2013서0194 (2014. 06. 30)

가공거래로 인정할 수 없는 일부 자료를 감안한 정당세액을 산출할 수 없으므로 이 부분 처분 전부를 취소함

가공거래로 인정할 수 있는 거래와 가공거래로 인정할 수 없는 거래가 있는 경우, 가공거래로 인정할 수 없는 일부 자료를 감안한 정당세액을 산출할 수 없는 경우 법원이 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니므로 이 부분 처분 전부를 취소함

구부가가치세법 제16조세금계산서

2014구합17227 부가가치세등부과처분취소

주식회사AA

○○세무서장

2015. 9. 3

2015. 10. 15

1. 이 사건 소 중 2008년 2기분 부가가치세 ○○원, 2009년 1기분 부가가치세 ○○원, 2011년 2기분 부가가치세 ○○원, 2010 사업연도 법인세 ○○원의 각 부과처분 취소청구 부분을 각하한다.

2. 피고가 2012. 9. 11. 원고에 대하여 한 2010년 2기분 부가가치세 ○○원, 2011년 1기분 부가가치세 ○○원의 각 부과처분을 취소한다.

3. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

4. 소송비용 중 1/2은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

주문 제2항 및 피고가 2012. 9. 11. 원고에 대하여 한 2008년 2기분 부가가치세○○원, 2009년 1기분 부가가치세 ○○원, 2009년 2기분 부가가치세 ○○원, 2010년 1기분 부가가치세 ○○원, 2011년 2기분 부가가치세 ○○원, 2010 사업연도 법인세 ○○원의 각 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고(변경전 상호 : 주식회사 BB)는 2000. 5. 13. 개업하여 전자제품 제조 및 도매업을 영위하는 법인이다.

나. 피고는 2012. 4. 10.부터 2012. 7. 18.까지 원고에 대한 거래질서관련조사를 실시한 결과, 원고가 2008년 제2기부터 2011년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 중 별지1 목록 기재와 같이 실물거래 없이 세금계산서만 수수하는 가공거래를 하였음을 확인하였다.

다. 이에 피고는 2012. 9. 11. 원고에게 2008년 2기분 부가가치세 ○○원, 2009년 1기분 부가가치세 ○○원, 2009년 2기분 부가가치세 ○○원, 2010년 1기분 부가가치세 ○○원, 2010년 2기분 부가가치세 ○○원, 2011년 1기분 부가가치세, 2011년 2기분 부가가치세 ○○원, 2010 사업연도 법인세 ○○원을 각 경정・고지하였다(이하 '쟁점 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1 내지 8, 을 제1 내지 8, 15호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 본안전 항변에 대한 판단

가. 피고의 주장

원고는 쟁점 처분 중 2009년 2기분, 2010년 1, 2기분, 2011년 1기분 부가가치세 부과처분에 대하여만 조세심판원의 심판절차를 거쳤을 뿐, 나머지 처분에 대하여는 전심절차를 거치지 아니하였으므로, 이 사건 소 중 위 '나머지 처분' 취소청구 부분은 부적법하다.

나. 판단

국세기본법 제56조 제2항은 '위법한 과세처분에 대한 행정소송은 이 법에 따른 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 제기할 수 없다'고 규정하고 있다. 살피건대, 을 제9호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 2012. 12.7. 조세심판원에 제출한 심판청구서에는 불복 대상이 '2009년 2기분, 2010년 1, 2기분, 2011년 1기분 부가가치세 부과처분'(이하 '이 사건 처분'이라 한다)이라고만 기재되어 있을 뿐, 나머지 과세기간에 대한 부가가치세 및 법인세 부과처분은 기재되어 있지 아니한 사실이 인정되고, 원고가 해당 부과처분에 대하여 별도로 심사청구 또는 심판청구를 거쳤음을 인정할 증거도 없다.

따라서 이 사건 소 중 위와 같이 전심절차를 거치지 아니한 2008년 2기분, 2009년 1기분, 2011년 2기분 부가가치세 부과처분 및 2010 사업연도 법인세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하다. 피고의 본안전 항변은 이유 있다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

피고는 별지 1 목록 거래가 가공거래라는 점에 관한 충분한 증명 없이, 주식회사 CC가 원고 회사의 직원이 설립한 회사이고, 원고 회사의 대표이사인 박DD이 관련 거래내역을 모두 파악하고 있지 못하다는 이유만으로 이 사건 처분을 하였으나, 원고 회사와 별지 1 목록 기재 매입・매출처 사이에는 모두 실물거래가 있었으므로, 이와 달리 본 피고의 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 4 관계 법령의 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리

특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래 과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 구 부가가치세법 (2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제2호가 규정하고있는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 참조).

다만, 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 참조).

한편, 갑 제3호증, 을 제15호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 별지1 목록 거래 중 이 사건 처분의 대상이 되는 2009년 제2기부터 2011년 제1기까지 피고가 가공거래로 본 세금계산서의 내역(과세기간별로 합계액만 표시함)은 별지 2, 3의 각 기재와 같은 사실이 인정되므로(이하 '쟁점 세금계산서'라 한다), 아래에서는 앞서 본 법리에 비추어 쟁점 세금계산서상의 거래를 가공거래로 볼 수 있는지 여부에 관해 구체적으로 살펴보기로 한다.

2) 가공거래로 인정되는 부분

가) 주식회사 CC

갑 제3호증, 을 제11 내지 13호증, 을 제14호증의 1 내지 6, 을 제15, 16호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 주식회사 CC는 실체가 없는 소위 '유령회사'이고, 나아가 쟁점 세금계산서 중 주식회사 CC에 관한 기재 부분은 모두 가공거래인 사실이 인정된다.

① 주식회사 CC는 2008. 10. 30. 설립되었다. 위 회사의 설립 당시 대표자인 이사는 조EE, 감사는 정FF, 소재지는 ○○시 ○○동 1278-5 ○○공단 3나 ○○호였다. 위 회사는 2008. 11. 19. 그 소재지를 ○○ ○○구 ○○동 31-17 ○○호(○○ ○○구 ○○로 88-8, ○○호)로 이전하였다. 그러나 위 소재지에는 회사의 영업을 위한 인적ㆍ물적 자원이 전혀 갖추어져 있지 않다. 한편 조EE은 2010. 4. 30. 위 회사의 이사에서 사임하였고, 정FF이 같은 날 사내이사로 취임하였다.

② 주식회사 CC의 설립 즈음부터 폐업 시기인 2011.경까지 총 매출액은 약 ○○억 8,000만 원, 총 매입액은 약 ○○억 9,100만 원에 이른다. 그러나 조EE이나 정FF은 주식회사 CC의 설립 이후에도 계속해서 원고 회사에서 근무하면서 위 회사의 업무를 담당하였다. 조EE은 주식회사 CC의 소재지에 가본 일도 없고, 위 회사의 이름으로 영업한 것도 없다고 진술한 바 있다. 그 외 위 회사가 어떠한 형태로든 실질적인 영업활동을 한 일을 발견할 수 없다. 또한, 위 회사가 원고 회사는 물론 여타 다른 회사들로부터 실제로 재화나 용역을 공급받았다는 사실을 입증할 수 있는 자료도 없다.

③ GG라는 업체를 운영한 권HH은 2008. 12.경 원고 회사의 직원인 전II에게 GG로 물건을 납품해달라고 요청하였다. 그러나 GG는 주식회사 CC의 이름으로 물건을 납품받게 되었다. 그럼에도 권HH은 사실상 원고 회사의 물건을 받는 것으로 알고 있었다. 원고 회사의 물건과 주식회사 CC의 물건 단가에 아무런 차이가 없었다.

④ 쟁점 세금계산서의 기재를 살펴보면, 주식회사 CC가 다른 회사들에게 재화 또는 용역을 공급하였다는 부분은 그대로 원고 회사의 매출로 이어지고 주식회사 CC가 다른 회사들로부터 재화 또는 용역을 공급받았다는 부분은 그대로 원고 회사의 매입으로 이어진다는 것을 알 수 있다. 거래가 이어지는 과정에서 약간의 금액 차이는 있으나 이는 명목상의 법률관계를 가장하기 위한 수단에 불과한 것으로 보인다. 즉, 실제로는 주식회사 CC가 아닌 원고 회사와의 거래관계가 형성되었고, 원고 회사가 직접 매입하거나 매출한 것으로 보인다.

나) JJ

갑 제3호증, 을 제11, 15, 16호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 쟁점 세금계산서 중 JJ에 관한 기재 부분은 모두 가공거래인 사실이 인정된다.

① 관련 형사사건(서울중앙지방법원 ○○고합○○호, 이하 같다)에서 정FF은 주식회사 CC가 JJ으로부터 보안카메라 원자재를 받아, 이를 다시 원고 회사에 판매하고, 위 회사는 이를 조립한 완제품을 JJ에 판매하는 등의 거래가 있었다고 주장한 바 있다. 이는 보안카메라 원자재 또는 보안카메라 완제품이라는 재화가 JJ에서 주식회사 CC를 거쳐 원고 회사로 공급된 후 최종적으로 다시 JJ으로 이동한다는 취지이다. 쟁점세금계산서 중 JJ에 관한 부분의 공급가액은 위와 같이 재화가 실질적으로 이동한 것을 전제로 기재되었다.

② JJ이 허위로 기재된 세금계산서의 수취만을 목적으로 하는 소위 '자료상'인지 여부는 불분명하다. 그러나 앞서 본 바와 같이 주식회사 CC는 실체가 없는 회사이므로, 정FF의 주장에 의하더라도 보안카메라 원자재 또는 보안카메라 완제품이라는 재화는 JJ에서 원고 회사를 거쳐 다시 JJ으로 넘어갔다는 것에 불과하다. 또한 정FF의 진술에 의하더라도 위와 같은 과정에서 원고 회사가 정한 이익률은 0.008%라는 것인데, 이는 재화를 사고파는 과정에서의 이익률로는 지나치게 낮다. JJ이 원고 회사에 보안카메라 원자재를 실제로 공급하였는지 알 수 있는 자료가 없다.

다) 주식회사 KK(별지 2 쟁점 매출세금계산서 목록 순번 1 내지 7 기재 부분에 한하여)

갑 제3호증, 을 제11, 15, 16호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 쟁점 세금계산서 중 주식회사 KK에 관한 기재 부분(별지 2 쟁점 매출세금계산서 목록 순번 8 기재 부분은 제외한다, 이하 이 항에서 같다)은 모두 가공거래인 사실이 인정된다.

① 관련 형사사건에서 주식회사 KK를 운영하는 안LL은 원고 회사에서 CCTV 카메라를 구입해 와 보안모듈을 탑재하거나 보안 관련 소프트웨어를 설치한 후 이를 다시 주식회사 CC에 판매하였다고 주장한 바 있다. 즉, CCTV 카메라라는 재화가 원고 회사에서 주식회사 KK를 거쳐 주식회사 CC로 이동한다는 취지이다. 쟁점 세금계산서 중 주식회사 KK에 관한 부분의 공급가액은 위와 같이 재화가 실질적으로 이동한 것을 전제로 기재되었다.

② 주식회사 KK가 '자료상'인지 여부는 불분명하다. 그러나 앞서 본 바와 같이 주식회사 CC는 실체가 없는 회사이므로, 안LL의 진술에 의하더라도 CCTV카메라라는 재화는 원고 회사에서 주식회사 KK를 거쳐 다시 원고 회사로 넘어갔다는 것에 불과하다. 또한 안LL의 진술에 의하더라도 위와 같은 과정에서 주식회사 KK가 정한 이익률은 2% 내지 5%라는 것인데, 이는 재화를 사고파는 과정에서의 이익률로는 지나치게 낮다. 나아가 주식회사 KK의 세금계산서 기재내용에 비추어 보면 주식회사 KK가 실제 취한 이득은 위 2% 내지 5% 정도에도 미치지 못하는 것으로 보인다. 원고 회사가 주식회사 KK에게 CCTV카메라를 실제로 공급하였는지 알 수 있는 자료가 전혀 없다.

라) MM 주식회사

갑 제3호증, 을 제11, 15, 16호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 쟁점 세금계산서 중 MM 주식회사에 관한 기재 부분은 모두 가공거래인 사실이 인정된다.

① 관련 형사사건에서 정FF은 주식회사 CC가 MM 주식회사로부터 도어카메라 원자재를 받아, 이를 다시 원고 회사에 판매하고, 위 회사는 이를 조립한 완제품을 MM 주식회사에 판매하였다고 주장한다. 즉, 도어카메라 원자재 또는 도어카메라 완제품이라는 재화가 MM 주식회사에서 주식회사 CC를 거쳐 원고 회사로 공급된 후 최종적으로 다시 MM 주식회사로 이동한다는 취지이다. 쟁점 세금계산서 중 MM 주식회사에 관한 부분의 공급가액은 위와 같이 재화가 실질적으로 이동한 것을 전제로 기재되었다.

② MM 주식회사가 '자료상'인지 여부는 불분명하다. 그러나 앞서 본 바와 같이 주식회사 CC는 실체가 없는 회사이므로, 정FF의 주장에 의하더라도 도어카메라 원자재 또는 도어카메라 완제품이라는 재화는 MM 주식회사에서 원고 회사를 거쳐 다시 MM 주식회사로 넘어갔다는 것에 불과하다. MM 주식회사가 원고 회사에 보안카메라 원자재를 실제로 공급하였는지 알 수 있는 자료가 없다.

마) 주식회사 NN 및 주식회사 OO

갑 제3호증, 을 제5, 6, 11, 12, 15, 16호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 쟁점 세금계산서 중 주식회사 NN 및 주식회사 OO에 관한 기재 부분은 모두 가공거래인 사실이 인정된다.

① 원고는 관련 형사사건에서 주식회사 NN에 관한 별지 2 쟁점 매출세금계산서 목록 순번 2 기재 부분 및 주식회사 OO에 관한 별지 3 쟁점 매입세금계산서 목록 순번 2 기재 부분이 허위임을 인정한 바 있다.

② 주식회사 OO은 이미 '자료상'으로 고발된 업체이다. 주식회사 NN에 관한 별지 2 쟁점 매출세금계산서 목록 순번 2 기재 부분과 주식회사 OO에 관한 별지 3 쟁점 매입세금계산서 목록 순번 2 기재 부분에 해당하는 거래는 원고 회사 → 주식회사 NN → 주식회사 OO → 원고 회사로 이어지는 회전거래이다. 전II은 주식회사 OO과 주식회사 NN이 같은 회사라고 진술한 바 있다. 결국 주식회사 NN 또한 '자료상'으로 보인다.

③ 정FF은 수사기관에서 주식회사 NN에 관한 별지 2 쟁점 매출세금계산서 목록 순번 6, 7 기재 부분에 해당하는 거래가 허위임을 인정한 바 있다.

④ 원고는 주식회사 NN에 관한 별지 2 쟁점 매출세금계산서 목록 순번 6, 7 기재 부분이 잘못되었다며 수정신고를 한 바 있다. 위와 같이 수정신고를 하게된 경위, 수정 전후의 공급가액 차이 등에 비추어 보면 위 신고를 단순한 착오에 의한 것으로 보기 어렵다.

바) 주식회사 PP

갑 제3호증, 을 제5, 6, 11, 12, 15, 16호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 쟁점 세금계산서 중 주식회사 PP에 관한 기재 부분은 모두 가공거래인 사실이 인정된다.

① 원고는 관련 형사사건에서 쟁점 세금계산서 중 주식회사 PP에 관한 기재 부분이 허위임을 인정한 바 있다.

② 원고는 쟁점 세금계산서 중 주식회사 PP에 관한 기재 부분이 잘못 되었다며 수정신고를 한 바 있다. 위와 같이 수정신고를 하게 된 경위, 수정 전후의 공급가액 차이 등에 비추어 보면 위 신고를 단순한 착오에 의한 것으로 보기 어렵다.

사) 주식회사 QQ(별지 3 쟁점 매입세금계산서 목록 순번 1, 2, 4 내지 6 기재 부분에 한하여)

갑 제3호증, 을 제11, 15, 16호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 쟁점 세금계산서 중 주식회사 QQ에 관한 기재 부분(별지 3 쟁점 매입세금계산서 목록 순번 7, 8 기재 부분은 제외한다, 이하 이 항에서 같다)은 모두 가공거래인 사실이 인정된다.

① 관련 형사사건에서 주식회사 QQ을 운영하는 RR은 주식회사 CC로부터 보안카메라에 들어가는 렌즈 및 카메라를 구입해서 이를 검사하고 불량부품을 수리한 후 수량을 확인하여 원고 회사에 판매하였다고 진술한 바 있다. 즉, 렌즈 및 카메라라는 재화가 주식회사 CC로부터 주식회사 QQ을 거쳐 원고회사로 이동했다는 취지이다. 쟁점 세금계산서 중 주식회사 QQ에 관한 기재 부분의 공급가액은 위와 같이 재화가 실질적으로 이동한 것을 전제로 기재되었다.

② 주식회사 QQ이 '자료상'인지 여부는 불분명하다. 그러나 앞서 본 바와 같이 주식회사 CC는 실체가 없는 회사이므로, RR의 진술에 의하더라도 렌즈 및 카메라라는 재화는 원고 회사에서 주식회사 QQ을 거쳐 다시 원고 회사로 넘어갔다는 것에 불과하다. RR의 진술에 의하면, 렌즈 및 카메라를 검사하는 장비는 원고 회사에 있었고, 주식회사 QQ 측은 원고 회사의 사무실에서 렌즈 및 카메라의 검사를 수행하였으며, 위와 같은 과정에서 주식회사 QQ이 정한 이익률은 0.5%라는 것인데, 이는 재화를 사고파는 과정에서의 이익률로는 지나치게 낮다. 원고 회사와 주식회사 QQ 사이에 실제로 렌즈 및 카메라의 공급이 있었는지 알 수 있는 자료가 없다.

3) 가공거래로 인정할 수 없는 부분

가) 주식회사 SS 및 주식회사 TT

갑 제3호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 을 제11, 15, 16호증의 각 기재만으로는 쟁점 세금계산서 중 주식회사 SS 및 주식회사 TT에 관한 기재 부분이 가공거래인 사실을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 부분 처분사유는 인정되지 아니한다.

① 피고가 이 부분 거래에 관한 재화 또는 용역이 실제로 공급되지 않았다고 판단한 주요 근거는 다음과 같다.

㉮ 이 부분 거래와 주식회사 CC가 간접적으로 관련되어 있다. ㉯ 쟁점 매출세금계산서 중 원고의 주식회사 SS에 대한 공급가액과 쟁점 매입세금계산서 중 주식회사 TT로부터의 매입가액이 일치한다. ㉰ 원고 회사가 주식회사 TT로부터 재화나 용역을 제공받을 이유가 없다는 것이다.

② 살피건대, 주식회사 CC가 실체가 없는 회사임은 앞서 본 바와 같다. 그러나 이는 위 회사의 직접 거래가 허위임을 증명하는 사정은 될 수 있을지 몰라도, 이로써 바로 원고 회사의 거래 중 주식회사 CC와 간접적으로 관련이 있는 거래까지 모두 허위라고 단정할 수 없다. 나머지 근거들 또한 바로 이 부분 거래에 관한 재화 또는 용역이 실제로 공급되지 않았다고 확신할 만한 근거가 될 수 없다.

③ 주식회사 SS과 주식회사 TT를 운영한 주UU은 관련 형사사건에서 이 부분 거래에 대하여 다음과 같은 취지로 진술하였다.

㉮ 주식회사 TT는 2010. 10.경부터 2010. 12.경까지 주식회사 CC로부터 총 ○○원 상당의 카메라 주변기기, 컴퓨터, 서버관련 전산장비 등을 공급받았다. 주식회사 TT는 이를 이용하여 ○○ 시스템을 제작하여 판매하였다. ㉯ 주식회사 SS은 2010. 10.경부터 2010. 12.경까지 주식회사 CC에 총 ○○원 상당의 가공된 부품을 공급하였다. ㉰ 주식회사 TT는 원고 회사와 보안프로그램 시스템 및 설치용역 계약을 체결하였고, 2010. 10.경부터 2010. 12.경까지 원고 회사에 총 ○○원 상당의 센서와 빔프로젝트를 공급하였다. ㉱ 주식회사 SS은 2010. 8.경부터 2010. 12.경까지 원고 회사로부터 총 ○○원 상당의 오토티업기 프로그램, 전동타석용 프로그램, USB보안장치를 공급받았다. ㉲ 위 거래에서 액수가 일치하는 이유는 서로 사전에 금액이 맞는 만큼만 재화 및 용역을 제공하기로 합의하였기 때문이다. 즉, 가공거래로 인정된 다른 거래와 달리 주식회사 TT로부터 매입한 품목과 주식회사 SS에 대한 공급 품목이 일치하지 않고 위 품목들의 거래과정에 주식회사 CC가 순환거래의 당사자로 나타난 바가 없다.

④ 주식회사 SS이나 주식회사 TT가 '자료상'인지 여부도 불분명하다.

나) 주식회사 QQ(별지 3 쟁점 매입세금계산서 목록 순번 7, 8 기재 부분에 한하여)

갑 제3호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 을 제11, 15, 16호증의 각 기재만으로는 쟁점 세금계산서 중 주식회사 QQ에 관한 기재 부분(별지 3 쟁점 매입세금계산서 목록 순번 7, 8 기재 부분만을 가리킨다, 이하 이 항에서 같다)이 가공거래인 사실을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 부분 처분사유는 인정되지 아니한다.

① 앞서 본 바와 같이 주식회사 QQ에 관한 별지 3 쟁점 매입세금계산서 목록 순번 1, 2, 4 내지 6 기재 부분은 모두 허위이다. 그러나 쟁점 매입세금계산서 중 주식회사 QQ에 관한 기재 일부가 허위라고 하여 바로 나머지 부분도 모두 허위라고 단정할 수 없다.

② 이 부분 거래가 주식회사 CC와 어떠한 관련이 있는지 알 수 있는 자료가 없다.

③ 앞서 본 허위기재 부분의 공급가액이 상당히 거액임에 반해, 이 부분 거래의 공급가액은 2011년 1기 예정 부분 ○○원, 2011년 1기 확정 부분 ○○원으로 비교적 소액이다. 주식회사 QQ이 원고 회사에 이 정도 공급가액에 해당하는 용역을 제공하였을 가능성을 배제할 수 없다.

다) 주식회사 KK(별지 2 쟁점 매출세금계산서 목록 순번 8 기재 부분에 한하여)

갑 제3호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 을 제11, 15, 16호증의 각 기재만으로는 쟁점 세금계산서 중 주식회사 KK에 관한 기재 부분(별지 2 쟁점 매출세금계산서 목록 순번 8 기재 부분만을 가리킨다, 이하 이 항에서 같다)이 가공거래인 사실을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 부분 처분사유는 인정되지 아니한다.

① 앞서 본 바와 같이 주식회사 KK에 관한 별지 2 쟁점 매출세금계산서 목록 순번 1 내지 7 기재 부분은 모두 허위이다. 그러나 쟁점 매출세금계산서 중 주식회사 KK에 관한 기재 일부가 허위라고 하여 바로 나머지 부분도 모두 허위라고 단정할 수 없다.

② 이 부분 거래에 대하여는 관련 형사사건에서 기소조차 되지 아니하였다.

4) 2010년 2기분, 2011년 1기분 부가가치세 부과처분의 전부 취소

과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이나, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니라고 할 것이다(대법원 1995. 4. 28. 선고94누13527 판결 등 참조).

그런데 이 사건에서 당사자가 제출한 자료만으로는 쟁점 세금계산서 중 주식회사 SS 및 주식회사 TT에 관한 기재 부분, 주식회사 QQ에 관한 별지 3 쟁점 매입세금계산서 목록 순번 7, 8 기재 부분, 주식회사 KK에 관한 별지 2 쟁점 매출세금계산서 목록 순번 8 기재 부분을 원고의 2010년 2기분, 2011년 1기분 매입・매출세액에서 제외할 경우 원고에게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없으므로, 이 부분 처분 전부를 취소할 수밖에 없다.

4. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 소 중 2008년 2기분, 2009년 1기분, 2011년 2기분 부가가치세 부과처분 및 2010 사업연도 법인세 부과처분의 각 취소청구 부분은 부적법하여 각하하고, 2010년 2기분, 2011년 1기분 부가가치세 부과처분의 취소청구는 이유 있어인용하며, 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.