상고를 기각한다.

상고비용은 원고가 부담한다.

상고이유를 판단한다.

중앙행정기관이 법령에 근거하여 연구개발과제를 특정하여 그 연구개발비의 전부 또는 일부를 출연하거나 공공기금 등으로 지원하는 과학기술분야의 연구개발사업인 국가연구개발사업에 있어서 그 연구개발과제를 주관하여 수행하는 주관기관의 장은, 구「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」(2007. 2. 8. 대통령령 제19872호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘관리 규정’이라 한다) 제19조 및 구「전력사업연구개발사업 운영요령」(산업자원부고시 제2002-50호, 이하 ‘운영요령’이라 한다) 제34조 등에 의하여, 기술료 징수 대상 과제로 확정된 연구개발결과 과제에 대해서 실시기업으로부터 기술료를 징수하고, 그 징수한 기술료 중 정부출연금 지분의 20퍼센트(주관기관이 영리법인인 경우에는 30퍼센트) 이상을 전문기관에 납부할 의무가 있었다.

그 후 구 관리 규정 제19조는 2008. 5. 27. 개정으로 주관연구기관이 대학인 경우에는 전문기관에의 기술료 납부를 면제하도록 변경되었다가, 2008. 12. 31. 다시 개정되어 주관연구기관이 비영리법인인 경우에는 전문기관에의 기술료 납부를 모두 면제하도록 하였다.

이에 따라「기술료 징수 및 사용관리에 관한 통합요령」(2009. 1. 1. 지식경제부고시 제2008-238호, 이하 ‘통합요령’이라 한다) 제15조 제1, 2항은 비영리 주관기관의 장이 징수한 기술료의 100분의 50 이상을 당해 연구개발과제에 참여한 연구원에 대한 성과금으로, 100분의 5 이상을 기술이전사업화에 기여한 자에 대한 성과금으로, 나머지 기술료를 기술개발 재투자, 기관운영비, 지식재산권 출원 및 관리 등 기술개발성과의 활용 및 관리비에 사용하도록 하는 한편, 그 부칙 제1조 단서에서 주관연구기관이...