1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2012. 12. 28. 주식회사 선진지주(이하 ‘선진지주’라고 한다)를 흡수합병(이하 ‘이 사건 합병’이라 한다)하면서 선진지주가 소유하고 있던 주식회사 설성팜(이하 ‘설성팜’이라 한다)의 발행주식 54,000주(총 발행주식의 90%에 해당함, 이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 취득함으로써 설성팜의 과점주주가 되었다.

나. 피고는, 구 지방세법(2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제5항에 따라 원고가 위와 같이 설성팜의 과점주주가 되었을 때 설성팜 소유의 부동산(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 취득한 것으로 보고, 구 지방세법 제15조 제2항 제3호, 제10조 제4항에 따라 이 사건 부동산의 장부상 가액에 주식비율(54,000주/60,000주)를 곱한 금액인 1,224,680,860원을 과세표준으로 하고 중과기준세율(20/1,000)을 적용하여 산출한 취득세 36,799,190원(가산세 포함)과 농어촌특별세 3,190,040원(가산세 포함)을 합산한 39,989,230원을 원고에게 부과고지하였다.

[인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제2, 3-1, 3-2호증, 을 제1, 3, 4호증, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장 피고가 그 처분사유와 관계법령의 규정을 들어 이 사건 처분이 적법하다고 주장함에 대하여 원고는, 이 사건 합병으로 인하여 이 사건 부동산 취득이 간주된 것이므로 이 경우 구 지방세법 제15조 제1항 제3호가 적용되는데 위 규정에 따라 과점주주의 간주취득세율에서 중과기준세율을 빼면 그 세율이 '0'이 되어 취득세를 면제되는 결과가 될 뿐만 아니라, 합병에 따라 양수하는 재산의 취득에 대하여 취득세를 면제하는 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제120조 제2항에...