1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 기초 사실

가. 원고는 ‘과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률’에 따라 기계분야의 산업원천기술 개발 및 성과확산, 신뢰성평가, 시험평가 등을 주된 목적으로 설립된 정부출연연구기관이다.

나. A은 원고 부설 연구소의 직원으로 B 관련 8건의 발명의 발명자이고, 원고는 위 8건의 발명에 대한 권리를 승계하여 특허(이하 ‘이 사건 특허’라 한다)를 취득한 특허권자이다.

다. 원고는 2009. 6. 이 사건 특허에 관하여 주식회사 옥산아이엠티와 기술이전계약을 체결하고 그 대가로 2억 5,000만 원을 지급받은 다음 내부규정인 ‘지식재산권 관리규정’ 지식재산권 관리규정 제3조(권리의 승계) ① ‘연구원’(원고를 의미한다, 이하 이 규정에서 같다)은 정관 34조와 고용계약서의 규정에 따라 발명자의 직무발명에 대한 특허를 받을 수 있는 권리 또는 특허권을 승계한다.

(이하 생략) 제23조(실시보상금) ‘연구원’은 특허권의 양도, 전용실시권의 설정 또는 통상실시권의 설정 등으로 수입이 발생하였을 경우에는 인센티브지급규정이 정하는 바에 따라 실시보상금을 인센티브로 하여 발명자에게 지급한다. ,

‘기술이전 운영요령’ 기술이전 운영요령 제12조(기술료 사용) ① 정부 법령 등에 기술료의 사용이 명시된 경우에는 그 법령에 의하고, 기술료의 사용이 불분명한 경우에는 다음 각 호에 따른다.

2. 연구개발 참여연구원에 대한 보상금 : 기술료 징수액의 50% 이상 등에 따라 위 특허의 발명자인 A에게 2009. 7. 3. 보상금으로 1억 4,000만 원을 지급하였는데(이하 ‘이 사건 보상금’이라 한다), 그 중 5,000만 원에 대하여는 과세대상 소득으로 보아 소득세를 원천징수하였으나, 나머지 9,000만 원에 대하여는...