에스케이에너지 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 화우 담당변호사 이선애)

인천광역시 (소송대리인 법무법인 정부법무공단 담당변호사 이재락 외 2인)

2011. 12. 21.

서울중앙지방법원 2011. 4. 29. 선고 2010가합62630 판결

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

1. 청구취지

피고는 원고에게 7,680,000,000원 및 이에 대하여 2006. 1. 25.부터 2010. 7. 1.까지는 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 연 20%의 각 비율에 의한 금원을 지급하라.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

1. 기초사실

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1 내지 11호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 제1심 법원의 영등포구청장에 대한 사실조회결과에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 인천정유 주식회사는 인천지방법원 2001회7 회사정리 사건에서 2001. 9. 27.자로 회사정리절차 개시결정을 받아 법원의 관리를 받아오던 중 위 법원으로부터 정리담보권 및 정리채권의 원금 일부는 신주발행에 의한 출자전환으로, 나머지 원금은 분할 변제 등의 방법으로 정리하기로 하되, 법원의 허가를 얻어 상법이 정한 수권자본금 내에서 신주를 발행하는 내용의 2003. 3. 25.자 정리계획 인가결정을 받았다.

나. 그 후 인천정유 주식회사는 원고와 흡수합병계약을 체결하고 2006. 1. 18. 인천지방법원으로부터 위 계약에 따른 신주발행 및 자본금 증가 허가를 받은 뒤, 위 법원의 촉탁에 따라 2006. 1. 25. 3억 2,000만 주(액면가 5,000원)에 대한 유상증자에 따른 신주발행등기(이하 ‘이 사건 유상증자 등기’라고 한다)를 마쳤다.

다. 이 사건 유상증자 등기 당시 시행 중이던 지방세법(2006. 9. 1. 법률 제7972호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라 한다) 제128조 는 ‘다음 각 호의 1에 해당하는 것에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다’라고 규정하고, 제3호 에서 ‘회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등기 또는 등록’을 규정하고 있었다.

라. 행정안전부는 2004. 12. 2.자로 ‘회사정리법(2005. 3. 31. 법률 제7428호로 폐지되기 전의 것, 이하 ‘구 회사정리법’이라 한다)에 의한 회사정리계획에 따라 정리회사의 차입금 출자전환에 따른 신주발행에 대하여 정리법원의 촉탁에 의하여 등기하는 경우에는 지방세법 제128조 제3호 규정에 의한 등록세의 비과세 대상에 해당되나, 정리회사의 유상증자에 의한 자본증자 등기는 등록세 비과세에 해당되지 않는다’는 유권해석(이하 ‘이 사건 2004. 12. 2.자 유권해석’이라 한다)을 하였다.

마. 또한 이 사건 유상증자 등기 당시 시행 중이던 대법원 등기예규 제935호 ‘회사정리절차와 관련된 상업등기에 관한 사무처리지침 (회사정리법에 의한 회사정리절차에 있어 정리법원의 촉탁에 의하여 등기공무원이 할 상업등기에 관하여 정한 등기예규로서 1998. 6. 5 제정되었다가, 2006. 3. 29 등기예규 제1126호에 의하여 폐지되었다)’은 회사정리절차와 관련하여 정리법원이 촉탁하는 등기에 관하여는 등록세 등을 면제하되, 정리계획의 수행에 따른 자본증가의 등기, 회사의 합병에 따른 설립등기 등에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정하고 있었다.

바. 인천정유 주식회사는 2006. 1. 25. 인천광역시 서구청에 이 사건 유상증자 등기로 인한 등록세 7,680,000,000원(등록세액의 20%에 해당하는 지방교육세를 포함함, 이하 ‘이 사건 등록세’라고 한다)을 신고·납부하였다. 그 후 인천정유 주식회사는 2006. 3. 3. 정리절차가 종결된 후 2008. 2. 4. 원고에게 흡수합병되었다.

사. 그 후 행정안전부는 2009. 8. 3.자로 ‘유상증자에 의한 신주발행등기가 채무자 회생 및 파산에 관한 법률에서 정한 규정에 따라 법원의 촉탁으로 이루어지는 경우라면 지방세법 제128조 제3호 규정에 의한 등록세 비과세 대상’이라는 유권해석을 하였고, 2009. 9. 8.자로 ‘회사정리법에서 정한 규정에 따라 제3자 배정 유상증자를 실시하여 법원의 촉탁으로 이루어지는 자본증자 등기 또한 등록세 비과세 대상’이라는 유권해석을 하여, 이 사건 2004. 12. 2.자 유권해석을 변경하였다.

아. 원고는 2009. 10.경 인천광역시 서구청에 이 사건 등록세의 환급을 신청하였으나, 위 서구청은 새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석을 하게 된 날 이후에 성립한 납세의무부터 새로운 해석을 적용하여야 한다는 이유로 환급을 거부하였다.

자. 한편, 엘아이지건설 주식회사는 회사정리절차 진행 중 2006. 11. 9. 법원의 촉탁에 따라 287,000,000,000원 상당의 유상증자 등기를 마쳤는데, 2006. 11. 8. 위 유상증자 등기에 대하여 등록세 1,148,000,000원을, 지방교육세 229,600,000원을 각 신고·납부하였으나, 영등포구는 행정안전부의 변경된 유권해석에 따라 위 등록세 등 부과를 취소하고, 2009. 8. 25. 위 등록세 등을 전액 환급하였다.

2. 관계법령

〈지방세법(2006. 9. 1. 법률 제7972호로 개정되기 전의 것)〉

제128조 (형식적인 소유권의 취득등기 등에 대한 비과세)

다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다.

1. 신탁(「신탁법」에 의한 신탁으로서 신탁등기가 병행되는 것에 한한다)으로 인한 재산권 취득의 등기 또는 등록으로서 다음 각목의 1에 해당하는 등기·등록

가. 위탁자로부터 수탁자에게 이전하는 경우의 재산권 취득의 등기·등록

나. 위탁자만이 신탁재산의 원본의 수익자가 된 신탁재산을 수탁자가 수익자에게 이전할 경우의 재산권 취득의 등기 또는 등록. 다만, 위탁자의 상속인에게 신탁재산을 이전하는 경우에는 이를 상속으로 인한 재산권 취득의 등기 또는 등록으로 보아 등록세를 부과한다.

다. 신탁의 수탁자 경질의 경우에 신수탁자의 재산권 취득의 등기 또는 등록

2. 환매권의 행사로 인한 등기로서 다음 각목의 1에 해당하는 등기

가. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 환매권의 행사로 매수하는 부동산에 대한 등기

나. 「징발재산정리에 관한 특별조치법」 또는 「국가보위에 관한 특별조치법 폐지법률」 부칙 제2항의 규정에 의한 동원대상지역내의 토지의 수용·사용에 관한 환매권의 행사로 매수하는 부동산에 대한 등기

3. 회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등기 또는 등록

〈 회사정리절차와 관련된 상업등기에 관한 사무처리지침(대법원 등기예규 제935호, 1998. 6. 5 제정되고, 2006. 3. 29 등기예규 제1126호에 의하여 폐지된 것) 〉

2. 등기의 촉탁절차와 그 첨부할 서면 등

가. 정리절차의 진행에 따른 정리법원의 결정을 등기원인으로 하여 등기를 촉탁하는 경우에는 촉탁서에 그 결정등본 또는 초본 1통을 첨부하여야 한다( 법 제17조 , 제19조 ).

나. 회사정리절차와 관련하여 정리법원이 촉탁하는 등기에 관하여는 등록세( 지방세법 제128조 제3호 ), 교육세( 교육세법 제3조 제5호 ), 등기신청수수료( 등기부등·초본등수수료규칙 제5조의 3 제2항 제1호 ) 등은 면제된다. 그러나 정리법원의 촉탁에 의한 등기의 경우에도 순수한 정리절차에 관한 사항 이외의 등기(예, 정리계획의 수행에 따른 자본증가의 등기, 회사의 합병에 따른 설립등기 등)에 대하여는 그러하지 아니하다.

〈회사정리법(2005. 3. 31. 법률 제7428호로 폐지되기 전의 것)〉

제17조 (정리절차개시의 등기의 촉탁)

① 정리절차개시의 결정을 한 때에는 법원은 직권으로 지체없이 촉탁서에 결정서의 등본 또는 초본을 첨부하여 정리절차개시의 등기를 회사의 본점과 지점(외국에 본점이 있는 때에는 대한민국에 있는 영업소)의 소재지의 등기소에 촉탁하여야 한다.

③ 제1항 의 규정은 전항에 게기한 사항에 변경이 생긴 경우와 정리계획의 수행이나 본법의 규정에 의하여 정리절차종료전에 회사나 신회사에 관하여 등기할 사항이 생긴 경우에 준용한다.

제222조 (신주의 발행)

① 회사가 정리채권자, 정리담보권자 또는 주주에 대하여 새로 납입 또는 현물출자를 하게 하지 아니하고 신주를 발행하는 때에는 다음에 게기하는 사항을 정하여야 한다.

1. 신주의 종류와 수

2. 신주의 배정에 관한 사항

3. 신주의 발행으로 인하여 증가할 자본과 준비금의 액

② 회사가 정리채권자, 정리담보권자 또는 주주에 대하여 새로 납입 또는 현물출자를 하게 하고 신주를 발행하는 때에는 다음에 게기하는 사항을 정하여야 한다.

1. 전항 제1호 와 제3호 에 게기한 사항

2. 납입금액 기타 신주의 배정에 관한 사항과 신주의 납입기일(이 기일은 정리계획인가의 결정이 있은 날로부터 3월 이상을 경과한 날이어야 한다)

3. 새로 현물출자를 하는 자가 있을 때에는 그 자, 출자의 목적인 재산, 그 가격과 이에 대하여 부여할 주식의 종류와 수

③ 전2항 에 정하는 경우를 제외하고 회사가 신주를 발행하는 때에는 다음에 게기하는 사항을 정하여야 한다.

1. 제1항 제1호 에 게기한 사항

2. 전항 제3호 에 게기한 사항

3. 신주의 발행가액과 납입기일(이 기일은 계획인가의 결정이 있은 날로부터 3월 이상을 경과한 날이어야 한다).

〈채무자 회생 및 파산에 관한 법률(2005. 3. 31 법률 제07428호로 제정된 것)〉

제24조 (등기된 권리에 관한 등기 등의 촉탁)

② 법원은 회생계획의 수행이나 이 법의 규정에 의하여 회생절차가 종료되기 전에 등기된 권리의 득실이나 변경이 생긴 경우에는 직권으로 지체 없이 그 등기를 촉탁하여야 한다. 다만, 채무자·채권자·담보권자·주주·지분권자와 신회사 외의 자를 권리자로 하는 등기의 경우에는 그러하지 아니하다.

제25조 (등기소의 직무 및 등록세 면제)

① 등기소는 제23조 또는 제24조 의 규정에 의한 등기의 촉탁을 받은 때에는 지체 없이 그 등기를 하여야 한다.

② 등기소는 회생계획인가의 등기를 하는 경우 채무자에 대하여 파산등기가 있는 때에는 직권으로 그 등기를 말소하여야 한다.

③ 등기소는 회생계획인가취소의 등기를 하는 경우 제2항 의 규정에 의하여 말소한 등기가 있는 때에는 직권으로 그 등기를 회복하여야 한다.

④ 제1항 내지 제3항 의 규정에 의한 등기에 관하여는 등록세를 부과하지 아니한다.

3. 당사자의 주장

가. 원고의 주장

1) 이 사건 유상증자 등기는 구 지방세법 제128조 제3호 에서 규정하고 있는 ‘회사의 정리에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등기’에 해당하여 등록세 비과세 대상인바, 원고의 이 사건 등록세 신고행위는 그 하자가 중대하고 명백할 뿐만 아니라, 원고는 행정안전부의 잘못된 유권해석에 따라 이 사건 등록세를 신고납부한 것으로서 과세관청의 귀책사유가 존재하는 점, 이 사건 등록세 신고행위는 납세의무자와 과세관청 사이에서 이루어지는 것으로서 등록세 신고행위의 존재를 신뢰하는 제3자 보호가 특별히 문제되지 않는 점, 지방세는 국세에 비하여 법적 구제수단이 상대적으로 미비한 점 등을 고려하면, 이 사건 등록세 신고행위는 당연무효이다.

2) 따라서 피고는 원고에게 당연무효인 이 사건 등록세 신고행위에 따라 원고가 납부한 이 사건 등록세 7,680,000,000원 및 이에 대한 지연손해금을 부당이득금으로 지급할 의무가 있다.

나. 피고의 주장

1) 구 지방세법 제128조 제3호 의 ‘회사의 정리에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등기’는 법원이 능동적인 주체로서 ‘직권으로’ 촉탁하여 등기하는 경우만을 의미하고, 당사자의 신청에 의하여 촉탁 등기하는 경우는 위 규정에 포함되지 아니하는바, 이 사건 유상증자등기는 출자전환에 의한 신주발행과 달리 원고가 인천정유 주식회사를 흡수합병하는 과정에서 이루어진 것으로서 법원이 능동적인 주체로서 직권으로 촉탁하여 등기하는 경우가 아니므로 실질적으로 ‘회사의 정리’에 관한 것이라고 할 수 없어, 이 사건 유상증자등기는 구 지방세법에 따른 비과세대상에 해당하지 아니하므로, 원고의 이 사건 신고납부행위는 적법하다.

또한 이 사건 유상증자등기 당시 행정안전부는 이 사건 유상증자등기가 비과세대상이 아니라는 유권해석을 내리고 있었고, 당시의 대법원 등기예규 역시 이 사건 유상증자등기는 비과세대상이 아니라고 규정하고 있었으며, 구 지방세법 제128조 는 그 제목이 ‘형식적인 소유권의 취득등기 등에 대한 비과세’로 되어 있고, 각호에 적시된 내용 역시 신탁, 환매, 징발 등의 법률관계에 관한 것으로서 실질적인 소유권의 변동이 이루어지는 것이 아닌 경우만 등록세를 비과세한다는 것이어서, ‘형식적’이 아닌 ‘실질적’으로 소유권의 변동이 이루어지는 경우에 해당하는 이 사건 유상증자등기는 위 제3호 의 ‘회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등기 또는 등록’에 포함되지 아니하여 구 지방세법에 따른 비과세대상에 해당하지 아니한다 할 것이므로, 원고의 이 사건 신고납부행위는 적법하다.

2) 가사 이 사건 유상증자등기가 구 지방세법에 따라 비과세대상이라 하더라도, 당시 행정안전부가 한 이 사건 유상증자등기가 비과세대상이 아니라는 유권해석과, 당시의 대법원 등기예규의 이 사건 유상증자등기는 비과세대상이 아니라는 규정이 존재하고 있었는바, 그 후 법률의 개정에 따라 행정안전부의 유권해석 및 대법원 등기예규가 변경되었다는 사정만으로 이 사건 신고납부행위의 하자가 중대, 명백하다고 할 수 없으므로, 원고가 납부한 등록세를 피고가 부당이득하였다고 볼 수 없다.

4. 판단

가. 이 사건 유상증자등기가 비과세대상인지 여부

살피건대, ① 구 지방세법 제128조 제3호 는 ‘회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등기 또는 등록’을 등록세 비과세 대상으로 규정하고 있는바, 위 조항에서는 회사정리절차 과정에서 법원의 촉탁으로 인한 등기를 법원이 직권으로 촉탁하는 경우와 당사자의 신청에 의해 촉탁하는 경우를 달리 규정하고 있지 않는 점, ② 구 회사정리법 제17조 제3항 에서는 ‘정리계획의 수행이나 회사정리법의 규정에 의하여 정리절차 종료 전에 정리회사에 관하여 등기할 사항이 생긴 경우’에 같은 조 제1항 의 규정을 준용하여 법원의 촉탁으로 등기를 하도록 규정하고 있을 뿐 출자전환에 의한 신주발행과 제3자 배정방식에 의한 유상증자를 구분하고 있지 않을 뿐 아니라, 구 회사정리법이 폐지되고 새로 제정된 채무자 회생 및 파산에 관한 법률 역시 제24조 제2항 에서 ‘법원은 회생계획의 수행이나 이 법의 규정에 의하여 회생절차가 종료되기 전에 등기된 권리의 득실이나 변경이 생긴 경우에는 직권으로 지체 없이 그 등기를 촉탁하여야 한다’고 규정하고, 제25조 제4항 에서 이에 따른 등기에 관하여 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있을 뿐 정리절차에서 법원이 촉탁하는 등기의 유형에 따라 등록세 부과 여부가 달라지는 것으로 규정하고 있지 않는 점, ③ 구 지방세법 제128조 의 제목은 위 조항이 1976. 12. 31. 법률 제2945호로 만들어지면서 ‘신탁으로 위한 재산권의 취득 및 기타 등기등록’이라고 되어 있었다가, 그 후 위 조항이 1994. 12. 22 법률 4794호로 다시 개정되면서 ‘형식적인 소유권의 취득등기 등에 대한 비과세’로 변경되었는데, 위와 같은 조문 제목의 변경에도 불구하고 제128조 각호 의 구체적인 내용은 거의 변경되지 아니하였는바, 구 지방세법 제128조 의 개정과정에서 제3호 의 내용이 달라진 바가 없음에도, 위 조항의 제목에 ‘형식적’이라는 표현이 새로 사용되었다는 이유로 정리절차에서 법원이 촉탁하는 등기 중 ‘형식적인 소유권의 취득등기’에 대하여만 등록세가 비과세된다고 위 조항을 한정하여 해석하기는 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 구 지방세법 및 구 회사정리법 등 관련법령의 취지는 정리회사가 법원으로부터 인가결정을 받은 정리계획안에 근거하여 정리절차를 수행하는 과정에서 등기할 사항이 생긴 경우 법원의 촉탁에 의해 등기를 하도록 함으로써 절차의 신속을 꾀하고, 이 경우 등록세를 부과하지 않음으로써 정리회사 및 정리담보권자와 정리채권자 등 이해관계인의 권익을 도모하기 위하여, 법원의 직권 또는 당사자의 신청에 의한 등기촉탁인지 여부 및 법원이 촉탁한 등기로서 형식적으로 소유권의 변동이 이루어지는 경우인지 여부를 가리지 않고 그 등기에 대하여 이를 모두 비과세하겠다는 것이라고 할 것이고, 이 사건 유상증자등기는 구 회사정리법 제222조 제3항 및 법원으로부터 인가결정을 받은 정리계획안에 근거하여 정리담보권 및 정리채권의 변제와 운영자금에 충당하기 위한 목적으로 제3자에게 신주를 발행함에 따라 등기할 사항이 생긴 경우로서 ‘회사의 정리에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등기’에 해당하여 구 지방세법 제128조 제3호 에서 규정하고 있는 등록세 비과세 대상에 해당한다고 할 것이다.

한편 이 사건 유상증자등기 당시 행정안전부가 구 지방세법 제128조 제3호 에 관하여 이 사건 유상증자등기가 비과세대상이 아니라는 유권해석을 내리고 있었다 하더라도, 앞서 본 바와 같이 이 사건 유상증자등기는 구 지방세법 제128조 제3호 의 규정에 의하여 비과세대상이라 할 것이므로 위 유권해석은 위법하고, 또한 위 유권해석과 같은 취지의 위 대법원 등기예규 제935호 는 법원의 사무처리기준에 불과한 것일 뿐만 아니라, 위 유권해석과 같은 이유로 그 효력이 없다 할 것이다.

나. 이 사건 신고행위의 당연무효 여부

1) 당연무효의 판단기준

등록세는 신고납부방식의 조세로서 이러한 유형의 조세에 있어서는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 납세의무가 구체적으로 확정되고, 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 납세의무의 이행으로 하는 것이며 지방자치단체는 그와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것인바, 이러한 납세의무자의 신고행위가 당연무효라고 하기 위해서는 그 하자가 중대하고 명백하여야 함이 원칙이다. 그리고 여기에서 신고행위의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효에 해당하는지의 여부에 대하여는 신고행위의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 및 하자 있는 신고행위에 대한 법적 구제수단 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 신고행위에 이르게 된 구체적 사정을 개별적으로 파악하여 합리적으로 판단하여야 한다( 대법원 1995. 2. 28. 선고 94다31419 판결 , 대법원 2006. 1. 13. 선고 2004다64340 판결 등 참조).

그러나 등록세 신고행위는 납세의무자와 과세관청 사이에 이루어지는 것으로서 취득세 신고행위의 존재를 신뢰하는 제3자의 보호가 특별히 문제되지 않아 그 신고행위를 당연무효로 보더라도 법적 안정성이 크게 저해되지 않는 반면, 과세요건 등에 관한 중대한 하자가 있고 그 법적 구제수단이 국세에 비하여 상대적으로 미비함에도 위법한 결과를 시정하지 않고 납세의무자에게 그 신고행위로 인한 불이익을 감수시키는 것이 과세행정의 안정과 그 원활한 운영의 요청을 참작하더라도 납세의무자의 권익구제 등의 측면에서 현저하게 부당하다고 볼 만한 특별한 사정이 있는 때에는 예외적으로 이와 같은 하자 있는 신고행위가 당연무효라고 함이 타당하다( 대법원 2009. 2. 12. 선고 2008두11716 판결 참조).

2) 지방세 납부신고행위의 특수성

지방세에 관한 법률관계 및 그 구제수단은 일반행정처분 및 국세에 관한 법률관계와 비교하여 다음과 같은 특성을 가지고 있다.

① 일반행정처분은 공익을 위하여 발령되어 이로 인해 다수의 이해관계에 영향을 미치는 경우가 많으나, 조세법률관계는 과세관청과 납세의무자 사이의 단순한 금전급부관계로서 실질적으로는 민사상의 금전급부관계와 본질적인 차이가 없어 일반적으로 과세관청과 납세의무자 이외의 제3자의 이해관계에 영향을 미치지 않는다.

② 조세법률관계의 경우 과세처분에 하자가 있더라도 과세관청은 체납처분이라는 자력집행력에 의해 국가재정을 확보할 수 있고, 납세의무자는 법률상의 구제절차 등을 통해 잘못 납부한 세금을 돌려받을 수 있어 처분의 유·무효를 조기에 확정시켜야 할 필요가 상대적으로 적다.

③ 국세의 경우 신고한 세액이 세법에 의하여 신고할 세액을 초과한 경우에 관할 세무서장에게 국세의 과세표준 및 세액의 경정을 청구할 수 있도록 규정하고 있는데, 이는 신고 당시에 이미 발생한 사유뿐만 아니라 신고 후에 사후적으로 발생한 사유로도 청구할 수 있고, 그 청구기간은 법정 신고기한 경과 후 3년까지로서 비교적 장기간으로 정하고 있다( 국세기본법 제45조의2 ).

이에 비해 지방세는 신고한 세액이 세법에 의하여 신고할 세액을 초과한 경우 감액수정신고를 할 수 있으나, 신고 후에 사후적으로 발생한 사유로만 할 수 있고, 그 기간도 대통령령이 정하는 날로부터 60일까지로 한정되어 있어( 구 지방세법 제71조 제1항 ), 그 구제수단에 한계가 있다{지방세의 경우 국세기본법의 경정청구제도가 준용되지 않는다는 것이 판례의 입장이었다( 대법원 1999. 7. 23. 선고 98두9608 판결 ). 한편, 2010. 3. 31. 제정된 지방세기본법은 국세기본법의 경정청구제도를 도입하여 과소신고의 경우 수정신고를 할 수 있고, 과다신고의 경우 법정 신고기한 경과 후 3년까지 경정청구를 할 수 있도록 규정하고 있으나, 위 법률은 2011. 1. 1.부터 시행되었다}.

3) 이 사건 등록세 신고행위의 당연무효 여부

먼저, 앞서 본 바와 같이 이 사건 유상증자등기는 구 지방세법 제128조 제3호 에서 규정하고 있는 등록세 비과세 대상에 해당한다 할 것이므로 이 사건 등록세 신고납부행위에는 중대한 하자가 있다 할 것이고, 나아가 살피건대, 이 사건 등록세 신고납부행위는 행정안전부의 이 사건 2004. 12. 2.자 유권해석에 기한 것인데, 위 유권해석은 등록세 비과세 대상인 이 사건 유상증자등기를 과세대상으로 잘못 판단한 것으로 위법하다 할 것이므로, 과세관청의 공적인 표현을 신뢰하여 등록세를 신고·납부한 원고를 보호할 필요가 있는 점, 이 사건 신고납부행위는 납세의무자인 인천정유 주식회사와 피고 사이에서만 이루어진 것으로서 위 신고행위의 존재를 신뢰하는 제3자의 보호가 특별히 문제되지 않아 이를 당연무효로 보더라도 법적 안정성이 크게 저해되지 않는 점, 인천정유 주식회사의 신주발행 납입금은 위 회사의 정리담보권 및 정리채권의 변제 등에 충당됨으로써 위 회사를 흡수합병한 원고가 위 신주발행에 기초한 이익을 향유한 것은 거의 없다고 보이는 점, 지방세의 경우 국세 기타 일반행정처분에 비하여 그 법적 구제수단이 상대적으로 미비하고, 이 사건 등록세 신고납부행위를 당연무효로 보더라도 과세행정의 원활한 운영에 지장이 있다고 보기 어려운 점 등 위 인정사실과 앞서 본 법리에 의하여 인정되는 여러 사정을 종합하면, 이 사건에 있어 원고에게 하자 있는 신고행위로 인한 불이익을 감수하게 하는 것은 납세의무자인 원고의 권익구제 등의 측면에서 현저하게 부당하다고 볼 만한 특별한 사정이 있다 할 것이므로, 이 사건 등록세 신고행위는 이를 당연무효라고 봄이 타당하다.

4) 소결론

따라서 피고는 원고에게 부당이득금으로 이 사건 등록세액 7,680,000,000원 및 이에 대하여 이 사건 등록세 납부일인 2006. 1. 25.부터 이 사건 소장부본 송달일임이 기록상 분명한 2010. 7. 1.까지는 민법이 정한 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 소송촉진 등에 관한 특례법이 정한 연 20%의 각 비율에 의한 지연손해금을 지급할 의무가 있다.

5. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.