토지수용법에 의해 양도된 토지의 양도소득세 감면 종합한도액 적용 여부

토지수용법에 의해 1995.12.30. 양도된 토지의 양도소득세 감면종합한도액은 개정법률을 적용하여야 하고 그 한도액은 1억원임

결정 내용은 붙임과 같습니다.

1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

1. 처분의 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1, 2호증의 각 기재, 을 제1, 3호증, 을 제2호증의 1, 2, 을 제4호증의 1 내지 4의 각 기재에 변론의 전취지를 모아보면, 이를 인정할 수 있다.

"가. 원고는 1986. 12. 27. ㅇㅇ ㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ 답 1,613㎡(이하이 사건 토지'라 한다)를 매수, 취득하여 보유하고 있던 중 그 토지가 1993. 6. 16.자로 택지개발촉진법 제8조의 규정에 따라 건설교통부장관의 택지개발계획승인신고시(제210호)에 의하여 ㅇㅇ ㅇㅇ 제2지구 택지개발지구용지조성사업에 편입되게 됨으로써 같은 날 토지수용법 제14조의 규정에 의한 사업인정의 고시가 있은 것으로 되었다.",나. 원고는 위 사업시행자로서 기업자인 ㅇㅇ광역시로부터 토지수용법이 정하는 바에 따라 협의매수요청을 받아 1995. 12. 30. ㅇㅇ광역시와 사이에 이 사건 토지의 매매대금을 금 390,346,000원으로 하는 매매계약을 체결함과 동시에 같은 날 이 사건 토지에 관하여 ㅇㅇ광역시 앞으로 소유권이전등기를 경료해 주었으며, 1996. 1. 5. 그 매매대금으로 현금 156,346,000원과 금 234,000,000원의 채권을 지급받았다.

다. 그 후 원고는 1996. 2. 26. 피고에 대하여, 이 사건 토지의 양도 따른 양도차익 예정신고를 하면서 그 양도차익을 기준시가에 의하여 계산한 금302,040,891원(양도가액 금 332,278,000원 - 취득가액 금 29,762,887원 - 필요경비 474,222원)에서 양도소득특별공제액, 5년 이상 장기보유특별공제액 등을 공제한 금 263,491,338원을 과세표준으로 산출하고, 여기에 세율 55%을 곱하여 금 135,420,335원을 산출세액으로 계산한 후, 그 당시 시행중인 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 개정된 조세감면규제법 제119조에 따른 감면세액 금 100,000,000원과 예정신고납부세액 금 354,023원을 공제한 금 31,878,212원을 양도소득세로, 그 감면세액 100,000,000원에 대한 20%인 금 20,000,000원을 농어촌특별세로 하여 자진 신고납부하였다.

"라. 그런데 원고는, 이 사건 토지의 수용은 그 사업인정고시일이 1993. 6. 16.이므로 그 당시 시행되던 구 조세감면규제법(1991. 2. 27. 법률 제4451호로 개정되어 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 개정되기 전의 것) 제88조의2의 규정에 의하여 감면될 양도소득세 감면의 종합한도액이 금 300,000,000원이고, 한편 원고가 이 사건 토지의 양도대금으로 수령한 현금156,346,000원과 금 234,000,000원의 채권에 대한 구 조세감면규제법 제57조의 소정의 감면율(현금보상은 70%, 채권보상은 100%)에 따른 감면세액은 금 117,233,379원이므로, 위 양도소득세의 산출세액에서 그 감면세액이 전액 공제되어야 하는데도, 금 1000,000,000원만 잘못 공제되었다 할 것이어서, 원고가 이미 자진납부한 양도소득세 금 31,878,212원 중 금 17,233,379원 부분이 추가로 면제되어야 하고, 또한 1993. 6. 16. 당시에는 농어촌특별세법이 제정, 공포되기 이전이므로 원고가 이미 납부한 농어촌특별세 금 20,000,000원도 면제되어야 한다는 이유로, 1996. 6. 3. 국세기본법 제45조의 2의 규정에 의하여 피고에 대하여, 당초 신고한 양도소득세 금31,878,212원은 정당한 세액인 금 14,644,833원(금31,878,212원 - 추가 면제세액 금 17,233,379원)으로, 농어촌특별세 금 20,000,000원은 전액 면제되어 부과하지 않는 것으로 경정해 줄 것을 요구하는 과세표준 및 세액 경정청구서를 제출하였으나, 피고는 1996. 6. 17. 원고의 당초 신고 과세표준 및 세액이 모두 관계법령에 따른 적법한 것으로서 정당하다는 이유로 원고의 경정신청을 거부하는 처분(이하이 사건 처분이라 한다)을 하였다.",2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고는, 위 처분사유와 적용법조를 들어 이 사건 처분이 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 (1) 이 사건 토지의 수용은 1993. 6. 16.자로 고시된 수용사업과 관련된 것이서, 그 사업인정 고시일 당시 시행되던 구 조세감면규제법 제88조의2의 규정에 따라야 할 것이고, 이에 의할 경우 양도소득세에 대한 감면세액의 한도액은 과세기간별로 금 300,000,000원인 만큼, 이와 달리 그 감면세액을 금 100,000,000원이라고 보고 원고의 경정신청을 거부한 이 사건 처분은 위법하고, (2) 그렇지 않다 하더라도, 원고 자신이 이 사건 토지를 취득후 직접 경작하는 방법으로 그 토지의 취득일로부터 양도일까지 8년 이상 자경한 농지이므로, 이 사건 토지는 8년 이상 자경농지의 양도소득세 비과세요건을 모두 구비하여 그 토지의 양도로 인한 소득은 비과세대상임에도, 이를 양도소득세 과세대상이라고 보아 양도소득세를 부과한 것과 같은 셈이 되는 피고의 이 사건 처분은 위법하며, (3) 또한 원고는 앞서 인정한 사실관계에 터잡아 1993. 12. 31. 전면개정된 조세감면규제법 부칙 제16조 제3항과 그 개정전의 같은 법 제57조의 규정에 의하여 이 사건 토지의 양도에 따른 양도소득세를 감면받았는데, 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항은 그 조세감면규제법 부칙 제16조 제3항이 적용되는 경우에는 농어촌특별세를 비과세하도록 규정하였으므로 원고가 위와 같이 감면받은 양도소득세에 관하여는 농어촌특별세가 비과세되어야 한다는 취지로 주장한다.

나. 먼저 조세감면규제법의 규정에 의한 양도소득세 감면세액의 한도액이 3억원이라는 주장에 대한 판단 (1) 관계법령

"구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 개정되고, 1994. 3. 24. 법률 제4743호로 개정되기 이전의 것, 이하법'이라고만 한다)상 이 사건에 관련한 법규정은 다음과 같다.", "제63조 제1항 다음 각호의 1에 해당하는 토지 또는 건물(이하토지등'이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(토지등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 45)에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업 인정고시일(사업인정고시일 이전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년 이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50(토지등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 75)에 상당하는 세액을 감면한다{한편 1991. 12. 27. 법률 제4451호로 개정되어 1993. 12. 31. 개정전에 시행되던 구 조세감면규제법 제57조는, 다음 각호의 1에 해당하는 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50(토지등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 80)에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일로부터 소급하여 5년 이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 70(토지등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하여 그 감면비율이 높았다} 1호, 2호 생략",3호. 토지수용법 기타 법률에 의한 수용으로 인하여 발생하는 소득 제119조 개인이 제43조 제55조 제63조 내지 제66조 제70조 제71조 및 이 법 부칙 제16조 제2항(동항 제1호 및 제3호를 제외한다) 내지 제4항 및 제6항의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다(위 규정은 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 조세감면규제법 전면개정시 양도소득세 감면의 종합한도에 관한 규정인데, 위 규정 중 이 법 부칙 부분은 1994. 12. 22. 법률 제4806호로 조세감면규제법이 개정되면서 법률 제4666호 조세감면규제법개정법률부칙으로 개정되었고, 그 부칙 제4조 제3항에서 위 제119조의 개정규정은 1994. 1. 1.부터 적용한다고 규정하였다).

부칙 제1조 : 이 법은 1994. 1. 1.부터 시행한다.

부칙 제7조 제1항 본문 : 이 법중 양도소득세 또는 특별부가세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

부칙 제16조 제3항 : 이 법 시행전에 토지수용법 기타 법률에 의하여 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지등의 양도로 인하여 발생한 소득에 대한 양도소득세등의 감면 및 추징에 관하여는 제63조 및 제78조의 개정규정에 불구하고 다음 각호에 의한다.

제1호 : 1992. 12. 31. 이전에 사업인정고시된 사업지역 안에 있는 토지등을 양도한 경우에는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다.

제2호 : 제1호 외의 경우로서 1993. 12. 31. 이전에 사업인정고시된 사업지역 안에 있는 토지등을 양도한 경우에는 종전의 제57조의 규정에 의한다.

위 규정의 취지를 종합하면, 법 제63조 제1항과 부칙 제16조 제3항은, 토지수용법 등으로 인한 토지등의 양도로 발생한 소득에 대한 양도소득세의 감면비율에 관한 규정들로서, 그 부칙 제16조 제3항은, 법 제63조 제1항에 의하여 감면되는 경우 중 일정한 요건에 해당하는 경우에 있어서의 감면비율에 관한 적용례를 규정한 것이어서 근본적으로는 토지수용 등으로 인한 양도소득세 등의 감면을 규정한 법 제63조 제1항에 의한 감면의 한 모습에 불과하고, 법 제119조는 양도소득세 감면의 종합한도액을 설정한 규정으로서 그 한도의 적용대상으로 그 부칙 제16조 제3항에 의한 면제의 경우가 포함되어 있는 이상, 그 부칙에 의한 감면의 경우도 법 제119조에 의한 양도소득세 감면 종합한도의 적용대상이 된다고 할 것이다. 따라서, 토지수용법 등에 의한 토지의 양도로 발생하는 소득에 대하여 1994. 1. 1.부터는 양도소득세의 감면비율이 감소하나(법 제63조 제1항), 1993. 12. 31. 이전에 토지수용법 기타 법률에 의하여 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지 등의 양도로 인하여 발생한 소득에 대하여는 종전의 제57조의 규정에 의한 감면비율에 따라 양도소득세를 면제하되(부칙 제16조 제3항 제2호), 다만 이와 같이 감면될 양도소득세액의 합계가 연간 금 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과부분은 감면되지 아니하는 것으로 풀이된다고 할 것이다.

(2) 살피건대, 앞서 본 바와 같이 이 사건 토지에 관한 사업인정고시일은 1993. 6. 16.이고, 그 양도일은 이 사건 토지에 관하여 ㅇㅇ광역시 명의의 소유권이전등기가 경료된 때인 1995. 12. 30.이므로 {구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 전문개정되기 전의 것) 제27조는, 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다고 규정하고, 구 소득세법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 전문개정되기 전의 것) 제53조 제1항은, 법 제27조에 규정하는 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다고 규정하면서 그 제2호에서, 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일을 규정하고 있다}, 이 사건 토지의 양도로 인한 양도소득세는 법 부칙 제16조 제3항 제2호에 의하여 종전의 법 제57조의 규정에 의하여 면제되어야 할 것이나, 그 면제한도에 관한 법 제119조는 1993. 12. 31. 법률 제4666호에 규정된 조항으로서, 그 법률부칙에 적용시기는 1994. 1. 1. 이후 양도분부터라고 규정되어 있으므로, 그 면제한도는 법 제119조에 따라 금 1억 원이라고 할 것이므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다 할 것이다.

다. 다음으로 이 사건 토지가 8년 이상의 자경농지에 해당한다는 주장에 대한 판단 먼저 이 사건 토지의 양도시기에 적용되던 구 소득세법 제5조 제6호 (라)목은, 양도할 때까지 8년 이상 계속하여 자기가 경작한 토지로서 농지세의 과세대상(비과세 감면과 소액부징수의 경우를 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득은 양도소득세의 비과세대상으로 규정하고, 이를 받아 구 소득세법시행령(1992. 12. 31. 대통령령 제13802호로 개정된 것, 이하 같다) 제14조 제3항은, 비과세대상인 토지를 취득한 때로부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있는 양도일 현재의 농지를 말하고, 그 시행령 제14조 제3항의 농지라 함은 전・답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지를 말한다고 각 규정하고 있으나, 원고가 이 사건 토지의 취득시기로부터 양도시까지의 기간 중 8년 이상 농지소재지에 거주하면서 자신이 이 사건 토지를 경작하였다고 인정할 아무런 증거가 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 나머지 점에 더 나아가 살펴 볼 필요도 없이 이유 없다 할 것이다.

라. 끝으로 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항에 관한 판단 (1) 1994. 3. 24. 법률 제4743호로 공포되어 같은 해 7. 1.부터 시행된 농어촌특별세법 제3조 제1호는, 다음 각 호의 1에 해당하는 자는 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다고 규정하면서, 제1호로서, 조세감면규제법에 의하여 소득세 등의 면제를 받은 자를 규정하고, 농어촌특별세법 제4조는, 다음 각 호에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하면서, 제1호에서 제12호의 경우를 각 열거하고 있는데, 그 제12호에서, 기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업 등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령이 정하는 것을 규정하고 있다. 한편, 1994. 7. 1. 대통령령 제14313호로 공포되어 같은 날부터 시행된 농어촌특별세법시행령 제4조 제6항은, 법 제4조 제12호에서 대통령령이 정하는 것이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 감면을 말한다고 규정하면서, 제1호에서, 조세감면규제법 제9조 내지 제13조, 제15조, 제15조의2, 제43조 내지 제46조, 제50조, 제51조, 제64조 제1항 제9호, 제73조, 제74조, 제112조 제1항 제1호 및 제5호에 의한 감면을 열거하고 있는데, 농어촌특별세법시행령 제4조 제6항에서 규정하고 있는 조세감면규제법의 각 조항은 그 시행령이 공포되어 시행된 1994. 7. 1. 현재 시행중인 조세감면규제법을 의미한다고 풀이된다.

(2) 그런데 원고는 위 인정사실에서 본 바와 같이 1993. 12. 31. 전면개정된 조세감면규제법 부칙 제16조 제3항과 그 개정전의 같은 법 제57조에 의하여 양도소득세를 감면받았는바, 위 개정전의 법 제57조는, 토지수용법에 의한 토지의 수용으로 발생하는 소득에 관한 양도소득세를 감면한다는 규정이었고, 위와 같이 전면개정된 조세감면규제법 부칙 제16조 제3항 제2호는, 1993. 12. 31. 이전에 사업인정고시된 사업지역 안에 있는 토지등의 양도에 대하여는 위 개정전의 법 제57조를 적용한다는 규정이었다.

한편으로 위와 같이 1993. 12. 31. 전면개정된 조세감면규제법 제57조도, 토지수용법에 의한 토지의 수용으로 인하여 발생하는 소득에 관한 양도소득세를 감면한다고 규정하면서 다만 그 감면비율을 종전보다 감소하였다.

(3) 또한 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항은, 농어촌특별세법 또는 그 시행령에서 농어촌특별세 비과세대상으로 규정된 조세감면규제법의 해당규정과 같은 취지의 감면을 규정한 법률 제4666호 조세감면규제법의 해당규정에 대하여 동법 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 동 경과조치 또는 특례에 대하여서도 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하였다.

(4) 이상과 같은 각 규정들을 종합하여 보면, 농어촌특별세법은 원칙적으로 조세감면규제법에 의하여 양도소득세 등을 면제를 받은 자에 대하여 농어촌특별세 납부의무를 지우면서 조세감면규제법에 의하여 감면을 받은 경우 중 일정한 경우에 관하여는 예외적으로 농어촌특별세를 부과하지 않도록 하고, 이와 같이 조세감면규제법에 의하여 감면을 받은 경우 중 농어촌특별세 비과세대상이 되는 경우를 농어촌특별세법 제4조 및 그 시행령 제4조 제6항에서 규정하였다고 할 것인바, 농어촌특별세 비과세대상을 규정함에 있어서 조세감면규제법이라 함은 앞서 본 바와 같이 농어촌특별세법 시행 당시에 시행되고 있던 조세감면규제법을 의미한다 할 것이고, 그 시행령 제4조 제7항은, 농어촌특별세 비과세대상이 농어촌특별세법 시행 당시에 시행되던 조세감면규제법에 규정된 일정 경우로 정해짐에 따라, 그 조세감면규제법 이전에 시행된 같은 법에 동일한 경우가 규정되어 있었던 경우에는 그 경우에도 동일하게 농어촌특별세를 비과세한다는 취지의 규정이라고 할 것이다.

(5) 따라서 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항은, 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전면개정된 조세감면규제법 부칙 제13조 내지 제19조가 규정하는 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 않는다는 것이지만, 그 부칙 제13조 내지 19조가 규정하는 경과조치 또는 특례 모두에 대하여 농어촌특별세를 부과하지 않는다는 것이 아니라, 그 범위에 일정한 제한을 가하여, 위와 같은 경과조치 또는 특례 가운데 농어촌특별세법 및 그 시행령에서 농어촌특별세 비과세대상으로 규정하고 있는 것과 같은 취지의 것에 한하여 농어촌특별세를 부과하지 않는다는 취지라고 할 것이고, 그 시행령 제4조 제7항이 위와 같이 해석되는 이상, 그 조항이 과세요건 법률주의와 과세요건 명확주의에 위반된다고 볼 수 없다.

(6) 그런데 농어촌특별세법 제4조와 그 시행령 제4조 제6항은 앞서 본 바와 같이 토지수용법에 의한 토지의 수용으로 발생하는 소득에 관하여 그 면제받은 양도소득세를 농어촌특별세 비과세대상으로 규정하지 않고 있음이 조문자체에 의하여 분명하고, 그 법 제4조나 그 시행령 제4조 제6항 이외에 농어촌특별세법 및 그 시행령에서 토지수용법에 의한 토지 수용의 경우에 그 양도소득세를 감면하도록 규정한 조세감면규제법 제57조를 농어촌특별세 비과세대상으로 규정한 바도 없으므로, 결국 원고가 이 사건 토지의 수용으로 감면받은 양도소득세는 농어촌특별세법 및 그 시행령에서 농어촌특별세 비과세대상으로 규정하고 있는 것과 같은 취지의 것이 아니어서 그 시행령 제4조 제7항이 규정하는 농어촌특별세 비과세대상에 해당하지 않는다 할 것이다.

(7) 따라서 원고가 토지수용법에 의하여 이 사건 토지를 ㅇㅇ광역시에 양도하고, 그 양도소득에 대하여 1993. 12. 31. 전면개정된 조세감면규제법 부칙 제16조 제3항과 위 개정전의 같은 법 제57조에 의하여 감면받은 양도소득세는 농어촌특별세 비과세대상에 해당하지 않으므로, 그 면제받은 양도소득세를 과세표준으로 하여 원고에 대하여 농어촌특별세를 부과한 것은 적법하다 할 것이어서, 원고의 이 부분 주장 또한 이유 없다 할 것이다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 처분이 위법함 전제로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하고 소송비용은 패소자인 원고의 부담으로 하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1997. 7. 30.