1. 피고가 2013. 2. 15. 원고에게 한 2011 사업연도 법인세 52,842,490원의 부과처분을 취소한다.

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1. 처분의 경위

가. 원고는 2010. 10. 18. 개업하여 서울 강남구 개포동 1207에서 의류 등 무역업을 영위하는 법인으로서, 2011년 제1기 부가가치세 과세기간 중 B 을 제2호증의 1의 기재에 의하면, C는 2006. 11. 13. ‘D’이라는 상호로 사업을 개시하였다가 2009. 9. 14. ‘B‘로 상호를 변경한 것으로 보인다.

(대표자 C, 이하 ‘D‘이라고만 한다)으로부터 공급가액 153,860,000원 상당의 매입세금계산서 3매(이하 포괄하여 ’이 사건 세금계산서’라 한다)를 수취하였고, 이를 토대로 삼성세무서장(관할구역 변경으로 원고에 대한 삼성세무서장의 권한이 피고에게 승계되었다. 이하 삼성세무서장과 피고를 모두 피고라고만 한다)에게 관련 부가가치세 및 법인세를 신고하였다.

나. 송파세무서장은 2012. 8. 31.부터 2013. 1. 31.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하여 D이 자료상으로 확정된 업체이고, 원고로부터 인출된 대금이 원고의 대표자 계좌로 입금된 것으로 확인되었다는 이유로 원고가 실물거래 없이 쟁점세금계산서를 수취한 것으로 보아 피고에게 과세자료를 통보하였다.

다. 이에 따라 피고는 이 사건 세금계산서의 매입금액 상당액(이하 ‘이 사건 매입금액’이라 한다)을 손금불산입하여 2013. 2. 15. 원고에게 2011 사업연도 법인세 52,842,490원을 경정고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다. 라.

원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2014. 2. 20. '원고가 2011년 제1기 부가가치세 과세기간에 D으로부터 수취한 공급가액 153,860,000원 상당의 매입세금계산서와 관련하여, 원고의 입고 물량과 출고 물량, 실제 매입가액 및 실제 수출 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 매입가액 상당액을 손금 산입하여 그...