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서울고등법원 2012. 08. 22. 선고 2012누12985 판결
지점의 공통매입세액 안분계산은 지점만의 총공급가액에 대한 면세공급가액 비율에 의하여야 함[국패]
직전소송사건번호

서울행정법원2009구합8908 (2010.02.26)

전심사건번호

조심2008서3126 (2009.02.05)

제목

지점의 공통매입세액 안분계산은 지점만의 총공급가액에 대한 면세공급가액 비율에 의하여야 함

요지

원고의 지점이 방화문 등을 제조하여 본점으로 반출하는 것이 재화의 공급에 해당하지 않는다는 사정만으로 지점이 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 것으로 볼 수 없으며, 지점의 공통매입세액 중 면세사업 관련 매입세액은 지점만의 총공급가액에 대한 면세공급가액 비율에 의하여 안분계산하여야 함

사건

2012누12985 부가가치세환급신청거부처분취소

원고, 피항소인

XX 주식회사

피고, 항소인

동대문세무서장

제1심 판결

서울행정법원 2010. 2. 26. 선고 2009구합8908 판결

환송전 판결

서울고등법원 2010. 9. 9. 선고 2010누10275 판결

환송판결

대법원 2012. 5. 9 선고 2010두23170 판결

변론종결

2012. 6. 27.

판결선고

2012. 8. 22.

주문

1. 피고가 한 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2008. 7. 5. 원고에게 한 2008년 제1기분 부가가치세 000원 환급거부처분을 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고가 한 청구를 기각한다.

이유

1. 제1심 판결 인용 부분

이 법원의 판결 이유 중 '1. 처분의 경위, 2. 관계 법령(제1l심 판결 2쪽 4째 줄부터 4쪽 3째 줄)'까지는 제1심 판결 2쪽 아래에서 7째 줄의 "원고의 화성지점에서는"을 "원고의 화성시 팔탄면 XX리에 있는 지점(이하 사업자등록상 표시에 따라 '수원지점'이라고 한다)에서는"으로 바꾸는 외에는 제1심 판결 이유와 같다. 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 해당 부분을 인용한다.

2. 처분의 적법 여부

가. 원고가 한 주장

원고는 아래와 같은 이유를 들어 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.

1) 피고는 원고의 수원지점에서 방화문 등을 제조하여 본점으로 반출한 것을 비과세사업에 사용한 것으로 보고 이 사건 처분을 하였다 원고의 수원지점에서 방화문 등을 제조하여 본점으로 반출한 것은 구 부가가치세법 제6조 제1항에 따라 '재화의 공급'에 해당하지 않지만, 그렇다고 하여 본점으로 반출된 재화가 비과세사업에 사용된 것으로 볼 수는 없다. 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다

2) 원고 수원지점이 과세사업과 비과세사업 등을 겸영하고 있다고 하더라도 사업장 과세의 원칙상 각각의 사업장에서 과세표준 및 세액의 신고를 하여야 하므로, 원고 수원지점의 공통매입세액 중 매출세액에서 공제하지 않는 면세사업 등에 관련된 매입 세액은 전체 사업장이 아니라 수원지점만의 면세사업 등 관련 비율에 의하여 안분계산 하여야 한다. 이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 판단

1) 먼저 방화문 등의 본점 반출은 비과세사업이라고 볼 수 없다는 주장에 관하여 본다. 원래 2 이상의 사업장이 있는 사업자가 자기 사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 타인에게 직접 판매할 목적으로 다른 사업장에 반출하는 것은 구 부가가치세법 제6조 제1항이 규정한 '재화의 공급'에 해당하지 않지만, 부가가치세법 시행령 제15조 제2항은 사업장 과세의 원칙에 따라 과세거래를 용이하게 파악하고, 납세자의 자금부담을 완화하여 주기 위하여 이를 재화의 공급으로 의제하고 있는 것일 뿐이므로(대법원 1992. 8. 14. 선고 91누13229 판결 등 참조), 2 이상의 사업장이 있는 사업자가 자기 사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 타인에게 직접 판매할 목적이 아니라 다른 사업장에서 원료 • 자재 등으로 사용 • 소비하기 위하여 반출하는 경우 그것이 재화의 공급으로 의제되지 않는다고 하여 그 재화가 비과세사업에 사용되었다고 할 수는 없다 따라서 원고의 수원지점이 방화문 등을 제조하여 본점으로 반출하는 것이 재화의 공급에 해당하지 않는다는 사정만으로 수원지점이 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에 해당한다고 볼 수 없다. 이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 나아가 원고의 수원지점이 과세사업과 면세사업 등을 겸영하고 있다고 하더라도, 부가가치세는 사업장 과세의 원칙에 따라 사업장마다 납부하여야 하고 원칙적으로 각 사업장 소재지가 납세지가 되며 각 사업장은 과세상 독립된 장소적 단위가 되므로, 수원지점의 공통매입세액 중 매출세액에서 공제하지 아니하는 면세사업 등에 관련된 매입세액은 특별한 사정이 없는 한 수원지점만의 총공급가액에 대한 면세공급가액 등의 비율에 의하여 안분계산하여야 한다(대법원 2009. 5. 14 선고 2007두4896 판결 등 참조). 이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 위법하다

3) 이에 대하여 피고는 원고의 수원지점에서 반출된 방화문 등이 면세사업에 일부 사용되었으므로 사용된 방화문 등에 대하여는 자가공급으로 보아 부가가치세가 과세되어야 하고, 이처럼 계산한 부가가치세액은 000원이므로, 이 사건 처분 중 위 금액을 뺀 부분만이 취소되어야 한다고 주장한다. 그러나 이 주장은 파기환송심인 이 법원의 변론 종결된 제2차 변론기일에서 처음 한 주장으로 실기한 공격방어방법에 해당할 뿐 아니라, 원고의 수원지점이 비과세사업을 한다고 보아 한 처분사유와 처분의 동일성이유지되지 않는 주장이며(대법원 1997. 2. 11 선고 96누3272 판결 참조), 위 주장을 인정할 증거도 없다. 피고가 한 이 부분 주장은 어느 모로 보나 이유 없다.

3. 결론

제1심 판결은 정당하다. 피고가 한 항소를 기각한다.

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