1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 기초사실

가. 피고는 제주시 C 지하 1층을 임차하여 D마트를 운영하다가 2015. 5. 13. 원고와 ‘점포 전대에 따른 권리금, 손해배상’ 약정을 체결하고, 원고에게 위 점포를 전대하면서 권리금으로 4억 5,000만 원을 지급받기로 하였다.

나. 원고는 2015. 8. 19. 피고와 위 권리금에 대한 부가세를 부담하기로 합의하였고, 원고가 대표이사로 있는 E(주)도 피고에게 권리금 4억 5,000만 원에 대한 세금계산서를 요구할 시에 그 부가세를 피고 대신 납부하기로 약속하는 확인서를 작성하여 주었다.

다. 피고는 원고에게 권리금 4억 5,000만 원에 대한 2015. 9. 30.자 세금계산서(공급가액 409,099,910원, 부가세 40,909,090원)를 발행하여 준 다음, 2015. 11. 17. 부가세를 신고하여 2015년 2분기 부가세 45,976,200원(가산금 2,355,500원 포함)을 2016. 5. 2. 세무서에 납부하였다. 라.

피고는 원고와 E(주)를 상대로 피고가 납부한 위 부가세의 지급을 구하는 지급명령(제주지방법원 2016차전1945호)을 신청하였고, 위 법원은 2016. 5. 20. ‘원고는 피고에게 45,976,200원 및 이에 대하여 지급명령 송달일까지 연 5%, 그 다음날부터 갚는 날까지 연 15%의 각 비율에 의한 돈을 지급하라‘는 내용의 지급명령(이하 ‘이 사건 지급명령’이라 한다)을 발령하였고, 원고가 2015. 5. 26. 송달을 받고 이의를 제기하지 않아 원고와 피고 사이의 이 사건 지급명령은 2016. 6. 10. 확정되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2, 4, 5호증, 을 4~8호증(가지번호 포함)의 각 기재, 제주세무서장에 대한 문서제출명령결과, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 피고가 납부한 부가세 45,976,200원은 직전에 납부할 부과세 중 50%에 대한 것으로서 원고와의 권리금 거래만으로 인한 부가세가 아니라 피고 전체의 매출에 대한...