지방세법 제106조 제2항 은 “국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납( 사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조 제3호 의 규정에 의한 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다.”고 규정하고 있는바, 1 국가·지방자치단체·지방자치단체조합(이하 ‘국가 등’이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(이하 ‘기부채납 등’이라 한다)을 조건으로 부동산을 취득한 법인의 과점주주가 되어 그 부동산을 취득한 것으로 간주되더라도 과점주주로 된 자가 그 기부채납 등의 효력을 부인할 수 없고, 따라서 그 부동산을 여전히 최종적으로 국가 등에 귀속될 것인 점, 2 과점주주가 당해 법인으로부터 실제로 그 부동산을 취득하는 경우에는 종전 기부채납계약을 승계하거나 새로이 국가 등과 기부채납계약을 체결함으로써 지방세법 제106조 제2항 의 적용을 받을 수 있는데, 이와 실질적으로 동일하다고 보아 과세하는 간주취득에 있어서는 기부채납 등의 효과를 그대로 받음에도 취득세가 부과된다면 형평에 반할 뿐만 아니라 지방세법 제106조 의 입법 취지에도 부합하지 아니하는 점 등을 고려할 때, 국가 등에 기부채납 등을 조건으로 취득세가 비과세된 부동산을 보유한 법인의 과점주주가 됨으로써 그 부동산을 취득한 것으로 간주되는 경우에는 그 과점주주가 기부채납 등의 효력을 부인할 수 없는 이상 그 간주취득 역시 지방세법 제106조 제2항 소정의 국가 등에 기부채납 등을 조건으로 취득한 경우에 해당한다.

국가 등에 기부채납 등을 조건으로 취득하여 취득세가 비과세된 부동산을 보유한 법인의 과점주주가 됨으로써 그 부동산을 취득한 것으로 간주되는 경우, 과점주주의 간주취득도 구 지방세법 제106조 제2항 에서 정한 ‘국가 등에 기부채납 등을 조건으로 취득한 경우’에 해당하는지 여부(적극)

구 지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것) 제105조 제6항 (현행 제7조 제5항 참조), 제106조 제2항 (현행 제9조 제2항 참조), 구 지방세법(2006. 9. 1. 법률 제7972호로 개정되기 전의 것) 제105조 제6항 (현행 제7조 제5항 참조)

대한통운 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 담당변호사 한위수 외 3인)

군포시장 외 1인 (소송대리인 변호사 김현병)

서울고법 2009. 10. 22. 선고 2009누11333 판결

상고를 모두 기각한다. 상고비용은 피고들이 부담한다.

상고이유를 판단한다.

1. (1) 지방세법 제105조 제6항 은 “법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다. 다만 법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 그러하지 아니하다.”고 규정하여 과점주주의 이른바 간주취득이 취득세의 부과대상임을 밝히고 있다.

그렇지만 위와 같은 과점주주의 간주취득도 지방세법 기타 법령의 규정에 의하여 취득세 비과세 또는 감면요건에 해당하게 되면 취득세가 당연히 비과세 또는 감면되며, 그러한 법리는 2005. 12. 31. 지방세법의 개정으로 구 지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것) 제105조 제6항 단서 중 “과점주주에 대한 취득세 납세의무성립일 현재 이 법 및 기타 법령에 의하여 취득세가 비과세·감면되는 부분에 대하여는 그러하지 아니하다.”는 부분이 삭제되었다고 하여 달라지지 아니한다.

(2) 한편 지방세법 제106조 제2항 은 “국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납( 「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조 제3호 의 규정에 의한 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다.”고 규정하고 있는바, ① 국가·지방자치단체·지방자치단체조합(이하 ‘국가 등’이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(이하 ‘기부채납 등’이라 한다)을 조건으로 부동산을 취득한 법인의 과점주주가 되어 그 부동산을 취득한 것으로 간주되더라도 과점주주로 된 자가 그 기부채납 등의 효력을 부인할 수 없고, 따라서 그 부동산을 여전히 최종적으로 국가 등에 귀속될 것인 점, ② 과점주주가 당해 법인으로부터 실제로 그 부동산을 취득하는 경우에는 종전 기부채납계약을 승계하거나 새로이 국가 등과 기부채납계약을 체결함으로써 지방세법 제106조 제2항 의 적용을 받을 수 있는데, 이와 실질적으로 동일하다고 보아 과세하는 간주취득에 있어서는 기부채납 등의 효과를 그대로 받음에도 취득세가 부과된다면 형평에 반할 뿐만 아니라 지방세법 제106조 의 입법 취지에도 부합하지 아니하는 점 등을 고려할 때, 국가 등에 기부채납 등을 조건으로 취득하여 취득세가 비과세된 부동산을 보유한 법인의 과점주주가 됨으로써 그 부동산을 취득한 것으로 간주되는 경우에는 그 과점주주가 기부채납 등의 효력을 부인할 수 없는 이상 그 간주취득 역시 지방세법 제106조 제2항 소정의 국가 등에 기부채납 등을 조건으로 취득한 경우에 해당한다고 봄이 상당하다.

2. 같은 취지에서 원심이, 한국복합물류 주식회사(이하 ‘한국물류’라 한다)는 30년 후에 국가에 기부채납하는 조건으로 군포시와 양산시에 각각 복합물류터미널 건물 및 구축물(이하 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다)을 신축함으로써 지방세법 제106조 제2항 에 따라 취득세가 부과되지 아니한 사실, 원고가 2008. 8. 14. 한국물류의 총 발행주식 9,897,352주 중 8,392,622주(약 84.8%)를 보유하게 되어 한국물류의 과점주주가 된 사실, 원고가 2008. 9. 16. 피고들에게 이 사건 각 부동산 중 원고의 지분비율(약 84.8%)에 해당하는 부분에 대한 취득세와 그에 따른 농어촌특별세를 각 신고·납부한 사실을 인정한 다음, 한국물류의 과점주주가 된 원고가 이 사건 각 부동산 기부채납의 효력을 부인할 수 없는 이상 원고의 이 사건 각 부동산에 대한 간주취득도 국가에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득한 경우에 해당하므로 지방세법 제106조 제2항 에 따라 취득세가 부과되지 아니한다고 판단한 것은 정당하고, 거기에 지방세법 제105조 제6항 , 제106조 제2항 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.

3. 그러므로 상고를 모두 기각하고, 상고비용은 패소자들이 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 이홍훈(재판장) 김능환 민일영(주심) 이인복