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대법원 2006. 6. 15. 선고 2006두2503 판결
[등록세등부과처분취소][미간행]
판시사항

[1] 부동산을 취득한 법인이 구 지방세법 제138조 제1항 단서 규정에 의하여 등록세중과의 예외를 적용받을 수 있는 경우

[2] 등록세 중과세 대상이 되는 대도시 내로의 법인의 본점 전입에 따른 부동산등기에는 본점의 전입등기는 이루어지지 아니하였지만 실질적으로 대도시 외에서 대도시 내로 본점을 전입한 법인이 그 전입과 관련하여 취득한 부동산등기도 포함한다고 보아, 법인의 직원 중 21명은 등기부상 본점 소재지인 용인에서 근무하고 나머지 219명은 대도시 건물에서 근무하고 있으며, 용인에는 부서 중 총무부만 있고 대외활동과 관련한 부서 사무실은 모두 위 대도시 건물에 있는 점을 비추어, 위 건물에 설치된 법인의 사무소로 실질적인 본점 전입이 이루어진 것으로 보아야 한다고 한 원심의 판단을 수긍한 사례

참조판례
원고, 상고인

한국전산원(소송대리인 변호사 노영록외 1인)

피고, 피상고인

서울특별시 중구청장(소송대리인 변호사 박영식)

주문

상고를 기각한다.

상고비용은 원고가 부담한다.

이유

1. 원심은, 그 채용 증거들을 종합하여 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제138조 제1항 단서의 위임에 의한 법 시행령(2005. 1. 5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법 시행령’이라 한다) 제101조 제1항 제10호 는 중과세의 대상에서 제외되는 정부출자법인을 “국가 또는 지방자치단체가 납입자본금의 100분의 20 이상을 직접 출자한 법인에 한한다.”라고 정의하고 있고, 출자란 회사설립 또는 주식인수를 위해 주주가 자본을 납입하는 것을 의미한다고 할 것인데, 원고의 법인등기부에 출자의 방법은 ‘없음’이라고 등재되어 있으므로, 비영리법인인 원고는 위 규정 소정의 정부출자법인에 해당한다고 볼 수 없다고 판단하였는바, 관계 법령과 기록에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 사실인정과 판단은 옳은 것으로 수긍이 가고, 거기에 채증법칙 위배로 인한 사실오인이나 법 시행령 제101조 제1항 제10호 의 해석에 관한 법리오해 등의 위법이 있다고 할 수 없다.

2. 「 법 제138조 제1항 제3호 는 ‘대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기’의 등록세율을 법 제131조 에 규정한 일반 세율의 3배로 한다고 규정하는 한편, 법 제138조 제1항 단서는 대도시 안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종에 대하여는 중과세의 예외를 규정하고 있고, 법 시행령 제101조 제1항 제31호 는 ‘정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·체육진흥단체·청소년단체가 그 설립목적을 위하여 수행하는 사업’을 등록세 중과세 제외대상으로 들고 있는데, 여기서 법 제138조 제1항 단서의 규정에 의한 중과세의 예외를 적용받기 위해서는 부동산을 취득한 위 호 소정의 단체가 그 부동산에서 설립목적을 위하여 수행하는 사업을 직접 영위하여야 하고, 이를 임대하는 경우에는 위 규정을 적용받을 수 없다고 할 것이다」( 대법원 2001. 4. 24. 선고 2000두7803 판결 참조).

원심은, 그 채용 증거들을 종합하여 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 정보화촉진 등에 관한 기본계획 및 시행계획의 수립·시행에 필요한 전문기술의 지원, 공공기관의 정보통신망 관리 및 운영의 지원, 공공기관 주요정보의 원활한 유통과 공동활용을 위한 시스템의 구축·운영 및 정보통신표준화의 지원, 공공기관의 정보자원 관리의 지원, 공공기관의 정보화사업에 대한 평가·지원 등을 사업대상으로 삼고 있는 원고가 이 사건 건물 중 1층 내지 8층을 금융기관 등에 임대한 것을 그 목적 사업에 해당한다고 보기 어려울 뿐만 아니라, 원고가 정관 제4조 제16호에 목적사업의 수행과 운영자금 마련을 위한 부동산임대를 사업목적으로 규정하였다고 하더라도 이는 내부적인 규약에 불과하므로 원고의 정관규정을 근거로 부동산임대업이 그 설립목적을 위하여 수행하는 사업이라고 볼 수도 없다고 판단하였는바, 위의 법리와 기록에 의하여 살펴보면, 이러한 원심의 사실인정과 판단은 옳은 것으로 수긍이 가고, 거기에 채증법칙 위배로 인한 사실오인이나 법 시행령 제101조 제1항 제31호 의 해석에 관한 법리오해 등의 위법이 있다고 할 수 없다.

3. 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기에 대하여 등록세를 중과하는 지방세법의 입법 취지는 대도시의 인구팽창의 억제, 환경의 순화보존 및 지역 간의 균형적 발전 등을 도모하기 위한 것이므로, 이러한 입법 취지에 비추어 볼 때, 등록세 중과세 대상이 되는 대도시 내로의 법인의 본점 전입에 따른 부동산등기에는 본점의 전입등기는 이루어지지 아니하였지만 실질적으로 대도시 외에서 대도시 내로 본점을 전입한 법인이 그 전입과 관련하여 취득한 부동산등기도 포함한다고 할 것이다.

원심은, 원고의 직원 중 21명은 등기부상 본점 소재지인 용인에서 근무하고 나머지 219명은 이 사건 건물에서 근무하고 있으며, 용인에는 부서 중 총무부만 있고 대외활동과 관련한 부서 사무실은 모두 이 사건 건물에 있는 점을 비추어 보면, 이 사건 건물에 설치된 원고의 사무소로 실질적인 본점 전입이 이루어진 것으로 보아야 한다고 판단하였는바, 위의 법리와 기록에 의하여 살펴보면, 이러한 원심의 사실인정과 판단도 옳은 것으로 수긍이 가고, 거기에 채증법칙 위배와 심리미진으로 인한 사실오인이나 법 제138조 제1항 제3호 의 ‘본점의 전입’의 해석에 관한 법리오해, 판단유탈 등의 위법이 있다고 할 수 없다.

4. 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김지형(재판장) 강신욱 고현철(주심) 양승태

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심급 사건
-서울고등법원 2005.12.23.선고 2005누17807
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