[사건번호]조심2013중2960 (2015.01.16)

[세목]법인[결정유형]경정

[결정요지] 「법인세법 시행령」제56조 제6항에서 고유목적사업준비금의 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것은 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용 및 인건비 등으로 한정하고 있어, 쟁점토지의 취득은 고유목적사업준비금의 임의환입에 해당하나, 쟁점토지 취득가액 산정의 오류로 고유목적사업준비금이 과다설정되었고, 동 준비금을 재원으로 수익용 부동산을 취득하여 2007사업연도 각 사업연도소득에 영향을 미치게 된 점, 법인세 과세표준이 확정되었다 하더라도 독립한 별개의 처분인 그 뒤 사업연도의 법인세 부과처분의 효력을 다툼에 있어서는 종전의 과세표준이 잘못되었다는 등의 주장을 다시 할 수 있는 점 등에 비추어 쟁점토지 취득가액을 개정부칙을 적용한 금액으로 하여 과세표준 및 세액을 경정함이 타당함

[관련법령] 법인세법 제3조 / 법인세법 제29조 / 법인세법 제113조 / 법인세법 시행령제2조 / 법인세법 시행령제56조 / 법인세법 시행령제156조 / 상속세 및 증여세법 제48조 / 상속세 및 증여세법 시행령제38조

[참조결정]조심2011중2414

OOO세무서장이 2013.3.15. 청구법인에게 한 2007사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은

1. 청구법인이 2005사업연도에 양도한 경기도 OOO 임야 421,785㎡, 같은 면 OOO 임야 181,785㎡ 및 산 125 임야 91,240㎡의 취득가액을 장부가액과 1991.1.1. 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조 및 같은 법 제61조 제1항 부터 제3항까지의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 산정한 고정자산처분이익 상당액을 기준으로 고유목적사업준비금을 설정하는 것으로 하여 2007사업연도의 과세표준 및 세액을 경정하고,

2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가.청구법인은 2005.5.27. 설립 당시 출연자산인 경기도 OOO 임야 181,785㎡ 및 산 125 임야 91,240㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO원에 매각하고, 매각처분이익 등에 대하여 고유목적사업준비금 OOO원(이하 “쟁점고유목적사업준비금”이라 한다)을 설정한 뒤, 2007년에 서울특별시 OOO 등 아파트(이하 “수익용 부동산”이라 한다)를 OOO원에 취득하였다.

나. OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대한 서면조사 결과, OOO원을 고유목적사업이 아닌 수익사업용 자산의 취득에 사용하였다 하여 수익용 부동산 대체취득일이 속하는 2007.3.1.～2008.2.28.사업연도(이하 “2007사업연도”라 한다)에 익금산입하고, 쟁점고유목적사업준비금 설정일 이후 수익용 부동산 대체취득일까지의 기간에 대한 이자상당액을 가산한 과세자료를 처분청에 통보하였는바, 처분청은 이에 따라 2013.3.15. 청구법인에게 2007사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.6.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점토지는 구입시부터 처분시까지 무수익자산으로서 비영리사업회계(기본 출연재산)에 계상하여 보고하는 등 기본재산으로 보유하고 있었을 뿐 수익사업에 공여한 사실이 없고, 수익을 목적으로 영위한 바도 없으며, 보유기간 동안 수익이 발생하지 아니한 기본재산으로 구분경리할 필요가 없었던 점, 비수익재산을 처분하여 고수익재산으로 대체하라는 경기도 교육청의 수차례 권고에 따라 청구법인의 운영과 학교의 운영비 조달을 위한 수익사업을 영위하기 위하여 처분한 순수한 비영리사업회계의 수익용 기본재산으로 청구법인의 기본금에 속하는 출연재산이며, 쟁점토지의 처분이익은 「상법」상 자본잉여금에 대응되는 개념인 점,

공익법인이 수익용 기본재산을 처분하거나 평가함으로써 발생하는 소득은 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증법”이라 한다) 제48조 제2항 제3호에 따라 운용소득(수익사업회계)에 포함되지 아니하며, 처분이익은 기타자본금의 증액일 뿐 운용소득에 해당하지 아니하는 점, 학교법인이 출연재산을 처분하는 경우 주무관청인 교육청의 승인 및 매각대금 전액을 다른 수익용 기본재산을 취득하도록 제한되어 있고, 처분대금 및 이익을 증자보고 하도록 되어 있어 청구법인은 2005년 증자보고를 하였던 점, 상증법 기본통칙 48-38…3은 공익법인 등이 운용소득으로 수익용재산을 취득한 금액은 직접 공익목적사업 사용금액에 포함하지 아니한다 하여 수익사업회계의 손익거래와 비영리사업회계의 자본거래 개념을 명확히 규정한 점,

청구법인의 설립당시(1962.10.26.) 출연재산인 쟁점토지는 교육용 기본재산으로 43년간 비수익 재산에 해당되어 일체의 수익사업을 영위한 적이 없이 학교의 기본금으로 계상되어온 자산으로 수익사업에 사용한 적이 없어 처분으로 인한 처분대금 및 처분이익을 비영리사업회계로 전출한 사실이 없는 바, 비수익사업회계를 편법적인 도관으로 이용하는 것(수익사업회계-비수익사업회계-수익사업회계)을 방지하고자 하는 대법원 판례(대법원 2013.3.28. 선고 2012두690 판결)의 적용대상이 아닌 점 등에 비추어 쟁점토지 처분이익은 공익목적사업회계의 기타자본금 증가로서 자본거래에 해당하므로 법인세 과세대상에 해당하지 아니하며, 학교법인이 출연받은 기본금 수익용 기본재산을 매각하고 그 매각대금으로 대체 수익용 기본재산을 취득하는 경우 직접공익목적 등에 사용한 금액이므로 상증법 제48조 제2항 제4호, 같은 법 시행령 제38조 제4항 및 상증법 기본통칙 48-38…2에 따라 과세대상에 해당하지 아니한다.

(2)쟁점토지는 1962.10.26. 취득한 것으로 양도차익을 2005.12.31. 개정 전 「법인세법」 부칙에 따라 계산하여 신고하였으나, 양도당시 「법인세법」 부칙(2005.12.31. 법률 제7838호로 개정된 것으로 이하 “개정부칙”이라 한다) 제21조에 따르면 아래 <표1>과 같이 양도차익이 계산되는바, 설령 고유목적사업에 사용하지 아니하였다 하더라도 개정된 부칙에 따른 양도차익 OOO원을 익금에 산입하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 2005.3.1.～2006.2.28.사업연도(이하 “2005사업연도”라 한다)에 고유목적사업준비금 OOO원을 설정하였으며, 2007사업연도에 수익용 부동산을 OOO원에 취득하였고, 쟁점고유목적사업준비금 설정일부터 5년 경과시점까지 고유목적사업에 지출한 사실이 없는 점, 고정자산처분이익에 대해 쟁점고유목적사업준비금을 설정하여 손금 계상한 후 고정자산처분가액 상당액을 고유목적사업회계로 전출하여 정기예금한 뒤, 해당 정기예금으로 수익사업용 부동산을 취득한 점, 쟁점토지의 처분금액을 정기예금으로 비영리사업회계 전출한 후에 이를 재원으로 수익용 대체부동산을 취득한 것은 전출행위가 명목뿐인 경우에 해당하여 고유목적사업 지출로 볼 수 없을 뿐 아니라 고유목적사업준비금의 임의환입에 해당되는 점,

「법인세법」상 학교법인의 최초 출연재산의 매각이라고 해서 달리 취급하는 규정이 없으며, 같은 법 시행령 제56조 제6항은 고유목적사업준비금의 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것은 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액으로 한정하고 있는 점, 학교법인이 수입사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전출한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 보아 같은 법 제29조 제2항의 규정을 적용하는 것이나, 당해 전출행위가 명목뿐인 경우로서 전출 후에도 당해 재산을 계속하여 수익사업에 사용하는 경우에는 그 전출이 없는 것으로 보는 것인 점, 최초로 출연받은 재산에 대하여 다른 수익용 재산으로 재투자가 가능한 것은 상증법에 따른 것으로서 「법인세법」상 고유목적준비금의 사용의무와는 별개인 점 등을 종합하면, 청구법인이 정기예금으로 비영리사업회계에 전출한 후에 이를 재원으로 수익용 부동산을 취득한 것은 전출행위가 명목뿐인 경우에 해당하여 고유목적사업 지출에 해당하지 아니하며, 수익용 부동산 취득은 고유목적사업준비금 임의환입에 해당하므로 수익용 부동산 취득에 지출된 비용은 지출된 사업연도에 익금에 산입함이 타당하다.

(2)개정부칙은 법인이 장부가액과 상증법상 평가금액 중 큰 금액을 적용할 수 있는 임의규정으로 당초 청구법인은 취득가액을 장부가액으로 신고한 후 개정부칙을 적용하여 경정청구를 통해 취득가액을 수정할 수 있었으나, 경정결의일 현재 「국세기본법」상 경정청구기간(법정신고기한 후 3년 이내) 및 국세부과제척기간이 경과하였으므로 취득가액을 경정할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

①고정자산처분이익 등에 대해 고유목적사업준비금을 설정하여 손금계상한 후, 이를 재원으로 하여 수익용 부동산을 취득한 경우 그 취득비용이 지출된 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입하여 법인세를 과세한 처분의 당부

② 국세부과제척기간이 만료된 2005사업연도의 쟁점토지의 취득가액을 재계산하여 2007사업연도의 고유목적사업준비금에서 차감할 수 있는지 여부

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 2005사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서 보충조서 등을 보면, 청구법인은 1962.10.26. 취득한 쟁점토지를 2005.5.27. 양도하고, 1988.12.26. 법률 제4020호로 개정된 「법인세법」 부칙 제14조에 따라 상증법상 평가액(1989.1.1. 현재 공시지가로 평가한 금액)을 취득가액으로 하여 양도차익을 <표2>와 같이 계산하여 양도차익 상당액을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입한 것으로 나타난다.

(2) 처분청이 제시한 증빙은 다음과 같다.

(가) 2005사업연도 고유목적사업준비금조정명세서 등을 보면, 쟁점토지 처분관련 계약금·중도금·잔금 중 일부인 OOO원(쟁점고유목적사업준비금)을 고유목적사업준비금으로 계상하여 손금산입한 것으로 나타나고, 보충조서인 “고정자산 처분이익 계산”을 보면, 쟁점토지의 취득일은 1962.10.26., 양도일은 2005.5.27., 양도가액은 OOO원으로 되어 있으며, 출연재산·운용소득·매각대금의 사용계획 및 진도내역서 등에는 쟁점토지 매각대금 OOO원은 수익용재산 대체용도로 OOO원, 건설중인 자산OOO원을 각각 사용한 것으로 나타난다.

(나) 기타 부동산 취득 전산자료, 부동산매매계약서 사본, 임야대장 및 등기부등본 등을 제시하였다.

(3) 청구법인이 제시한 증빙은 다음과 같다.

(가) 경기도 교육청 공문(학교지원과-4600, 2004.5.31., 수익용기본재산 수익성 제고 및 장기확보방안 수정계획 알림)을 보면, 관내 학교법인의 수익용기본재산에 대한 수익률을 높여 사학재정의 건실화를 유도하고자 수익용기본재산 수익성 제고 및 장기확보방안 수정계획을 수립하여 알려드리니 참고하시어 학교법인별 자체 계획을 수립하고 수익성을 높일 수 있는 방안을 다각적으로 모색하고, 수익용기본재산 수익금 확보 실적을 제출토록 할 계획이라는 내용 등이 나타난다.

(나) 경기도 교육감의 허가서 중 학교지원과-4043(2005.4.4.)을 보면, 2005.12.31.까지 쟁점토지(기본재산)를 OOO원에 처분하여 정기예금(대체재산)으로 대체하는 것을 허가한 것으로, 학교지원과-9310(2007.11.14.)을 보면, 2008.5.31.까지 OOO원을 처분하여 서울특별시 OOO 등 아파트 8호(대체재산)를 취득하는 것을 허가한 것으로, 학교지원과-10821(2007.12.26.)을 보면, 2008.6.30.까지 정기예금(기본재산) OOO원을 처분하여 서울특별시 OOO(대체재산)를 취득하는 것을 허가한 것으로 나타난다.

(다) 2005사업연도 수익사업 회계결산 정리사항을 보면, 법인계정의 쟁점토지 매각대금 OOO원을 고유목적사업준비금으로 전입한 뒤 일반회계로 전출한 것으로 되어 있다.

(라) 경기도 교육감에게 보고한 ‘수익용 기본재산 처분(대체)결과 보고’OOO를 보면, 수익용기본재산인 쟁점토지를 OOO원에 처분하고 현금(수익증권저축) 수익용 기본재산으로 대체한 것으로 나타난다.

(마) 기타 학교법인의 세무조정흐름도, 고유목적사업에 대한 소명서, 경기도 교육청 공문 등이 제시되었다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지의 처분이익은 공익목적사업회계의 기타자본금 증가로서 자본거래에 해당하는 등 법인세 과세대상에 해당하지 아니하므로 처분청의 과세처분은 부당하다고 주장하나,

「법인세법」제3조는 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산을 제외한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여 과세소득으로 규정하고 있고, 같은 법 제29조 제1항에 따라 고유목적사업에 지출하기 위한 경우 고유목적사업준비금을 설정하여 손금산입할 수 있으며, 같은 법 시행령 제56조 제6항에서 고유목적사업준비금의 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것은 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액으로 한정하고 있어, 쟁점토지의 처분으로 인한 수입은 과세소득에 해당하고, 수익사업용 부동산을 취득하는 것은 고유목적사업준비금의 사용범위에 포함되지 않는 점,

청구법인은 쟁점토지를 OOO원에 처분하여 정기예금으로 대체하였고, 이를 재원으로 수익용 부동산을 취득하였으며, 상증법과 「법인세법」은 과세대상, 과세목적, 입법취지 등이 달라 상증법상 증여세 과세대상에 해당하지 아니한다 하여 이를 「법인세법」에 그대로 인용하여 법인세까지 과세하지 않는 것으로 보기는 어려운 점 등 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다 할 것이다.

(5) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 개정부칙이 임의규정으로 당초 청구법인은 경정청구를 통해 취득가액을 수정할 수 있었으나, 경정결의일 현재 「국세기본법」상 경정청구기간 및 국세부과제척기간이 경과되어 취득가액을 경정할 수 없다는 의견이나,

각 사업연도의 과세표준이 결정된 뒤 이를 전제로 이루어진 어느 사업연도의 법인세 부과처분이 확정되어 더 이상 그 과세표준이나 세액을 다툴 수 없게 되었다고 하더라도, 납세의무자인 법인은 확정된 과세처분과는 독립한 별개의 처분인 그 뒤 사업연도의 법인세 부과처분의 효력을 다툼에 있어서는 종전의 과세표준 결정이 잘못되었다거나 「법인세법」의 관계 규정에 따라 소득에서 공제될 수 있는 이월결손금 등이 있다는 주장을 다시 할 수 있다 할 것(조심 2011중2414, 2011.12.2., 대법원 2002.11.26. 선고 2001두2652 판결, 같은 뜻임)인 바,

쟁점토지의 취득가액은 개정부칙 제21조 및 법률 제5581호로 개정된 「법인세법」 부칙 제8조 제2항 단서규정에 따라 장부가액과 1991.1.1. 현재 상증법 제60조 및 동법 제61조 제1항 부터 제3항까지의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있는 바, 청구법인은 「법인세법」 부칙 적용을 잘못하여 1989.1.1. 현재 공시지가로 평가한 가액을 취득가액으로 하였다가 이를 경정하려는 것이므로 오류수정으로 보이는 점,

쟁점토지 취득가액 산정의 오류로 말미암아 당해 사업연도의 쟁점고유목적사업준비금이 과다설정되었고, 동 고유목적사업준비금으로 수익용 부동산을 2007년에 취득하여 2007사업연도의 각 사업연도소득에 영향을 미치게 되는 점,

개정부칙을 적용할 경우 쟁점고유목적사업준비금 중 과다설정된 부분은 2007사업연도에 수익용 부동산의 취득에 사용한 것으로 보기 어렵고, 처분청은 과다설정된 고유목적사업준비금에 기초하여 이 건 과세처분을 한 결과가 되는 점,

국세부과제척기간의 규정취지는 납세의무자와 국가 간의 국세에 관한 권리·의무관계를 조속히 종결시킴으로써 조세채무에 관한 법적안정성을 보장하기 위하여 과세당국에서 국세를 부과할 수 있는 기간에 제한을 두는 데 그 목적이 있으며, 개별 세법에서 규정하고 있는 과세표준 및 세액의 계산 방법 및 범위에 제한을 두는 것은 아니라 할 것이므로 원인행위가 언제 이루어졌는지 보다는 언제 과세표준 및 세액에 영향을 미치는지가 국세부과제척기간의 기간계산에 있어 기준이 되는 점 등에 비추어 국세부과제척기간이 경과되어 2005사업연도의 과세표준 및 세액이 확정되었다 하더라도 쟁점토지의 정당한 취득가액을 과세표준 계산에 반영하여 과세하는 것이 조세관계 법령의 기본원칙에 비추어 합리적인 것으로 보이므로 쟁점토지의 취득가액에 대하여 개정부칙을 과세표준에 반영·재계산하여 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령 등

(1) 법인세법

제3조 [과세소득의 범위] ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

제29조 [고유목적사업준비금의 손금산입] ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

② 비영리내국법인이 제1항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금으로부터 순차로 상계하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 당해 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 이를 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항의 규정을 적용한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하게 된 경우 그 잔액은 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다.

4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 때(5년내 사용하지 아니한 잔액에 한한다)

④ 제3항 제4호의 규정에 의하여 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 당해 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 한다.

제113조 [구분경리]① 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다.

(2) 법인세법 시행령

제2조 [수익사업의 범위] ① 「법인세법」(이하 "법"이라 한다) 제3조 제2항 제1호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다.

② 법 제3조 제2항 제5호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

제56조 [고유목적사업준비금의 손금산입]⑤ 법 제29조 제1항에서 "고유목적사업"이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업을 말한다.

⑥ 법 제29조 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다.

1. 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액

2. 특별법에 의하여 설립된 법인(당해 법인에 설치되어 운영되는 기금중 「국세기본법」 제13조의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체를 포함한다)으로서 건강보험·연금관리·공제사업 및 제2조 제1항 제8호에서 규정된 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액

3. 의료업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 "의료법인"이라 한다)이 의료기기 등 재정경제부령이 정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액

4. 「농업협동조합법」에 의한 농업협동조합중앙회가 법 제61조 제1항의 규정에 의하여 계상한 고유목적사업준비금을 회원에게 무상으로 대여하는 금액

5. 「농업협동조합법」에 의한 농업협동조합중앙회가 「농업협동조합의 구조개선에 관한 법률」에 의한 상호금융예금자보호기금에 출연하는 금액

6. 「수산업협동조합법」에 의한 수산업협동조합중앙회가 「수산업협동조합의 구조개선에 관한 법률」에 의한 상호금융예금자보호기금에 출연하는 금액

7. 「신용협동조합법」에 의한 신용협동조합중앙회가 동법에 의한 신용협동조합예금자보호기금에 출연하는 금액

8. 「새마을금고법」에 의한 새마을금고연합회가 동법에 의한 예금자보호준비금에 출연하는 금액

9. 「산림조합법」에 의한 산림조합중앙회가 동법에 의한 상호금융예금자보호기금에 출연하는 금액

⑦ 법 제29조 제4항에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액"이라 함은 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 당해 고유목적사업준비금의 잔액을 손금에 산입한 사업연도에 그 잔액을 손금에 산입함에 따라 발생한 법인세액의 차액

2. 손금에 산입한 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 익금에 산입한 사업연도의 종료일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율

제156조 [구분경리]법 제113조 제1항 내지 제3항의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 재정경제부령이 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.

(3) 법인세법 시행규칙

제76조 [비영리법인의 구분경리]① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.

② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다.

③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.

④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 「조세특례제한법」 제74조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.

⑤ 비영리법인의 경우 법 제112조의 규정에 의한 장부의 기장은 제1항 내지 제4항의 규정에 의한다.

⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각 호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금 외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각 호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산한다.

1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산

⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다.

(4) 상속세 및 증여세법

제48조 [공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등]② 세무서장 등은 제1항 및 제16조 제1항의 규정에 의하여 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호 내지 제4호 및 제5호의1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제4호의2에 해당하는 경우에는 제78조 제9항의 규정에 의한 가산세를 부과한다. 다만, 불특정다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액의 산정이 어려운 재산으로서 대통령령이 정하는 재산을 제외한다.

3. 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업 외에 사용한 경우

4. 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하며 대통령령이 정하는 공과금 등을 제외한다)을 공익목적사업외에 사용하거나 매각한 날부터 3년이 경과한 날까지 대통령령이 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우

(5) 상속세 및 증여세법 시행령

제38조 [공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리]④ 법 제48조 제2항 제4호에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우"라 함은 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일부터 3년 이내에 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하되, 당해 자산매각에 따라 부담하는 국세 및 지방세를 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다) 중 직접 공익목적사업에 사용한 실적(매각대금으로 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득한 경우를 포함한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)이 매각대금의 100분의 90에 미달하는 경우를 말한다. 이 경우 당해 매각대금 중 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산(공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득하기 전에 일시 취득한 재산을 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)을 취득한 가액이 매각대금의 사용기준에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용한다.

(6) 사립학교법

제6조 [사업]① 학교법인은 그가 설치한 사립학교의 교육에 지장이 없는 범위안에서 그 수익을 사립학교의 경영에 충당하기 위하여 수익을 목적으로 하는 사업(이하 "수익사업"이라 한다)을 할 수 있다.

④ 제1항의 수익사업에 관한 회계는 당해 학교법인이 설치·경영하는 사립학교의 경영에 관한 회계와 구분하여 별도회계로 경리하여야 한다.

제28조 [재산의 관리 및 보호]① 학교법인이 그 기본재산을 매도·증여·교환 또는 용도변경하거나 담보에 제공하고자 할 때 또는 의무의 부담이나 권리의 포기를 하고자 할 때에는 관할청의 허가를 받아야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항은 이를 관할청에 신고하여야 한다.

제29조 [회계의 구분]① 학교법인의 회계는 그가 설치·경영하는 학교에 속하는 회계와 법인의 업무에 속하는 회계로 구분한다.

③ 제1항의 규정에 의한 법인의 업무에 속하는 회계는 이를 일반업무회계와 제6조의 규정에 의한 수익사업회계로 구분할 수 있다.

(7) 사립학교법 시행령

제11조 [기본재산의 처분] ⑤ 법 제28조 제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 경미한 사항"이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 다만, 법 제28조 제1항 본문의 규정에 의한 허가를 받지 아니할 목적으로 학교법인의 기본재산을 분할하거나 법·이 영 또는 관계법령에 위반되는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 대학설립·운영규정 제7조 제1항의 규정에 의한 수익용기본재산을 확보한 대학 또는 산업대학을 경영하는 학교법인이 수익증대를 목적으로 다른 수익용기본재산으로 대체취득하기 위하여 수익용기본재산을 매도 또는 교환하는 경우

(8) 법인세법 부칙

부칙(1988.12.26. 법률 제4020호로 개정된 것) 제14조[수익사업용 고정자산의 취득가액산정에 관한 특례]제1조 제1항 제6호의 개정규정을 적용함에 있어서 1988년 12월 31일 이전에 취득한 토지 및 건물(부속시설물과 구축물을 포함한다)의 취득가액은 장부가액과 1989년 1월 1일 현재로 「상속세법」 제9조 제1항의 가액으로 평가한 금액 중 높은 금액으로 할 수 있다.

부칙(2005.12.31. 법률 제7838호로 개정된 것) 제1조 [시행일]이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제26조 및법률 제5581호 법인세법개정법률 부칙 제8조 제2항의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제98조의5의 개정규정은 2006년 7월 1일부터 시행하며, 제55조의2의 개정규정은 2007년 1월 1일부터 시행한다.

부칙(2005.12.31. 법률 제7838호로 개정된 것) 제21조 [수익사업소득계산의 과세특례에 관한 적용례]법률 제5581호 법인세법 개정법률 부칙 제8조 제2항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도에 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

부칙(1998.12.28. 법률 제5581호로 개정된 것) 제8조 [수익사업소득계산에 관한 특례] ② 제3조 제2항 제5호의 개정규정을 적용함에 있어서 1988년 12월 31일 이전에 취득한 토지 및 건물(부속시설물과 구축물을 포함한다)의 취득가액은 장부가액과 1989년 1월 1일 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조 및 동법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있다. 다만, 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지 및 건물로서 수익사업용이 아닌 것의 취득가액은 장부가액과 1991년 1월 1일 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조 및 동법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있다.