득한 성남시 중원구 F아파트 제6층 G호(이하 이 사건 임대주택이라 한다)를 소유하며 이를 임대하고 있었다.

E은 이 사건 양도 당시 이 사건 임대주택에 대하여 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 임대사업자등록을 하였으나, 소득세법에 따른 사업자등록은 하지 않았다.

E은 2019. 4. 2. 이 사건 임대주택과 관련한 사업자등록을 마쳤다.

다. 원고는 2019. 1. 31. 피고에게, 이 사건 주택은 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제155조 제20항에서 정한 ‘거주주택’에, E이 소유한 이 사건 임대주택은 위 시행령 조항이 정한 ‘장기임대주택’에 각 해당한다는 전제에서, 이 사건 양도는 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제1항 제3호 나목, 구 소득세법 시행령 제155조 제20항, 제155조 제1항, 제154조 제1항, 제11항이 정한 일시적 1세대 2주택 비과세 요건에 해당한다는 이유로 납부할 양도소득세가 없는 것으로 예정신고하였다. 라.

피고는 이 사건 양도 당시 이 사건 임대주택의 임대에 관하여 소득세법에 따라 사업자등록이 마쳐지지 아니하여 이 사건 임대 주택이 구 소득세법 시행령 제155조 제20항이 정한 ‘장기임대주택’에 해당하지 아니한다는 이유로 일시적 1세대 2주택 비과세 규정의 적용을 배제하고, 원고 세대가 구 소득세법...