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제주지방법원 2018.07.11 2015구합5614
부가가치세등부과처분취소
주문

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

이유

1. 처분의 경위

가. 원고들은 어업인과 수산물가공업자의 자주적인 협동조직을 바탕으로 그 지위 향상과 경쟁력 강화를 도모함으로써 어업인과 수산물가공업자의 삶의 질을 높이고 국민경제의 균형 있는 발전에 이바지함을 목적으로 H협동조합법에 의하여 설립된 비영리법인으로서(H협동조합법 제1조, 제4조, 이하 H협동조합을 ‘H협’이라 한다), 조세특례제한법 등에 따라 어민이 어업에 사용하기 위한 석유류로서 부가가치세 등이 면제되는 면세유(이하 ‘면세유’라 한다)를 공급관리하는 업무를 수행하고 있다.

나. 국세청은 어업용 면세유에 대한 기획점검을 실시한 결과 면세유 부정유통 혐의가 있다고 보고, 2013년 9월경 피고를 비롯한 전국 세무서장에게 관할 구역 내 소재하는 H협에 대하여 면세유 관리실태 및 부정유통 혐의를 점검한 후 H협이 면세유류 구입카드 또는 출고지시서(이하 ‘면세유류 구입카드 등’이라 한다)를 부정발급하거나 잘못 발급한 것이 적발될 경우 해당 H협에 대하여 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조의2 제11항 등 관련 규정에 따라 감면세액에 대하여 가산세를 추징할 것을 지시하였다.

다. 이에 따라 피고는 2013. 9. 16.부터 2013. 12. 4.까지 사이에 어업용 면세유 부정유통혐의자료 처리계획에 따라 원고들의 어민들에 대한 어업용 면세유류의 공급관리에 대한 점검(대상년도: 2008. 1. 1.~2012. 12. 31.)을 실시한 결과, 원고들이 해외에 출국하였거나 사망한 어민에게 출고지시서를 발급하고, 폐선에 대하여 출고지시서를 발급한 사실을 확인하였는데, 그 내역은 다음과 같다.

E D A A G B F C

라. 이후 피고는 면세유류 구입카드 등의 발급에 관리부실이 있다는...

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