1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 서울 용산역 일원에 용산국제업무지구 개발사업을 추진하기 위하여 설립된 프로젝트금융투자회사(Project Financing Vehicle)로서, 위 사업을 추진하기 위하여 2011. 9. 30. 한국철도공사로부터 서울 용산구 한강로3가 40-1 등 14필지 70,186㎡을 매수하여 소유권을 취득하면서, 환매기간을 2016. 9. 29.로 한 환매등기를 마쳤다.

나. 원고는 2011. 9. 30. 피고에게 위 부동산에 관한 취득세 신고를 하면서 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제120조 제4항 제3호가 규정하고 있는 ‘프로젝트금융투자회사가 2012년 12월 31일까지 취득하는 부동산’에 해당한다는 이유로 취득세(73,361,853,958원= 과세표준 1,834,046,348,956원×0.04)의 50%에 대한 감면을 신청하고, 그 감면세액을 공제한 취득세 36,680,926,979원을 신고납부하였다.

다. 그 후 원고는 2015. 4. 13. 위 매수토지 가운데 일부인 서울 용산구 한강로3가 32-3 등 12필지 1,288.3㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)에 관하여 2013. 6. 18. 환매를 원인으로 하여 한국철도공사 앞으로 다시 소유권이전등기를 마쳐주었다. 라.

원고는 2015. 6. 19. 피고에게, 이 사건 토지에 관하여 매도인인 한국철도공사에게 환매를 원인으로 한 소유권이전등기가 마쳐졌고, 이는 구 지방세법(2015. 7. 24. 법률 제13427호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제1항 제1호에 따라 ‘환매등기를 병행하는 부동산의 매매로서 환매기간 내에 매도자가 환매한 경우’에 해당한다는 이유로, 구 지방세법 제15조 제1항 제1호에 따른 특례세율을 적용한 후 다시 구 조세특례제한법 제120조 제4항 제3호에서 정한 세액의 50% 감경을 적용하면, 취득세 370,313,470원을 환급받아야 한다는 내용의...