서울행정법원2009구합8908 (2010.02.26)

조심2008서3126 (2009.02.05)

제품이 지점에서 본점으로 공급된 후 과세 면세 공통으로 사용된 경우 지점의 매입세액 공제

지점에서 제조된 제품이 본점으로 공급된 후 본점에서 과세매출과 면세매출에 공통으로 사용된 경우 원고의 지점에도 공통매입세액이 있는 것으로 보아 안분계산 하는것임

결정 내용은 붙임과 같습니다.

○○ 주식회사

동대문세무서장

1.제1심 판결을 취소한다.

2.원고의 청구를 기각한다.

3.소송총비용은 원고가 부담한다.

1.청구취지

피고가 208.7.5.원고에 대하여 한 2008년 제1기분 부가가치세 128,520,812원의 환급거부처분을 취소한다라는 판결.

2.항소취지

주문과 같은 판결

1.처분의 경위

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1 내지 3, 갑 제3,4,8호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있다.

가. 원고는 ○○ ○○구 ○○동 463-6에서 철제문・문틀의 제조, 판매, 설치 및 애프터서비스 등을 목적사업으로 하여 설립되어 건설산업기본법에 따라 전문건설업 등록을 마친 후 철제문 제조, 판매 사업을 영위하는 회사이다.

나. △△시 △△면 △△리에 있는 원고의 지점(이하 사업자등록 상 표시에 따라 '☐☐지점'이라 한다)에서는 방화문 등을 생산하기 위한 원재료 등을 매입하여 방화문 등을 제조한 후 그 중 일부는 직접 판매하고 대부분은 주사업장인 본점에 공급하여 왔는데,

본점에서는 공급받은 방화문 등을 판매하거나, 삼성건설 주식회사, 현대건설 주식회사 등으로부터 하도급 받은 방화문 설치공사 등을 시공하는데 사용해 왔으며, 본점에서 시공한 공사 중 일부는 면세사업{구 조세특례제한법(2008.12.26.법률 제9272호로 개정되기 전의 것)제106조 제1항 제4호 소정의 부가가치세 면제 대상인 국민 주택 및 당해 주택의 건설용역의 공급}에 해당되는 것이었다.

다. 원고는 1997.1.경부터 총괄납부승인을 얻은 사업자로서 2008.4.25.원고의 2008년 제1기분 부가가치세 예정신고 당시, 아래와 같은 계산과정을 거친 후 구 부가가치세법(2010.1.1.법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제4조 제2항, 부가가치세법 시행령 제5조에 의하여 주사업장인 본점에서 총괄하여 169,286,971원(= 198,645,022원 - 367,931,993원)을 조기환급신고 하였다.

(1)본점

①매출세액 : 323,261,435원

②공제할 매입세액 : 124,616,413원(= ⓐ181,648,078 - ⓑ57,031,665원)

ⓐ : 접대비 등을 불공제한 매입세액 181,648,078원

ⓑ : 면세사업 관련 매입세액(이하 '면세매입세액'이라 한다) 57,031,665원

③납부할 세액 : 198,645,022원(=① - ②)

(2)지점

①매출세액 : 18,722,813원

②접대비 등을 불공제한 매입세액 : 386,654,806원

③환급세액 : -367,931,993원(= 18,722,813원 - 386,654,806원)

라. 피고는 원고에 대한 실지조사를 실시하여 원고가 신고한 2008년 제1기분 부가가치세 중 지점분에 관하여도 공통매입세액이 있다고 보아, 2008.7.5.원고에 대하여 앞서 본 ☐☐지점의 매입세액 386,654,806원에서 면세사업에 관련된 부분의 비율 약 0.3021(= 본점과 지점의 면세공급가액 1,506,130,902원 ÷ 본점과 지점의 총 공급가액 4,984,313,715원)을 곱한 116,837,098원 + 11,683,710원)을 위 총괄환급세액에서 뺀 40,766,159원을 환급하는 것으로 결정하였다{이하 원고의 위 환급신고세액 중 나머지 128,520,812원(= 169,286,971원 - 40,766,159원)에 해당하는 부분을 거부한 결정 부분을 '이 사건 처분'이라 한다}.

2.처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 아래와 같은 이유를 들어 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.

(1)부가가치세는 부가가치세법 제4조 제1항이 정한 사업장과세의 원칙에 따라 각 사업장마다 납부하여야 하고 원칙적으로 각 사업장 소재지가 납세지가 되며 각 사업장은 과세상 독립된 장소적 단위가 되는 것인데, 이 사건에서 원고의 본점과 지점은 각각 독립된 사업장이고, 그 중 지점은 방화문 등의 원재료를 공급받아 방화문 등을 제조하여 판매하거나 본점에 공급하는 사업장으로서 그 곳에서 어떠한 면세사업을 영위하고 있다고 볼 수 없으므로, 원고의 지점에서 공통매입세액이 있다고 할 수 없다.

(2)사업장과세의 원칙상 각각의 사업장에서 과세표준 및 세액의 신고를 하여야 하고, 동일인이 수 개의 사업장을 겸영하는 경우에도 매출세액・매입세액은 각 사업장 간에 통산되지 아니한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 쟁점별 판단

(1)사업장 과세의 원칙과 본・지점 간 재화 반출의 법적 성격

(가)부가가치세법 제4조 제1항이 규정하는 사업장 과세의 원칙에 따라 사업장마다 부가가치세를 신고・납부하여야 하는데, 사업장은 과세상 독립한 장소적 단위가 되므로 동일인이 수개의 사업장을 겸영하는 경우에도 각 사업장 사이에 매출세액・매입세액을 통산하지 않는다. 한편, 부가가치세법 시행령 제15조 제3항 본문에서는 "총괄납부승인을 얻은 사업자가 총괄납부의 적용을 받는 과세기간에 반출하는 것은 이를 재화의 공급으로 보지 아니한다"라고 하여 사업장 과세 원칙에 대한 예외를 규정하고 있는데, 다만 총괄납부사업자가 자기의 다른 사업장에 재화를 반출하는 것에 대하여 세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고한 경우는 재화의 공급으로 본다(부가가치세법 시행령 제15조 제3항 단서).

(나)부가가치세의 과세요건인 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것을 말하는데(부가가치세법 제6조 제1항), 본래의 의미의 재화의 공급은 아니지만 일정한 범위에서 공급의 범위를 확장하여 법상 재화의 공급으로 의제하는 경우가 있고, 그 중 하나인 자가공급으로서, 제조업을 하는 사업자가 생산한 재화를 직매장으로 반출하는 경우와 같이 2개 이상의 사업장이 있는 사업자가 자기사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 타인에게 직접 판매할 목적으로 다른 사업장에 반출하는 것은 재화의 공급으로 보고 있으나(부가가치세법 시행령 제15조 제2항), 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산한 재화를 타인에게 직접 판매할 목적이 아니라 자기의 과세사업을 위하여 자기의 다른 사업장에서의 원료・자재 등으로 사용・소비하기 위하여 반출하는 경우에는 재화의 공급에 해당하지 않는다고 본다(부가가치세법 기본통칙 6-15-1).

(2)원고의 ☐☐지점에서 부가가치세 과세사업과 비과세사업을 함께 영위하고 있는지 여부

(가)앞서 살펴 본 바와 같이 원고의 ☐☐지점에서는 방화문 등을 생산하기 위한 원재료 등을 매입하여 방화문 등을 제조한 후 그 중 일부는 직접 판매하고 대부분은 주사업장인 본점에 공급된 후 건설회사로부터 하도급 받은 방화문 설치공사 등을 시공하는데 사용되어 왔는데, 전자는 사업과 관련하여 생산한 재화를 타인에게 직접 판매할 목적이 아니라 자기의 과세사업을 위하여 자기의 다른 사업장에서의 원료・자재 등으로 사용・소비하기 위하여 반출하는 경우로서 재화의 공급에 해당하지 아니하여 부가가치세 비과세사업에 해당한다고 할 것이다.

(나)아울러 원고의 본, 지점 간 거래 중 지점으로부터 공급받아 본점에서 직접 판매된 제품이 있어 부가가치세법 시행령 제15조 제2항 소정의 제품을 직접 판매할 목적으로 다른 사업장에 반출하는 것에 해당할 여지가 있다고 보더라도, 원고가 주사업장 총괄납부 사업자에 해당하는 이상, 원고가 위 거래에 대하여 부가가치세법 시행령 제15조 제3항 단서에 따라 세금계산서를 교부하였거나 부가가치세를 신고하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 부가가치세법 시행령 제15조 제3항 본문에 따라 위 거래는 재화의 공급에 해당하지 아니한다고 할 것이다.

(다)따라서 원고의 ☐☐지점은 부가가치세 과세사업과 비과세사업을 함께 영위한다고 봄이 상당하다.

(3)부가가치세법 시행령 제61조의 적용 여부

위 인정사실에다가 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 및 제4항은 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액 중 과세사업에 관련된 매입세액으로서 과세사업의 매출세액에서 공제받을 수 있는 세액과 면세사업에 관련된 매입세액으로서 그 매출세액에서 공제받을 수 없는 세액을 안분계산하는 방법 등을 규정하고 있는바, 그 규정 내용 및 취지와 부가가치세 비과세사업에 관련된 매입세액과 다를 바 없다는 점에 비추어, 위 규정은 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에도 적용된다는 법리(대법원 2006.10.27.선고 2004두13288 판결 참조)를 보태어 보면, 원고의 ☐☐지점의 공통매입세액을 안분계산함에 있어서 본점의 매출과 ☐☐지점의 매출액의 합계액을 기준으로 한 면세비율에 따라 공통매입세액을 안분계산하여야 할 것이므로, 그와 같은 공통 매입세액의 안분계산을 통하여 산정된 환급세액을 공제한 나머지 금액의 환급신청을 거부한 이 사건 처분은 정당하다고 할 것이다{한편, 부가가치세법 시행령 제61조에 따른 공통매입세액 안분계산 시 총 공급가액을 산정함에 있어 ☐☐지점만을 기준으로 하는 것보다는 본점과 지점의 과세공급가액과 비과세(면세)공급가액의 합계액을 기준으로 삼은 이 사건 처분의 계산 방식이 결코 원고에게 불리하지 않다}.

(4)원고의 주장에 대한 판단

(가)원고는, ☐☐지점에서 어떠한 면세사업을 영위하고 있지 아니하므로 ☐☐지점에서 공통매입세액이 존재하지 않는다고 주장하나, 일반적으로 면세는 이미 성립하거나 확정된 납세의무를 소멸시키는 것을 의미하지만 부가가치세법상의 면세는 처음부터 납세의무가 성립하지 않는 비과세의 의미로 사용되고 있고, 위 대법원 판례가 설시하는 법리에 따라 부가가치세법 시행령 제61조를 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에도 적용할 수 있다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.

(나)원고는, 피고가 이 사건 처분을 함에 있어 본점과 지점을 통틀어 계산한 것이 사업장 과세의 원칙을 위반한 것으로 위법하다고 주장하나, 피고는 이 사건 처분을 함에 있어 원고의 본점과 지점의 매출세액 또는 매입세액을 통산한 것이 아니라, 지점의 비과세사업에 관한 매입세액을 계산하기 위하여 공통매입세액의 불공제 비율을 산정함에 있어 본점 및 지점의 공급가액의 합계액 비율을 적용한 것에 불과하여, 이 사건 처분은 사업장과세의 원칙을 위반하지 아니하였다고 할 것이므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

라. 소결론

결국 피고가 한 이 사건 처분은 적법하다.

3.결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 피고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고 원고의 청구를 기가하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.