1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2007. 2. 14. 김해시 B 답 1,655㎡(이하 ‘이 사건 농지’라 한다)에 관하여 증여를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤고, 2011. 6. 29. 이 사건 농지에 관하여 대한민국 앞으로 토지수용을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고는 2012. 5. 25. 이 사건 농지의 대토농지로 김해시 C 답 2,803㎡(이하 ‘이 사건 대토농지’라 한다) 중 2분의 1 지분을 매수하였고, 2012. 6. 12. 원고 앞으로 위 지분에 관한 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 원고는 이 사건 농지의 양도차익 400,013,500원(= 양도가액 501,299,500원 - 취득가액 101,286,000)에 대하여 2011. 8. 31. 이 사건 농지의 양도행위가 구 조세특례제한법(2011. 6. 7. 법률 제10789호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제70조의 농지대토에 대한 양도소득세 감면대상과 구 소득세법(2011. 4. 12. 법률 제10580호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제2항의 장기보유 특별공제의 대상에 해당한다는 전제 하에, 양도차익에서 장기보유 특별공제 48,001,620원을 적용하여 계산된 양도소득세 산출금액 107,429,158원 중 100,000,000원을 농지대토에 대한 양도소득세 감면세액으로 하여 양도소득세 과세표준 예정신고를 하였다. 라.

그러나 피고는 ‘원고가 이 사건 농지를 직접 경작하였다고 볼 수 없다’는 이유로 구 조세특례제한법의 농지대토에 대한 양도소득세 감면규정의 적용을 배제하여, 2012. 10. 5. 원고에게 2011년 귀속 양도소득세 87,959,424원(가산세 9,445,255원 포함, 기납부세액 7,429,158원 제외), 농어촌특별세 4,814,115원(가산세 516,949원 포함)을 경정ㆍ고지하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 마.

이에 대하여 원고는 2013. 1. 15. 감사원에 심사청구를 하였으나, 2013. 10. 31. 기각결정을 받았다....