시공을 지연한 것이 법 소정의 정당한 사유인지 여부

신공장시공일로부터 2년내에 그 시설을 준공하였다고 할 것이므로, 피고가 구공장 중 창고부분 및 그 부지가 구공장에 포함되지 아니하고, 또한 원고가 신공장 시설을 소정의 기간 내에 준공하지 아니하였음을 전제로 하여 한 이 사건 각 부과처분은 위법함

결정 내용은 붙임과 같습니다.

1. 피고가 1988.12.16. 원고에 대하여 한 1988.12. 수시분 양도소득세 금327,514,920원 및 동방위세 금 65,502,980원의 부과처분 및 1988.12. 수시분 양도소득세 금 219,831,140원 및 동 방위세금 43,966,220원의 부과처분을 각 취소한다. 2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

1. 각 성립에 다툼이 없는 갑제1호증의 1,2(각 납세고지서 겸 영수증), 갑제19호증의1,2(심사청구서 접수증, 결정서), 갑제20호증의1 내지 3(접수증명원, 국세심판결정통지, 결정서), 을제1호증의1,2(85년도 귀속 양도소득세 경정결의서, 양도소득금액결정내역서), 을제2호증의1 내지 4(감사결과처분요구, 감사결과처분요구서, 처분요구 및 통보사항일람표, 시정사항), 을제6호증의 1, 2(양도소득세 결정결의서, 양도소득금액결정내역서), 을제7호증(시정사항), 을제9호증의1 내지 3(자산양도차익예정신고서 및 예정신고자진납부계산서, 자산양도소득금액계산명세서, 양도소득금액감면신청서)의 각 기재와 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 1975. 1. 1. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 외 8필지 합계 대 10,821.1평방미터 및 그 지상건물 연 건평 5,975.5평방미터(이하 구 공장건물 및 부지라고 한다.)를 취득하여 ㅇㅇ정미소 및 ㅇㅇ창고라는 상호로 정부양곡을 도정하는등 정미업을 경영하여 오다가, 위 정미소를 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지로 이전하기 위하여, 1985. 3. 5. 소외 ㅇㅇ산업주식회사에게 구공장건물 및 부지를 양도한 사실, 원고는 1985. 3. 31. 위 양도에 따른 자산양도차익예정신고를 한 후 같은해 5.2. 피고에게 위 양도로 인한 소득에 대하여는 당시 시행되던 구 소득세법(1989.12.30.조세감면규제법부칙에 의하여 삭제되기 전의것, 이하 같다.) 제6조제2항제2호 의 규정에 따라 양도소득세가 면제된다는 이유로 양도소득세 감면신청을 하였고, 피고는 같은날 위 감면신청을 받아 들여 원고가 산출한 양도소득세 금518,505,679원 및 동 방위세 금103,701,123원에 대한 면제결정을 한 사실, 그런데, 피고는 1988. 11. 23.경 감사원으로부터 위 양도소득세등 면제결정이 잘못된 것이라는 지적을 받고, 이러한 지적사항과 같이 원고가 양도한 구공장건물 중 창고부분은 원고가 창고업허가를 받고 신축한 것으로서, 창고 및 그부지부분은 위 구소득세법 조항 에서 규정하고 있는 양도소득세의 면제대상이 아니고, 또한 원고는 위 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 대 11,901평방미터 지상에 공장건평 2,068.82평방미터(이하 신공장 건물 및 부지라고 한다.)를 신축한 후, 신공장 내에 기계설치 및 전력시설을 하지 아니하였고, 공장가동을 위한 기자재등을 매입하지도 아니한 채 1988. 2. 4. 소외 ㅇㅇ산업 주식회사에게 신공장 건물 및 부지를 양도하여 위 구소득세법 조항 에 따른 양도소득세를 면제받기 위한 조건을 구비하지 아니하였다는 이유로, 구소득세법 제6조제5항 , 구공장건물 및 부지의 양도당시 시행되던 구소득세법 시행령(1986. 6. 30 대통령령 제11940호로 개정되기 전의것, 이하 같다.) 제18조제1항제1호, 제3항 의 규정에 의하여, 면제된 양도소득세 및 동방위세를 추징하기로 하고, 1988. 2. 16.소득세법 및 방위세법의 관련규정을 적용하여 구공장건물 중 창고 및 부지부분에 대한 양도소득세 금327,514,920원 및 동방위세 금65,502,950원의 부과처분을 하고, 이어서 같은날 구공장 건물 및 부지에 대하여 부과하여야 할 양도소득세 및 동방위세에서 위와 같이 부과한 창고 및 그 부지부분에 대한 양도소득세 및 동 방위세를 공제한 양도소득세 금219,831,140원 및 동 방위세 금43,966,220원의 부과처분을 한 사실등을 각 인정할 수 있다.

2. 피고는 위 처분사유와 적용법조를 들어서 이사건 각 부과처분이 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는, (1) 구공장건물 중 창고부분은 비록 창고업허가를 받고 건축된 것이기는 하나, 정미공장과 함께 구공장 부지에 위치하고 있고, 정미업을 하기 위하여는 도정할 양곡이나 도정한 양곡을 보관하기 위한 창고가 반드시 필요하고 실제로 원고는 위와 같은 양곡을 위 창고에 보관하여 왔으므로, 위 창고 및 그 부지는 위 구소득세법 조항 에서 규정한 공장에 포함된다고 할 것이고, (2) 원고는 소외 ㅇㅇ시장의 종용에 따라 정미공장을 신공장으로 이전하기로 하여 신공장부지를 매수하였으나 당시 신공장부지가 ㅇㅇ시의 도시계획시설예정지로 지정되어 있어 공장건축이 불가능하였고, 이에따라 위 도시계획시설폐지가 결정된 후인 1987. 2. 17. 공장신설허가를 받아 착공을 한 후 같은해 7. 6. 신공장건물을 신축하여 준공검사를 마치고, 구공장에 설치되어 있던 기계시설을 신공장에 이전하여 설치한 후, 같은달 21. 신공장소재지의 관한세무서장인 소외 ㅇㅇ세무서장에게 공장이전완료보고를 하였으며, 그후에 신공장을 가동하여 일반고객들의 의뢰를 받아 양곡을 도정하여 왔으므로, 피고의 이사건 각 과세처분은 위법하다고 주장하고 있다.

우선 관계법규등에 관하여 살피건대, 구소득세법 제6조제2항제2호 는 대통령이 정하는 바에 의하여 2년이상 계속하여 가동한 공장을 이전할 목적으로 대통령령이 정하는 범위 안의 토지와 건물을 양도함으로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제한다고 규정하고 있고, 이를 이어받은 구소득세법시행령 제18조제1항제1호 에 의하면, 당해 공장용에 직접 이용되는 토지와 건물이 양도한 토지면적이상의 공장부지를 확보하고 이전 전의 당해 공장에 직접 사용되던 기계장치등의 시설에 상당하는 가치의 공장을 양도전에 시공하거나 양도일로부터 1년내에 시공하는 경우에 양도소득세를 면제하도록 되어 있으며, 구소득세법 제6조제5항 은 같은 조 제2항 의 규정에 의하여 소득세를 면제받은 자가 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 공장을 이전하지 아니하는 때에는 그 면제받은 세액을 지체없이 징수한다고 규정하고 있고, 이를 이어 받아 구소득세법시행령 제18조제3항 은 같은 법 제6조제2항제2조 의 규정에 의하여 양도소득에 대한 소득세의 면제를 받은 자가 정당한 사유없이 1년 내에 시공하지 아니하거나 그 시공일로부터 2년 내에 그 시설을 준공하지 아니한 때에는 그 면제받은 소득세를 즉시 추징한다고 규정하고 있는 바, 구소득세법 제6조제2항제2호 에서 규정하는 2년이상 계속하여 가동한 공장 이란 영리를 목적으로 물품의 제조시설, 제품의 가공시설, 인쇄시설등 생산설비등을 갖춘건축물과 그 부속토지를 말하고 생산설비등에는 공장구내에 있는 창고, 사무실, 대피소, 휴게실등이 포함된다고 해석함이 상당하다고 할 것이고(소득세법기본통칙 1-2-55...6 동지), 한편 구소득세법시행령 제18조제3항 에서 준공 이라함은 사용의 허가, 인가 또는 검사등의 완료와 관계없이 공장건물과 기계장치를 완비하여 사실상 사업의 목적에 공할 수 있게 된 상태를 말한다고 할 것이며, 같은 항에서 규정하는 정당한 사유 에는 법령의 개폐나 수용.징발등 행정처분으로 인한 불가피한 경우가 포함된다고 할 것이다(소득세법기본통칙 1-2-62...6 및 1-2-63...6 참조).

그러므로, (1) 먼저 구공장 중 창고 및 그 부지가 구소득세법 제6조제2항제2호 의 2년이상 계속하여 가동한 공장 에 해당하는지의 여부에 관하여 살피건대, 각 성립에 다툼이 없는 갑제3호증의1(정부양곡가공도급계약서), 2(인감증명서), 3(허가증), 4(사업자등록증), 갑제24호증(정부관리양곡도정공장예비동력확보), 갑제25호증(연도별가공임수령사항), 을제5호증(양곡가공업허가증)의 각 기재 및 증인 홍ㅇㅇ의 증언과 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 1969. 1. 25.경부터 ㅇㅇ정미소라는 상호로 도정공장을 설립하여 양곡을 도정하여 오다가, 1973. 9. 27. 농수산부장관으로부터 양곡관리법 제16조 에 의한 양곡가공공장허가를 받아 1시경부터 ㅇㅇ시와 정부양곡가공도급계약을 체결하고(1년단위로 도급계약을 갱신하여 왔음.), 정부관리양곡을 도정하여 왔는바, 위 도급계약상 정부도정양곡은 생산보고서 제출일로부터 10일동안 기타부산물은 20일동안, 원고가 무료로 보관하게 되어 있으며, 원고는 실제로 위 창고에 정부도정양곡등을 보관하여 왔던 사실을 인정할 수 있고 달리 반대의 증거가 없는 바, 위 인정사실 및 위 창고가 도정공장(정미소)과 함께 구공장 구내에 위치하고 있는 점등에 비추어 볼 때, 원고가 창고업허가를 받고 위 창고를 건축하였다고 하더라도, 위 창고 및 그 부속토지는 위 도정공장의 생산설비에 포함된다고 봄이 상당하다고 할 것이고, 따라서 위 창고 및 그 부지는 구소득세법 제6조제2항제2호 에서 규정하는 2년이상 계속하여 가동한 공장 에 해당한다고 할 것이며, (2) 다음으로 원고가 신공장으로 이전함에 있어 구소득세법시행령 제18조제3항 소정의 요건을 구비하였는지의 여부에 관하여 보건대, 위에 나온 각서증 및 각 성립에 다툼이 없는 갑제5호증의1(공장입주추천), 2(공장입지추천통보), 갑제6호증(진정서), 갑제7호증의1, 2(양곡가공업휴업신고서), 2(양곡가공업휴업신고처리), 갑제8호증(도시계획시설결정해제요청), 갑제9호증의1(도시계획재정비결정신고시), 2(인천직할시 고시), 갑제10호증의1(건축허가신청서 및 허가서), 2(착공신고서), 3(준공검사보고서), 4(준공신고서 및 준공검사필증), 5(건축공사준공통보), 갑제11호증(공장신설허가신청서), 갑제12호증(도시계획확인원), 갑제13호증의1 내지 3(양곡가공업휴업기간연기신청, 양곡가공업휴업기간연기요청), 갑제15호증의1 내지 4(정부관리양곡가공업휴업기간연기요청, 각서), 갑제16호증(양곡가공업휴업연기처리), 갑제21호증(전기공급규정), 갑제22호증(정부관리양곡보관 및 가공유보통보), 갑제23호증(확인원), 갑제27호증(판결), 을제3호증의2(사실확인서), 3(확인서), 증인 신ㅇㅇ의 증언에 의하여 진정성립을 인정할 수 있는 갑제17호증의 5(확인서), 증인 채ㅇㅇ의 증언에 의하여 진정성립을 인정할 수 있는 갑제18호증의1, 2(각 사실확인서)의 각 기재(다만, 위 갑제27호증 중 아래에서 믿지 아니하는 부분 제외), 증인 채ㅇㅇ, 신ㅇㅇ, 윤ㅇㅇ, 홍ㅇㅇ의 각 증언, 당시의 ㅇㅇ시장 및 사단법인 ㅇㅇ협회 ㅇㅇ시지회장에 대한 각 사실조회회보결 과와 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 위에서 본바와 같이 인천직할시와 정부관리양곡가공도급계약을 체결하고 정부관리양곡을 도정하여 도던 중, ㅇㅇ시장이 1985. 2. 7.경 원고에 대하여 원고경영의 구공장의 부지가 낮아 침수의 우려가 있다는 이유로 정부관리양곡의 보관 및 가공을 위탁할 수 없다고 통보하면서, 원고에게 공장이전을 종용하고, ㅇㅇ공사와 협의를 거쳐, 같은달 13. 원고에게 ㅇㅇ공사 소유인 신공장부지로 이전할 것을 제의한 사실, 원고는 위와같은 제의를 받아 들이기로 하고, 같은해 3. 5.위에서 본 바와 같이 구공장건물 및 부지를 매도한 후, 같은달 3. 15. ㅇㅇ공사로부터 신공장부지를 매수하였고, 같은달 20. ㅇㅇ시장에게 양곡관리법 제16조제3항 의 규정에 의하여 공장이전을 이유로 양곡가공업 휴업신고(기간 1985. 3. 1.부터 1987. 3. 31.까지)를 한 사실, 그런데 위 신공장부지는 ㅇㅇ시장에 의하여 1984. 12. 31.쓰레기 및 오물처리장으로 사용하기로 도시계획시설예정지지정이 되어 있어, 그 지상에 공장건축이 불가능하였고, 이에 원고는 수차에 걸쳐 ㅇㅇ시장에 대하여 위 도시계획시설지정을 해제하여 줄것을 요청하였으나, 1986. 12. 30.에야 위 도시계획시설지정이 해제된 사실, 그후 원고는 1987. 1. 24.경 신공장부지에 공장을 신축하기 위하여 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구청장에게 건축허가신청 및 공장신설허가신청을 하여 같은해 2. 17. 건축허가 및 공장신설허가를 얻고, 즉시 공장신축에 들어가 같은해 7. 초순경 공장을 완공하여 같은달 7. 6.준공검사를 받은 사실, 한편 원고는 위 공사도중인 같은해 3.24. ㅇㅇ시장에게 위 도시계획시설지정이 늦게 해제되어 공장의 신축이 늦어짐을 이유로 양곡가공업휴업기간연장신고(기간 같은해 4. 1.부터 같은해 9. 30.까지)를 하였으며, 신공장건물의 준공검사를 마친 이후인 같은해 7. 중순경 구공장에 설치되어 있던 현미기 2대, 정미기 28대, 디젤전동기 5대, 디젤엔진4대 및 그 부속기구들을 철거하여 신공장건물에 설치하였으며(위 기계등을 원고 경영의 ㅇㅇ시 소재 도정공장에서 철거하여 설치하였다는 증인 윤ㅇㅇ의 증언부분은 착오에 인한 것으로 보인다.), 한편 신공장이 완공된후인 1987년경부터 정부관리양곡에 대한 공급량이 격감하여 ㅇㅇ시관내 정부관리양곡도정공장(8개소)중 1개소만이 소량의 양곡을 배정받아 도정하였고, 이에 원고도 정부양곡을 전혀 도정할 수 없게 되자, 원고는 ㅇㅇ시 양정과 양정계장으로 근무하던 소외 홍ㅇㅇ의 충고를 받고, 신공장에 전력시설을 새로이 하게 되면 과대한 비용만 투입하게 되므로 기왕에 설치한 기계에 의하여 일반인이 의뢰하는 소량의 양곡만을 도정 및 정선하겠다는 의도하에, 같은해 9. 28. 자본부족으로 인한 시설완공불가능이라는 사유를 휴업신고서(갑제15호증의1,3)에 기재하여 양곡가공업휴업기간연장신고(기간 1987. 10. 1.부터 1988. 3. 31.)를 한 사실, 그후 원고는 1987. 10. 초순경부터 12.경까지 신공장에 설치된 기계를 가동하여 일반인들의 의뢰를 받아 소량의 양곡을 도정 또는 정선하여오던 중, 신공장 운영으로 적자가 누적되자 신공장건물 및 부지를 타인에게 매도하기로 하고, 1988. 1.경 신공장에 설치된 기계를 철거하여 고가품목들은 신공장구매창고에 보관하고, 나머지 품목들은 천막을 덮어 공장 밖에 적치하여 두었다가, 같은해 3. 3.경 위 기계를 가운데 일부를 소외 신ㅇㅇ에게 매도하였고, 한편 같은해 2. 24. 위에서 본 바와 같이 신공장건물 및 부지를 소외 ㅇㅇ산업주식회사에 매도한 사실을 인정할 수 있고, 이에 반하는 위 갑제27호증(판결)의 기재 중 1987. 7. 21.경 신공장에 양곡도정을 위한 기계설치 및 전력시설이 갖추어 있지 아니하다는 부분은 위에 나온 갑제19호증의2, 갑제20호증의3(각 결정서)의 기재를 그대로 옮겨 놓은것에 불과하여 이를 믿지 아니하고, 을제3호증의 1,3 내지 11, 갑제4호증의1 내지 6의 각 기재와 증인 곽ㅇㅇ, 정ㅇㅇ의 각 증언은 각 믿지 아니하거나, 위 인정에 방해가 되지 아니하며, 달리 반대의 증거가 없는 바, 위 인정사실에 의하면, 원고가 구공장을 양도한 이후 1년이 경과하도록 신공장을 시공하지 아니한 것은 신공장부지가 위 도시계획시설예정지로 지정되어 있다가 1986. 12. 30.에야 그 지정이 해제되어 신공정을 건축할 수 있었으므로, 그 시공을 지연한데에 구소득세법시행령 제18조제3항 소정의 정당한 사유가 있다고 할 것이고, 또한 비록 신공장에 대량의 양곡도정을 하기 위한 전력시설을 하지 아니하였다고 하더라도 원고가 신공장건물에 구공장건물에 설치된 도정등을 위한 기계를 설치하고 소량의 양곡을 도정 및 정선한 이상 원고는 구소득세법시행령 제18조제3항 의 규정과 같이 신공장시공일로부터 2년 내에 그 시설을 준공하였다고 할 것이므로, 피고가 구공장 중 참고부분 및 그 부지가 구공장에 포함되지 아니하고, 또한 원고가 신공장 시설을 소정의 기관 내에 준공하지 아니하였음을 전제로 하여 한 이사건 각 부과처분은 위법하다고 하겠다.

3. 그렇다면, 이사건 각 부과처분이 위법함을 이유로 그 취소를 구하는 원고의 이사건 청구는 이유있어 인용하고, 소송비용은 패소자인 피고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.