1. 피고가 2014. 7. 2. 원고에 대하여 한 2009 사업연도 법인세 161,789,994원, 2010 사업연도 법인세 355...

1. 처분의 경위

가. 원고는 화공약품 제조업 등을 사업목적으로 하는 법인으로서, 충남 연기군 남면 월산리 656 소재 계면활성제 공장(이하 ‘이 사건 종전 공장’이라 한다)에서 제조시설을 갖추고 사업을 영위하던 중, 위 공장 지역이 행정중심복합도시개발예정지구에 지정되고 위 공장부지가 사업시행자에게 수용되자, 2008. 9. 21. 위 종전 공장의 생산을 종료한 후, 2008년 11월경 전북 완주군 봉동읍 둔산리 942-1 소재 전주2공장(이하 ‘이 사건 공장’이라 한다)으로 공장시설을 이전하여 2008. 11. 24.부터 제조를 개시하였다.

나. 이후 원고는 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되어 2009. 1. 1. 시행된 것, 이하 같다) 제85조의2 제3항(이하 ‘이 사건 감면규정’이라 한다)을 적용하여 이 사건 공장의 사업에서 발생하는 소득에서 발생한 소득에 대하여 법인세의 100분의 50에 상당하는 법인세액을 감면하여 해당 각 사업연도 법인세 합계 1,854,649,726원을 신고하였다.

다. 피고는 이 사건 감면규정은 2009. 1. 1.부터 시행되었으므로 2008년 11월경에 이 사건 종전 공장을 이전한 원고에게는 적용되지 않는다는 이유로, 2014. 7. 2. 원고에 대하여 2009 사업연도 법인세 172,779,820원, 2010 사업연도 법인세 375,198,760원, 2011 사업연도 법인세 571,594,700원, 2012 사업연도 법인세 1,331,984,520원(각 가산세 포함)을 경정고지하였다. 라.

이후 피고는 법인통합조사에 따라 2015. 2. 13. 원고에 대하여 위 각 2009~2012 사업연도 법인세의 가산세 합계 80,235,032원(= 2009 사업연도 10,989,829원 2010 사업연도 19,733,618원 2011 사업연도 21,367,931원 2012 사업연도 28,143,654원)을 감액경정고지하였다

[이하 위 2009~2012 사업연도 각 법인세(각 가산세 포함 중 감액되고 남은 다음과 같은...