1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 기초 사실

가. 원고는 ‘B’이라는 상호로 건설업을 영위하는 사업자로, 서울 강북구 C에서 지하3층 지상15층 주상복합아파트의 신축사업(이하 ‘이 사건 사업’이라고 한다)을 시행하였다.

나. 원고는 이 사건 사업을 시행하는 과정에서 공급가액을 6,972,547,000원으로 하여 2006년 2기분 부가가치세를 신고하였으나, 2006년 귀속 종합소득세는 신고하지 아니하였다.

다. 피고는 원고의 2006년 귀속 매출액을 6,972,547,000원으로 보고, 단순경비율을 적용하여 2009. 2. 9. 원고에 대하여 2006년 귀속 종합소득세 447,920,972원(가산세 포함)을 결정고지하였다가 기준경비율을 적용하여 2010. 10. 6. 원고에 대하여 2006년 귀속 종합소득세를 330,856,033원(가산세 포함)으로 감액 경정고지하였다

(이하 감액 경정된 2009. 2. 9.자 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라고 한다). 라.

원고는 2010. 8. 11. 이 사건 처분의 취소를 구하는 소를 제기하였으나, 제1심 법원은 2011. 11. 25. 서울행정법원 2010구합32365호로 원고의 청구를 기각하는 판결을 선고하였다.

원고는 제1심 판결에 불복하여 항소하였는데 항소심 법원은 “정당한 세액은 2006년 귀속 종합소득세 본세(이하 ‘이 사건 본세’라고 한다) 148,039,387원, 이에 대한 무신고가산세 29,607,877원, 납부불성실가산세(이하 ‘이 사건 가산세’라고 한다) 27,268,855원 합계 204,916,119원”이라고 판단하여 2013. 6. 21. 서울고등법원 2011누43265호로 “제1심 판결을 ‘이 사건 처분 중 204,916,119원을 초과하는 부분을 취소’하는 것으로 변경하는 판결”(이하 ‘이 사건 관련 판결’이라고 한다)을 선고하였고, 피고가 항소심 판결에 불복하여 상고하였으나 상고심 법원은 2013. 12. 26. 대법원 2013두17831호로 상고를 기각하는 판결을 선고하였다.

인정...