1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1997. 2. 19. 건설폐기물 처리업 등을 목적으로 설립된 회사로서, 2005. 4. 1.부터 2008. 4. 1.까지, 2008. 4. 23.부터 2008. 6. 16.까지 C가 대표이사로 선임되었고, 2010. 9. 6. 회생절차개시결정이 이루어져 2011. 8. 1. D이 관리인으로 선임되었다.

나. 피고는 2011. 8. 10.부터 2011. 9.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과, 원고가 부가가치세 및 법인세 신고를 하면서 2005. 5. 16.부터 2009. 10. 19까지 원고의 거래처와 원고의 직원인 E의 계좌에서 C의 계좌로 입금된 금원 중 395,393,401원, 2006. 8. 8.부터 2010. 5. 28.까지 원고의 거래처에서 C의 지인인 F의 계좌로 입금된 금원 중 184,984,006원, 합계 580,377,407원을 매출금에서 누락하였다고 적발하였다.

다. 이에 따라 피고는 2011. 10. 11. 원고에 대하여 청구취지 기재와 같이 2005년부터 2009년까지 각 귀속 법인세와 2005년 제2기부터 2009년 제1기까지 각 귀속 부가가치세를 경정ㆍ고지하는 한편, 이와 관련하여 귀속이 불분명한 금액에 대하여는 원고의 대표이사 C에 대한 상여로 소득처분한 후 2005년부터 2009년까지 각 귀속 소득금액 변동통지(이하 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라고 한다)처분을 하였다. 라.

이에 대하여 원고는 이의신청을 거쳐 2012. 5. 10. 조세심판원에 행정심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2012. 8. 28. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1, 2, 4 내지 10호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 원고는 폐기물처리위탁 업체에게 매출처별 세금계산서를 모두 발행한 다음 이를 매출로 신고하였으나, 다만 원고 법인의 계좌가 압류될 것을 우려하여 C의 계좌와 F의 계좌로...