1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 서울지방국세청장은 2011. 10. 10.부터 2011. 11. 20.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하고, “① 장부상 원고가 2006. 7. 28. 및 2007. 6. 1. 취득한 것으로 되어 있는 서귀포시 C 대지 981.8㎡와 지상 건물 274.5㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)의 취득자금 합계 1,598,498,274원(= 434,246,414원 ＋ 1,164,251,860원)은 최대주주인 B에게 업무와 무관하게 대여한 업무무관 가지급금에, ② 이 사건 부동산은 업무무관자산에 각 해당하고, ③ D으로부터 선박을 취득하는 과정에서 예치한 상환이행보증금, 주식회사 산업은행(이하 ‘산업은행’이라 한다)에 담보로 제공한 산업금융채권 및 예금 등(이하 산업금융채권 및 예금을 ‘이 사건 질권설정자산’이라 한다)에서 발생한 이자소득 합계 625,530,960원(= 2006년 197,709,644원 2007년 188,891,294원 2008년 197,080,022원 2010년 41,850,000원, 이하 ‘이 사건 이자소득’이라 한다)은 비해운소득에 해당한다.”는 이유로, 2012. 3. 2. 이 사건 부동산의 취득자금에 대한 인정이자 549,897,573원을 익금 산입, 지급이자 7,506,157원, 이 사건 부동산의 유지관리비 및 감가상가비 등 104,794,066원을 손금불산입하고, 인정이자 및 업무무관비용을 실질적 대표자인 B에 대한 상여로 소득처분하였으며, 이행예치금, 산업금융채권 및 예금 등에서 발생한 이자 625,530,960원을 비해운소득으로 재분류하였다.

나. 피고는 서울지방국세청장의 과세자료 통보에 따라 2012. 3. 2. 원고에게 ① 2006 사업연도 법인세 110,775,940원(가산세 포함), 2007 사업연도 법인세 133,908,170원(가산세 포함), 2008 사업연도 법인세 131,885,950원(가산세 포함), 2009 사업연도 법인세 80,768,650원(가산세 포함), 2010 사업연도 법인세 46,334,290원(가산세 포함)의 각 부과처분, ②...