1. 원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 어업인과 수산물가공업자의 자주적인 협동조직을 바탕으로 그 지위 향상과 경쟁력 강화를 도모함으로써 어업인과 수산물가공업자의 삶의 질을 높이고 국민경제의 균형 있는 발전에 이바지함을 목적으로 수산업협동조합법에 의하여 설립된 비영리법인으로서(수산업협동조합법 제1조, 제4조, 이하 수산업협동조합을 ‘수협’이라고 한다), 조세특례제한법 등에 따라 어민이 어업에 사용하기 위한 석유류로서 부가가치세 등이 면제되는 면세유(이하 ‘면세유’라고 한다)를 공급관리하는 업무를 수행하고 있다.

나. 국세청은 어업용 면세유에 대한 기획점검을 실시한 결과 면세유 부정유통 혐의가 있다고 보고, 2013년 9월경 피고들을 비롯한 전국 세무서장에게 관할 구역 내 소재하는 수협에 대하여 면세유 관리실태 및 부정유통 혐의를 점검한 후 수협이 면세유류 구입카드 등(출고지시서 포함)을 부정발급하거나 잘못 발급한 것이 적발될 경우 해당 수협에 대하여 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라고만 한다) 제106조의2 제11항 등 관련 규정에 따라 감면세액에 대하여 가산세를 추징할 것을 지시하였다.

다. 피고들은 위 국세청 지시에 따라 관할구역 내 어업용 면세유 관리기관인 원고에 대하여 어업용 면세유의 관리부실 여부를 점검하였고, 그 결과 원고가 점검 대상기간 중 해외로 출국한 어민의 명의로 출고지시서(이하 ‘이 사건 출고지시서’라고 한다)를 여러 차례 발급한 사실을 적발하였다. 라.

피고들은 원고의 이 사건 출고지시서 발급행위가 구 조세특례제한법 제106조의2 제11항 제2호(이하 ‘이 사건 가산세 부과 규정’이라 한다)에서...