1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고들의 지위 1) 원고들은 어업인과 수산물가공업자의 자주적인 협동조직을 바탕으로 그 지위 향상과 경쟁력 강화를 도모함으로써 어업인과 수산물가공업자의 삶의 질을 높이고 국민경제의 균형 있는 발전에 이바지함을 목적으로 수산업협동조합법에 의하여 설립된 비영리법인이다(수산업협동조합법 제1조, 제4조, 이하 수산업협동조합을 ‘수협’이라 한다

). 2) 원고들은 조세특례제한법과 농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정(이하 ‘특례규정’이라 한다)에 따라 어민이 어업에 사용하기 위한 석유류로서 부가가치세 등이 면제되는 면세유(이하 ‘면세유’라 한다)를 공급관리하는 업무를 수행하고 있다.

나. 국세청의 면세유 관리실태 점검 지시 및 이 사건 각 행위의 적발 1) 국세청은 어업용 면세유에 대한 기획점검을 실시한 결과 부정 유통 혐의가 있다고 보아, 2013. 9.경 피고들을 비롯한 전국 세무서장에게 관할 구역 내 소재하는 면세유 관리기관인 수협에 대하여 면세유 관리실태 및 부정유통 혐의를 점검한 후 수협이 면세유류 구입카드 등(출고지시서 포함)을 부정발급하거나 잘못 발급한 것이 적발될 경우 해당 수협에 대하여 조세특례제한법 제106조의2 제11항 등 관련 규정에 따라 감면세액에 대하여 가산세를 추징할 것을 지시하였다. 2) 국세청이 각 일선 세무서장에게 지시한 구체적인 점검방법 및 유형별 조치현황은 아래 표 기재와 같다.

점검 대상년도 : 2008. 1. 1. ~ 2012. 12. 31. 유형별 처리요령 폐선박이 공급받은 석유류 - 폐선박은 수협이 관할 지방자치단체 또는 선박안전기술공단 등에 조회하거나, 출고지시서 발급 및 면세유를...