1. 피고는 원고에게 7,680,000,000원 및 이에 대하여 2006. 1. 25.부터 2010. 7. 1.까지는 연 5%의, 그...

1. 기초사실

가. 인천정유 주식회사는 인천지방법원 2001회7 회사정리 사건에서 2001. 9. 27.자로 회사정리절차 개시결정을 받아 법원의 관리를 받아오던 중, 정리담보권 및 정리채권의 원금 일부는 신주발행에 의한 출자전환으로, 나머지 원금은 분할 변제 등의 방법으로 정리하기로 하되, 위 회사로 하여금 법원의 허가를 얻어 상법이 정한 수권자본금 내에서 신주를 발행할 수 있도록 하는 내용의 2003. 3. 25.자 정리계획 인가결정을 받았다.

나. 인천정유 주식회사는 원고와 사이에 흡수합병계약을 체결하고 2006. 1. 18. 인천지방법원으로부터 위 계약에 따른 신주발행 및 자본금 증가 허가를 받은 뒤, 위 법원의 촉탁에 따라 2006. 1. 25. 3억 2,000만 주(액면가 5,000원)에 대한 유상증자에 따른 신주발행등기(이하 ‘이 사건 유상증자 등기’라 한다)를 마쳤다.

다. 이 사건 유상증자 등기 당시 시행 중이던 지방세법(2006. 9. 1. 법률 제7972호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라 한다) 제128조는 ‘다음 각 호의 1에 해당하는 것에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다’고 규정하고, 제3호에서 ‘회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등기 또는 등록’을 규정하고 있었다.

한편, 행정안전부는 2004. 12. 2.자로 ‘회사정리법(2005. 3. 31. 법률 제7428호로 폐지되기 전의 것, 이하 ‘구 회사정리법’이라 한다)에 의한 회사정리계획에 따라 정리회사의 차입금 출자전환에 따른 신주발행에 대하여 정리법원의 촉탁에 의하여 등기하는 경우에는 지방세법 제128조 제3호 규정에 의한 등록세의 비과세 대상에 해당되나, 정리회사의 유상증자에 의한 자본증자 등기는 등록세 비과세에 해당되지 않는다’는 유권해석 이하 '이 사건 2004....