1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2013. 3. 2. 금융업을 영위하는 회사 또는 금융업의 영위와 밀접한 관련이 있는 회사의 지배 내지 경영관리 등을 목적으로 농업협동조합중앙회에서 분할되어 신설된 법인으로, 금융지주회사법 제2조 제1항 제1호상의 ‘금융지주회사’이다.

나. 원고는 2014. 4. 14. 우리금융지주 주식회사 및 Aviva International Holdings Limited(이하 위 각 법인을 합하여 ‘매도인’이라 한다)로부터 우리아비바생명 주식회사(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)의 주식 14,573,773주(발행주식 총수의 98.89%, 이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 매수하기로 하는 계약을 체결하였고, 2014. 6. 5. 금융위원회로부터 금융지주회사법 제16조 제1항에 따라 이 사건 법인에 대한 자회사 편입 승인을 받았으며, 2014. 6. 27. 매도인에게 이 사건 주식의 매매대금을 완납하고 위 주식을 취득하였다.

다. 원고는 이 사건 주식의 취득으로 이 사건 법인의 과점주주가 됨으로써 구 지방세법(2015. 12. 29. 법률 제13636호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라 한다) 제7조 제5항에 따른 취득세(이하 ‘간주취득세’라 한다) 과세요

건을 충족하게 되었고, 이에 원고는 2014. 8. 26. 피고에게 이 사건 법인이 소유한 취득세 과세대상 물건의 장부가액에 이 사건 법인이 발행한 주식 총수에서 이 사건 주식이 차지하는 비율(98.89%)을 곱한 2,796,721,395원을 과세표준으로 하여 산출한 간주취득세 55,934,420원 및 농어촌특별세 5,593,440원을 신고ㆍ납부하였다. 라.

이후 원고는 2015. 3. 20. 피고에게 원고가 이 사건 주식을 취득하여 이 사건 법인의 과점주주가 된 것이 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제120조 제6항...