원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

상고이유를 판단한다.

1. 과학기술기본법의 위임에 따라 국가연구개발사업의 관리 등에 필요한 사항을 규율하는 대통령령인 구 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정(2014. 11. 28. 대통령령 제25779호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘국가연구개발사업규정’이라 한다)은, 중앙행정기관의 장은 국가연구개발사업에 참여한 주관연구기관이 수행한 연구개발과제를 절대평가 방법에 따라 중간평가를 한 결과 그 점수가 만점의 60% 미만에 해당하는 경우 연구개발을 중단시킬 수 있고(제17조 제1항 제2호), 그러한 연구개발 중단조치를 내린 경우 ‘연구비의 집행 중지 및 현장 실태조사 등 적절한 조치’를 하여야 하며(제11조 제2항, 제1항 제5호), 나아가 협약으로 정하는 바에 따라 협약을 해약할 수 있다

(제11조 제1항 제5호)고 규정하고 있다.

그리고 국가연구개발사업규정은 중앙행정기관의 장으로 하여금 이 영에 저촉되지 아니하는 범위에서 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 세부규정을 제정시행할 수 있도록 하고 있고(제34조), 이에 따라 환경부훈령인 환경기술개발사업운영규정(이하 ‘개발사업훈령’이라 한다) 제33조 제1항 제1호, 제24조 제2항, 제1항 제5호, 제29조 제6항(이하 이들 조항을 통틀어 ‘이 사건 훈령조항’이라 한다)은 전문기관의 장인 피고로 하여금 중간평가에서 만점의 60% 미만의 점수를 받은 주관연구기관 등에 대하여 국가연구개발사업규정에서 정한 바와 같은 연구개발 중단 조치와 연구비 집행중지 조치를 할 수 있도록 규정하고 있다.

2. 원심은, 이 사건 훈령조항은 대통령령인 국가연구개발사업규정의 위임 없이 중앙행정기관의 장이 아닌 피고에게 연구개발 중단과 연구비 집행중지를 명할 수 있는 권한을...