1. 피고가 2013. 1. 2. 원고에 대하여 한 2008 사업연도 법인세 440,514,610원(가산세 포함) 부과처분,...

1. 처분의 경위

가. 1) 주식회사 B(변경 전 상호 : 주식회사 C, 이하 ‘B’이라고만 한다

)은 의약품 도매업 등을 영위하는 회사로서 1991. 3. 7. 설립되었는데, 2003. 10. 6. 이후 위 회사의 대표이사로 근무한 D은 위 회사의 실질 지배주주였다. 2) 위 D은 2008. 5. 28. E으로부터 대표이사 명의를 차용하여 의약품 도매업 등을 영위하는 회사인 원고를 설립한 후 2010. 9. 30. 폐업하고 2011. 5. 2. 해산을 사유로 청산하였는데, D은 원고의 실질 대표이사이자 지배주주이기도 하였다.

나. 서울지방국세청장은 2012. 10. 8.부터 2012. 11. 23.까지 원고에 대한 법인제세통합조사(이하 '이 사건 세무조사‘라 한다)를 실시하였고, 그 결과 원고가 2008 사업연도부터 2010 사업연도까지 B에 대한 실제 약품 매출이 없음에도 합계 3,233,584,127원의 가공매출을 계상한 뒤 위 금원을 B으로부터 지급받은 사실(이하 위 3,233,584,127원을 ’이 사건 가공매출대금‘이라 한다), 같은 기간 주식회사 경남제약, 주식회사 에어팜 등(이하 ’가공매입처‘라 한다)으로부터 실제 약품을 매입한 바 없음에도 합계 1,148,568,700원의 가공매입대금을 계상한 뒤 위 금원을 위 가공매입처를 통해 D에게 지급한 사실(이하 위 1,148,568,700원을 ’이 사건 가공매입대금‘이라 한다), 2008 사업연도부터 2011 사업연도까지 지급수수료, 운반비 등을 실제 지출한 바 없음에도 합계 2,069,881,625원의 가공경비를 계상한 뒤 위 금원을 인출하여 D에게 지급한 사실(이하 위 2,069,881,625원을 ’이 사건 가공경비‘라 한다), 원고가 매출처로부터 이미 대금을 지급받았으나 장부상으로는 회수되지 않은 것으로 되어 있던 803,061,298원 상당의 가공매출채권(이하 ’이 사건 가공매출채권‘이라 한다)을 2011. 1. 10. B에 양도한 사실을...