1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2011. 4. 6. 엘이디 부품 제조업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서, 개업연월일을 2011. 4. 7.로, 사업의 종류를 업태는 제조업ㆍ부동산ㆍ서비스업으로, 종목은 정밀기계부품 및 금형자동화부품ㆍ임대ㆍ설비보수 및 수리로 하여 사업자등록을 마쳤다.

나. 원고는 2011. 6. 10. 주식회사 제이와이씨로부터 전남 장성군 장성읍 영천리 738 공장용지 18,833㎡, 같은 리 738-7 공장용지 883㎡, 같은 리 1500 대 873㎡(이하 위 각 면적 합계 20,589㎡의 토지를 ‘이 사건 각 토지’라 한다) 지상의 연면적 합계 13,056.33㎡의 공장건물(총 12동의 건물, 이하 ‘이 사건 각 건물’이라 하고, 이 사건 각 토지와 통틀어 지칭할 경우 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다)을 매매대금 합계 4,565,000,000원에 취득하면서 이 사건 각 부동산이 원고의 사업을 영위하기 위하여 취득하는 사업용 재산에 해당한다는 이유로 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제120조 제3항에 따라 피고에게 취득세 감면신청을 하였고, 피고는 감면요

건에 해당한다고 판단하여 취득세를 면제하였다.

다. 한편, 삼양과자연 주식회사는 2011. 1. 5. 피고로부터 이 사건 각 건물 중 일부에 대하여 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(이하 ‘산업집적법’이라 한다) 제28조의2에 따른 지식산업센터 설립 승인을 받았는데, 원고는 이 사건 각 부동산을 취득한 이후 2011. 7. 15. 피고로부터 이 사건 각 건물 중 연면적 합계 13,012.41㎡에 대하여 지식산업센터 설립 변경승인을 받은 이후, 리모델링을 하고 지식산업센터 모집공고를 통하여 입주업체를 모집하였다. 라.

피고는 2014. 2. 28. 감사원으로부터 원고의 임대소득 관련 부가가치세...