1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

처분의 경위

원고는 2001. 8. 1.부터 2016. 3. 31.까지 서울 용산구 B에서 컴퓨터 및 주변기기 도소매업을 영위한 법인인데, 2012. 4. 26.경부터 2012. 7. 31.경까지 주식회사 C(이하 주식회사의 경우 ‘주식회사’의 기재는 생략한다)로부터 인텔CPU와 삼성메모리(RAM)(이하 통칭하여 ’쟁점 물품‘이라 한다)를 공급(이하 ’쟁점 거래‘라 한다)받은 것으로 기재된 공급가액 합계 432,277,000원의 2012년 제1기와 2012년 제2기 각 세금계산서(이하 통칭하여 ’쟁점 세금계산서‘라 한다)를 발행받아 매입세액으로 공제하고 피고에게 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다.

피고는 2015. 9. 23.부터 2016. 1. 12.까지 원고에 대하여 세무조사를 실시하여 쟁점 세금계산서는 실물거래 없이 세금계산서만 수취한 것으로 보아 관련 매입세액을 불공제하고, 2016. 2. 1. 원고에 대하여 2012년 제1기 부가가치세 72,523,200원(가산세 포함), 2012년 제2기 부가가치세 12,948,140원(가산세 포함), 2012사업연도 법인세 117,182,331원을 경정ㆍ고지하고(이하 부가가치세 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다), 쟁점 세금계산서의 공급대가를 원고의 대표이사인 D의 상여로 소득처분하여 2012년 귀속 대표자 상여 475,504,700원의 소득금액변동통지를 하였다.

이에 불복하여 원고는 2016. 4. 18. 국세청에 심사청구를 하였는데, 국세청은 2016. 6. 28. 쟁점 물품 중 일부가 실제 소비자에게 판매되고 처분청도 원고의 쟁점 물품 매출을 정상매출로 인정하고 있으므로 매입액을 매출원가로 인정하여 공제하고, 원고의 판매이익은 0.4%인데, 원고가 판매한 거래처는 평균 3.4%의 이익이 있었던 점, 원고의 영업경력상 최종소비자에 대한 판매가격을 알 수 있었음에도 낮은 이익에도 불구하고 많은 자금을 일시적으로 투자한...