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주문
1. 이 사건 소 중 피고 통영시장이 2016. 9. 5. 한 취득세 무신고가산세 2,391,358,650원의 부과처분,...
이유
1. 처분의 경위
가. 원고가 성동조선해양 주식회사의 과점주주가 된 경위 등 1) 원고는 대외 경제협력에 필요한 금융을 제공하기 위하여 한국수출입은행법에 의하여 설립된 특수금융기관이다. 원고는 성동조선해양 주식회사(이하 ‘성동조선’이라 한다
)에 대출을 실시하였으나, 성동조선이 대출금을 제대로 상환하지 못하자, 원고와 성동조선의 채권자들인 금융기관들은 2010. 3. 31. 채권금융기관협의회를 결성하여 성동조선과 경영정상화를 위한 이행약정을 체결하였다. 2) 원고는 성동조선에 대한 경영정상화의 일환으로 2014. 5. 28. 성동조선에 대한 대출금 7,670억 원 상당을 출자전환하여 성동조선의 발행주식 95,687,632주 중 76,794,100주(80.25%)를 소유하게 되었고, 이에 따라 원고는 구 지방세법(2015. 12. 29. 법률 제13636호로 개정되기 전의 것) 제7조 제5항에서 정한 성동조선의 과점주주가 되었다.
3) 원고는 금융기관이 대출금을 출자로 전환하여 과점주주가 된 경우에는 지방세법 제7조 제5항을 적용하지 않는다는 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조세특례제한법’이라 한다
) 제120조 제6항 제2호에 따라 간주취득세를 납부할 의무가 없다고 보고 지방세법 제7조 제5항의 취득세 신고를 하지 않았다. 나. 피고 통영시장의 원고에 대한 과세처분 등 1) 얼마 후 원고는 취득세 자체를 납부할 의무는 없지만, 농어촌특별세는 면제되지 않는다는 것을 알고 기한 후 신고의 방법으로 농어촌특별세를 납부하게 되었는데, 피고들로부터 비록 원고가 취득세를 납부하지 않아도 되지만 취득세 신고 자체는 면제되지 않는다는 안내를 받았고, 가산세 부담을 줄이기 위하여 일단 취득세 무신고가산세도 납부한 후에...