1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 고양시 일산서구 A 아파트(이하 ‘이 사건 아파트’라 한다)를 신축ㆍ분양한 시행사이고, B 주식회사(이하 ‘B’이라 한다)는 원고와 이 사건 아파트의 신축공사에 관하여 도급계약을 체결하고 위 아파트를 신축한 시공사이다.

나. 원고는 아래와 같은 이유로 그와 관련된 매출금액 등이 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장하면서 피고에게 2012. 1. 17.경 2008년 1기분 부가가치세 67,620,905원, 2008년 2기분 부가가치세 29,976,538원, 2009년 1기분 부가가치세 2,568,679,290원, 2009년 2기분 부가가치세 2,308,219,340원, 2010년 1기분 부가가치세 1,097,474,909원, 2010년 2기분 부가가치세 1,090,991,506원을, 2012. 1. 27.경 2011년 1기분 부가가치세 350,705,552원, 2011년 2기분 부가가치세 4,316,711,313원을 각 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였으나, 피고는 2012. 2. 13. 원고의 경정청구를 거부(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

① B이 임직원에게 이 사건 아파트 중 325세대를 특별분양한 것은 허위분양에 해당하여 무효이다.

② 원고는 이 사건 아파트의 분양 촉진을 위하여 2009. 3. 9.부터 2009. 4. 30.까지 미분양세대가 집중된 46평형부터 분양계약을 체결하는 계약자에게 3,000만 원의 프리미엄을 보장하는 프리미엄 보장제를 실시하였다.

이에 따라 프리미엄 보장제가 적용되는 계약자는 총 563세대였는데, 그 중 296세대에 대하여는 잔금 납부시 3,000만 원을 공제하였으나, 나머지 잔금미납세대인 267세대에 대하여는 입주지정일인 2011. 7. 1. 잔금에 대한 세금계산서 발행시 프리미엄 보장금액을 차감하고 발행하였어야 함에도 업무 착오로 이를 차감하지 않고 발행하여 부가가치세를 신고납부하였다.

③ 이 사건 아파트 중 11세대는...