조심2008중1244 (2008.06.23)

양도

기각

주거지역에 편입된 후 3년이 경과한 후 양도된 농지는 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상에 해당하지 않음

조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 / 조세특례제한법시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

국심2005중3791 / 국심2004중0055 /

심판청구를 기각합니다.

1. 처분개요

가. 청구인 소유의 OOOOO OO OOO OOOOO 등 7필지 토지(면적 2,631㎡, 이하 “종전토지”라 한다)가 1998.6.12. OOOOOOOOOO OOOOOOOOO에 편입되어 2002.10.16. OOOOOO으로부터환지예정지(권리면적 1,057,98㎡, 이하 “쟁점토지”’라 한다)를 지정받은 후, 2002.11.13. (O)OOOO에게 쟁점토지를 양도하였다.

나. 청구인은 쟁점토지에 대한 양도차익을 환지예정지 권리면적에다종전토지의 개별공시지가를 적용하여 계산하여 2003.3.12. 처분청에 쟁점토지가8년 자경농지에 해당한다 하여 양도소득세감면신청을 하였다.

다. 처분청은 쟁점토지가 1998.6.12. 주거지역에 편입된 후 3년 이상 지난 시점인 2002.11.13.에 양도되어 8년 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상이 아니며 또한, 쟁점토지는 환지예정지로서 개별공시지가 없는 토지에 해당하므로 종전토지의 개별공시지가가 아닌 감정평가법인의 감정가액을 양도가액으로 하여 청구인의 양도소득세를 경정결정한 후, 2007.9.11. 청구인에게 2002년 귀속 양도소득세 85,450,310원을 고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2007.10.16. 이의신청을 거쳐 2008.3.3. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점토지는 환지처분 대상 농지에 해당하고, 조세특례제한법 시행령 제66조에서 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정한 경우, 그 환지예정지 지정일로부터 3년이 지난 농지를 감면대상에서 제외하고 있는바, 쟁점토지는 환지예정지 지정일로부터 3년 이상 지난 농지에 해당하지 아니하므로, 처분청이 청구인의 양도소득세 감면신청을 배제한 처분은 부당하다.

(2) 청구인이 소유하던 종전토지가 2002.10.16. OOOOO OOOOOOOOO에 편입되어 불로지구 34블록 2롯트로 변경되었는바, 쟁점토지 양도당시(2002.11.13.) 환지예정지에 대한 새로운 개별공시지가가 고시되기 전이므로 청구인이 종전토지에 대한 개별공시지가를 적용하여 양도소득세를 신고한 것은 정당하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점토지가 1998.6.12. 주거지역에 편입되었음이 OOOOO OOOOO OO(OOOOOO)에 의해 확인되므로, 청구인이 주거지역에 편입된 날로부터 약 4년 5개월이 지난 2002.11.13.에 쟁점토지를 양도한 경우에는 양도소득세 감면규정을 적용할 수 없다.

(2) 쟁점토지는 양도일 이전인 2002.10.16. 환지예정지로 지정된 토지로서 개별공시지가 없는 토지에 해당하므로 OOOOO과 (O)OOOOOOOO이 이 건 양도일인 2002.11.13.을 기준일로 하여 평가한 감정가액의 평균액인 420,000원을 적용하여 양도소득세를 계산한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) OOOOO OOOOO OOOOOOOOO에 편입된 토지가 주거지역편입일로부터 3년 이상 경과되어 양도된 경우라 하여 8년 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하지 아니하고 과세한 처분의 당부

(2) 토지구획정리사업에 편입된 토지가 환지예정지로서 개별공시지가 없는 토지에 해당한다 하여 감정평가법인의 감정가액을 양도가액으로 하여 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 ① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상(괄호생략) 계속하여 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(괄호생략)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 도시계획법에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역 등”이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그 밖의 법률에 의하여 환지처분 전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(1-1) 조세특례제한법 시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】② 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(괄호생략) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 이 경우 상속받은 농지의 경작한 기간을 계산함에 있어서는 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(괄호생략) 또는 시( 지방자치법 제3조제4항의 규정에 의하여 설치된 도·농복합형태의 시의 읍·면지역을 제외한다)에 있는 농지 중도시계획법에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지.다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 도시계획법에 의한 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다.

가. 사업시행지역안의 토지소유자가 1천명 이상인 지역

나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모 이상인 지역

2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지지정일부터 3년이 지난 농지

(1-2) 조세특례제한법 시행규칙 제27조【농지의 범위 등】③ 영 제66조 제2항 제1호 나목에서 “재정경제부령이 정하는 규모”라 함은 100만제곱미터로 하되, 택지개발촉진법에 의한 택지개발사업 또는 주택건설촉진법에 의한 대지조성사업의 경우에는 10만제곱미터로 한다.

(2) 소득세법 제96조【양도가액】① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. (단서생략)

(3) 소득세법 제99조【기준시가의 산정】① 제96조 제1항 본문, 제97조 제1항 제1호 가목 본문, 제100조 및 제114조 제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다.

1. 제94조 제1항 제1호의 규정에 의한 토지 또는 건물

가. 토지 : ‘지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률’에 의한 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다).다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지관할세무서장이 인근유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.

(3-1) 소득세법 시행령 제164조【토지ㆍ건물의 기준시가 산정】① 법 제99조 제1항 제1호 가목 단서에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액”이라 함은다음 각호의 1에 해당하는 개별공시지가가 없는 토지와 지목ㆍ이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 ‘지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률’ 제10조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지관할세무서장(납세지관할세무서장과 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장이 서로 다른 경우로서 납세지관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장)이 평가한 가액을 말한다. 이 경우 납세지관할세무서장은2 이상의 감정평가기관에 의뢰하여 당해 토지에 대한 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 평가할 수 있다.

1. 지적법에 의한 신규등록토지

2. 지적법에 의하여 분할 또는 합병된 토지

3. 토지의 형질변경 또는 용도변경으로 인하여 지적법상의 지목이 변경된 토지

(3-2) 소득세법 시행규칙 제77조【환지예정지 등의 양도 또는 취득가액의 계산】① 양도 또는 취득가액을 기준시가에 의하는 경우 도시개발법 또는 농어촌정비법 등에 의한 환지지구 내 토지의 양도 또는 취득가액의 계산은 다음 각호의 산식에 의한다.

1. 종전의 토지소유자가 환지예정지구 내의 토지 또는 환지처분된 토지를 양도한 경우

가. 양도가액 : 환지예정(교부)면적×양도당시의 단위당 기준시가

나. 취득가액 : 종전토지의 면적×취득당시의 단위당 기준시가

(4) 수도권정비계획법 제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다

4. “대규모개발사업”이라 함은 택지ㆍ공업용지 및 관공지등의 조성을 목적으로 하는 사업으로서 대통령령이 정하는 종류 및 규모이상의 사업을 말한다.

(4-1) 수도권정비계획법 시행령 제4조【대규모개발사업의 종류 등】법 제2조 제4호에서 “대통령령이 정하는 종류 및 규모이상의 사업”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 택지조성사업(이하 “택지조성사업”이라 한다)으로서 그 면적이 100만제곱미터 이상인 것

가. 택지개발촉진법에 의한 택지개발사업

나. 주택법에 의한 주택건설사업 및 대지조성사업

(5) 도시개발법 제3조【도시개발구역의 지정 등】① 특별시장ㆍ광역시장 또는 도지사(이하 “시ㆍ도지사”라 한다)는 계획적인 도시개발이 필요하다고 인정되는 때에는 도시개발구역을 지정할 수 있다. 이 경우 지정하고자 하는 도시개발구역의 면적이 대통령령이 정하는 규모 이상인 때에는 건설교통부장관의 승인을 얻어야 한다.

(5-1) 도시개발법 시행령 제3조【도시개발구역 지정의 승인】법 제3조 제1항 후단에서 “대통령령이 정하는 규모”라 함은 100만제곱미터를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) OOOOOO이 2007.10.4. 처분청에 회신한 ‘쟁점토지의 주거지역 편입일자 확인공문’(OOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO)에는 쟁점토지가 1998.6.12. 주거지역에 편입되었음이 확인된다.

(2) OOOOO OOOOOOO이 2002.10.16. 공고한OOOOO OOOOOOOO OOOOO OOOOOO(OOOOOOOOO)에는 OOOOO OO OOOO(OOOOOOOOOO)로 사업시행인가된 OOOOO OOOOOOOOO 토지에 대해 환지계획을 수립하여 토지구획정리사업법 제47조 규정에 의한 환지계획인가를 득함에 따라 같은 법 제56조 규정에 의거 환지예정지를 지정하고 이를 공고하였음이 나타난다.

(3) OOOOOO이 1998.6.12. 사업결정고시한 7개 토지구획정리사업지구의 주요내용은 아래 <표1>과 같고, OOOOOO 회신공문(OOOOOOOOOO, OOOOOOOOO OOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO)에는 OOOOO OOOOOOOOO 면적은 385,197㎡이고, 토지소유자는 273명으로 나타난다.

OOOOOOOOOO (OOO O, O)

(4) OOOOO OOOO의 ‘환지예정지 증명원’에는 청구인이 소유하던 종전토지가 OOOOO OOOOOOOOO에 편입됨에 따라 쟁점토지로 환지예정지를 지정받았음이 나타난다.

(5) 우리 원의 선결정례(OO OOOOOOO, OOOOOOOOOOO OOOO)에서는 우리 원에서 OOOOOO에게 1998.6.12. 사업결정고시한 OOOOO OOOOOOOOO 등 7개 사업지구가 동일한 하나의 사업지역인지 여부를 조회한 바, OOOOOO은 7개 사업지구에 대해 편의상 일괄기안하여 동시에 고시한 것일 뿐, 하나의 사업지역이 아닌 별개의 사업지역에 해당한다고 회신하였으며, 이는 OOOOOO이 고시한 내용(OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO) 중 7개 토지구획정리사업지구의 합계면적을 기재하지 아니한 사실, 사업지역이 100만㎡ 이상인 대규모개발사업지역은 OOOOOOO의 사업계획승인을 받거나 협의를 거쳐야 하는데도 그러한 절차를 밟지 아니한 사실로도 이를 확인할 수 있다고 판단하였다.

(6) 쟁점토지는 OOOOO OOOOOOOOO에 편입된 환지예정지로서 같은 지구 내의 토지는 블록이나 롯트로 나누어져 있는 상태로 이에 대한 개별공시지가가 고시되어 있지 아니함에 따라 관할세무서장인 처분청은 아래 <표2>와 같이 OOOOO과 (O)OOOOOOOO에 감정평가를 의뢰하여 쟁점토지의 양도당시 기준시가로 산정하였음이 나타난다.

OOOOOOOOOO (OOO O, O)

(7) 이를 바탕으로 먼저, 처분청이 OOOOO OOOOO OOOOOOOOO에 편입된 토지가 주거지역편입일로부터 3년 이상 경과되어 양도된 경우라 하여 8년 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하지 아니하고 과세한 처분이 타당한지를 살펴본다.

(가) 조세특례제한법 시행령 제66조 제2항 제1호에서는 거주자가 토지를 취득한 후 양도할 때까지 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 양도일 현재 특별시, 광역시 등에 있는 농지 중 도시계획법에 의한 주거지역 안에 있는 농지로서 주거지역 등에 편입된 날부터 3년이 지난 농지의 양도에 대하여는 양도소득세를 감면하지 아니하나, 대규모 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 도시계획법에 의한 주거지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적인 사업시행 또는 보상지연으로 주거지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지의 양도에 대하여는 양도소득세를 감면한다고 규정하고 있다.

(나) 세법은 이와 같이, 도시계획법 등에 의한 주거지역 등에 편입된 날로부터 3년 내에 농지를 양도한 경우에 양도소득세를 감면한다고 규정하면서 대규모 개발사업지역 내의 토지에 대해서는 그 예외를 인정하고 있는바, 이는 사업시행자의 지역별ㆍ단계별 순차적인 사업시행으로 인하여 토지소유자의 의사에 관계없이 토지수용이 불가피하게 지연됨에 따라 3년 이상이 경과되는 불합리한 점을 해결하기 위한 것으로 보인다.

(다) 이 건의 경우, 쟁점토지가 속한 OOOOO OOOOOOOOO은 1998.6.12.자에 사업결정고시가 이루어진 후, 2001.1.29.자에 사업시행인가가, 2002.10.16.자에 환지처분대상 토지에 대한 환지예정지 지정이 이루어졌으며, 당해 사업면적은 385,197㎡이며, 토지소유자는 273명임이 확인되므로, 양도소득세 감면대상인 대규모 개발사업지역에 해당하지 아니한다.

(라) 그렇다면, 쟁점토지는 취득한 때부터 양도할 때까지 사이에 8년 이상 자경한 농지에 해당하지만, 양도일 현재 도시계획법에 의한 주거지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 농지에 해당하고 또한, 당해 토지가 속한 불로지구 토지구획정리사업지역이 조세특례제한법 시행령 제66조 제2항 제1호에서 규정한 대규모 개발사업지역에 해당하지 아니하므로, 처분청이 8년 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하지 아니하고 청구이에게 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(8) 다음으로, 토지구획정리사업에 편입된 토지가 환지예정지로서 개별공시지가 없는 토지에 해당한다 하여 처분청이 감정평가법인의 감정가액을 양도가액으로 적용하여 양도소득세를 부과한 처분이 타당한지를 살펴본다.

(가) 소득세법 제99조 및 같은 법 시행령 제164조 제1항에서는 지적법에 의하여 분할 또는 합병된 토지, 토지의 형질변경 또는 용도변경으로 인하여 지적법상의 지목이 변경된 토지, 개별공시지가의 결정ㆍ고시가 누락된 토지 등 개별공시지가 없는 토지에 대해서는 그 지목ㆍ이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 ‘지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률’ 제10조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할할세무서장이 평가한 가액으로 하되, 납세지 관할세무서장은 2 이상의 감정평가기관에 의뢰하여 당해 토지에 대한 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 평가할 수 있다고 규정하고 있다.

(나) 토지구획정리사업에 편입된 종전토지가 환지예정지로 지정되면 그 소유자는 종전토지에 대한 사용수익권을 잃는 대신 환지예정지를 사용수익할 수 있는 권리를 취득하며, 환지가 확정되면 환지예정지의 토지소유권을 종전토지에 갈음하여 취득하지만, 환지예정지가 지정된 상태에서 쟁점토지와 종전토지는 면적ㆍ위치 및 지목은 물론, 품위 또는 정황 등이 서로 달라 경제적ㆍ물리적으로 동일한 토지로 볼 수 없다 할 것이다.

(다) 그렇다면, 처분청이 환지예정지인 쟁점토지를 개별공시지가 없는 토지로 보아 OOOOO 등 2개의 감정기관에 감정평가를 의뢰하여 감정평가기관이 평가한 감정가액 평균액을 쟁점토지의 양도당시 기준시가로 적용하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO O OO OO).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.