1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 서울지방국세청장은 2010. 9. 1.부터 2010. 12. 10.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 후 아래 1) 내지 3)의 각 사항을 포함하여 기타 이월결손금과다공제액, 과ㆍ면세 사업장 안분계산누락분 매입세액공제부인 등의 적발사항을 피고에게 통보하였다.

1) 원고가 화성시 D아파트 공사(이하 ‘이 사건 D아파트 공사’라 한다

)에 관하여 원고의 특수관계자로서 위 공사의 시행자인 E 주식회사(이하 ‘E'라고만 한다

)로부터 2004년 14,627백만 원, 2005년 11,969백만 원, 2006년 59,864백만 원, 2007년 35,000백만 원, 2008년 29,000백만 원, 2009년 25,285백만 원의 각 공사미수금(이하 ’이 사건 공사미수금‘이라 한다

)을 장기간 회수하지 않았으므로, 이에 대한 인정이자를 익금산입하고, 업무무관가지급금으로 보아 지급이자를 손금불산입한다. 2) 원고가 수원시 영통구 F아파트 공사(이하 ‘이 사건 F아파트 공사’라 한다)와 관련하여 E와 시가보다 과다한 11,910백만 원을 용역대금(이하 ‘이 사건 용역대금’이라 한다)으로 하여 업무대행용역계약(이하 ‘이 사건 용역계약’이라 한다)을 체결하고 위 대금을 지급한 것으로 보아 시가초과액을 손금불산입한다.

3 원고가 울트라제일차유동화전문유한회사로부터 인수한 후순위사채를 업무무관가지급금으로 보아 지급이자 손금불산입하는 한편, G 신축공사와 관련하여 주식회사 토투개발에게 화해정산금으로 지급한 금액을 접대비로 보아 한도초과액을 손금불산입하고, 지체상금면제금액을 채무면제익으로 보아 익금산입한다.

나. 피고는 이를 근거로 원고에게, 2011. 3. 1. 2007년 제1기 1,044,610원, 2007년 제2기 5,891,340원, 2008년 제2기 456,181,640원, 2009년 제1기 154,788,080원, 2009년 제2기 227,473,080원의 각...