주문
1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고들이 부담한다.
이유
1. 기초사실
가. 원고들은 2006. 5. 25. 당시 보유하고 있던 주식회사 C(이하 회사명에서 ‘주식회사’의 기재는 모두 생략한다) 발행 주식 230,000주[원고 A 128,000주(보유비율 27.83%), 원고 B 102,000주(보유비율 22.17%), 이하 위 주식을 통틀어 ‘이 사건 주식’이라고 한다]를 더존이앤씨에게 양도하는 계약서를 작성하고, 더존이앤씨로부터 같은 날 그 양도대금 합계 6,413,780,000원을 송금받아(원고 A 3,569,408,000원, 원고 B 2,844,372,000원), 2006. 5. 29. 6,400,000,000원을 C측에 대여금 명목으로 송금하였다.
이어 2006. 7. 원고 A은 290,906,096원, 원고 B은 231,765,014원을 각각 양도소득세로 신고ㆍ납부하였다.
나. C는 2006. 5. 30. 이사회를 열어 이 사건 주식을 더존이앤씨로부터 매수하되, 더존이앤씨가 원고들로부터 매수한 금액과 같은 금액으로 매수하기로 의결하고, 같은 날 더존이앤씨와 그 계약서를 작성한 후, 위와 같이 원고들이 C측에 대여금 명목으로 송금하여 준 금액 등으로 그 매수대금 6,413,780,000원을 송금하였다.
다. 그 후 C는 2009. 3. 2. 임시주주총회를 열어 이 사건 주식의 소각을 결의하고 주식소각을 실행하여 자본이 절반으로 감소하였다. 라.
수원세무서와 용인세무서는 이 사건 주식에 대하여 주식소각이 실행된 2009. 3. 2. 원고들에게 의제배당소득이 발생하였다고 판단하여, 2013. 12. 2.에 이르러 2009년도 귀속 종합소득세로, 수원세무서장은 원고 A에게 총 결정세액 1,272,888,310원(가산세 포함), 용인세무서장은 원고 B에게 총 결정세액 776,185,970원(가산세 포함)의 부과처분을 각각 하였다
(이하 이를 ‘이 사건 부과처분’이라고 한다). 이 때 원고 A의 경우 총 결정세액 1,272,888,310원(가산세 포함)에서 ‘기납부세액’ 명목으로 290,906,096원을 차감한 981,982...