1. 제1심판결 중 소득금액변동통지 취소 청구 부분을 아래와 같이 변경한다. 가.

피고가 2012. 7....

1. 처분의 경위

가. 원고는 1998. 1. 24. 자동차 배출가스 저감장치 제조 및 판매업 등을 목적으로 설립된 회사이고, B는 2001. 3. 28.부터 2011. 7. 13.까지 원고의 대표이사로 재직하였다.

나. 중부지방국세청장은 원고에 대하여 세무조사(세목: 법인세, 조사대상기간: 2006. 1.부터 2008. 12.까지)를 실시하고, 그 결과 원고가 2005 사업연도부터 2008 사업연도까지 C, D 등에 대하여 실제 매출이 없거나 실제 매출액이 일부에 불과함에도 합계 58,769,000,000원의 가공매출을 계상하고(이하 위 58,769,000,000원을 ‘이 사건 가공매출대금’이라 한다), 2006 사업연도부터 2009 사업연도까지 별지2 목록 기재를 포함하여 E, F 등으로부터 실제 원재료 등을 매입한 금액을 초과하여 합계 29,418,089,712원의 가공매입을 계상하였다고 판단하였다.

당시 중부지방국세청장은 매출처가 발행한 세금계산서, 매출처와 관련된 수출통관신고 내역을 파악하고, 가공매출처의 명의로 입금된 금원 중 일부가 B 내지 원고의 직원들에 의하여 입금되었음을 확인하여 원고의 계좌에 입금된 금액 중 세금계산서와 수출통관신고서가 존재하는 금액을 제외한 나머지를 이 사건 가공매출대금이라고 판단하였다. 가공매입에 관하여도 원고의 계좌에서 출금되어 매입처의 계좌로 입금된 금액 중 실제로 세금계산서가 발행되어 있는 거래를 제외한 나머지 부분을 가공매입에 해당하는 것으로 파악하였다.

중부지방국세청장은 위 가공매입대금 중에서 원고가 회수한 것으로 보이는 합계 4,678,153,677원(2007년 2기에 E로부터 회수된 22억 원 F으로부터 2007. 12. 5. 회수된 6억 6,000만 원 2008. 6. 26. 및 2008. 7. 31. 회수된 합계 1,818,153,677원)을 ‘기타’로, 나머지 24,739,936,035원 이하 ‘이 사건 쟁점금액’이라...