1. 피고가 2012. 7. 9. 원고에 대하여 한 1,113,894,270원의 양도소득세 부과처분을 취소한다.

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1. 처분의 경위

가. 원고는 2008. 1. 9. B 및 주식회사 C에게 주식회사 D(이하 ‘D’이라 한다) 주식 640,000주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다. 원고는 B에게 122,000주를, 주식회사 C에 588,000주를 각각 양도하였다)를 주당 양도가액을 16,406원으로 하여 총 양도대금 10,499,840,000원에 양도(이하 ‘이 사건 주식양도’라 한다)하였으나, 이에 따른 양도소득세를 신고납부하지 않았다.

나. 한편, 원고는 2008. 9. 10. E으로부터 주식회사 F(이하 ‘F’이라 한다) 주식 1,829,000주를 11,500,000,000원에 취득하였는데, F은 2008. 12. 18. 임시주주총회를 개최하여 발행주식 3,585,153주 중 3,226,641주를 무상소각하기로 결의하였고, 그에 따라 원고의 F 주식 1,646,100주가 감소하였다.

다. 서대문세무서장은 2011. 12. 7. 원고에게 이 사건 주식양도에 따른 양도소득세 무신고와 관련하여 과세자료 해명 안내문을 발송하였고, 원고는 2011. 12. 21. 2008년 귀속 양도소득세에 대하여 기한 후 신고를 하면서, 무상소각된 F 주식 1,646,100주의 취득가액 10,349,999,923원을 실질적인 양도차손금액으로 보아 이를 이 사건 주식에 대한 양도소득금액 7,247,340,800원과 통산하여 양도소득금액을 △ 3,102,659,123원으로 신고하였다. 라.

이에 피고는 원고의 2008년 F 주식의 무상소각은 구 소득세법(2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제88조에서 정한 자산의 양도에 해당하지 않아 이를 양도소득금액에 통산할 수 없다는 이유로, 2012. 7. 9. 원고에 대하여 2008년 귀속 양도소득세 1,113,894,270원(가산세 포함)을 결정고지하였다

(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다). 마.

원고가 2012. 9. 28. 이에 불복하여 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2012. 12. 5. 원고의 심판청구를...