1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2012. 2. 3. A로부터 안산시 단원구 B 대 2,921.5㎡ 중 600/2921.5 지분(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 및 그 지상 건물 2개동[① 가동 702㎡(1층 234㎡, 2층 234㎡, 3층 234㎡, 이하 ‘이 사건 가동 건물’이라 한다

), ② 나동 108㎡]을 매매대금 2,108,076,420원(이 사건 토지 2,058,696,459원, 위 건물 49,379,961원)에 취득한 후 지방세특례제한법 제38조 제1항에 의하여 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 피고에게 취득세 등 감면신청을 하여 이를 면제받았다.

나. 피고는 2013. 2. 28. 위 부동산에 현지 출장한 결과, 임차인 C가 이 사건 가동 1층에서 ‘D’라는 상호로 휴게음식점(커피전문점) 영업을 하고 있고, 이 사건 가동 2, 3층은 공실로 의료업에 사용하고 있지 않은 것으로 확인하였다.

다. 원고는 이 사건 가동 2, 3층은 방치한 것이 아니라 의료기 보관창고였는데 리모델링 준비로 잠시 비워둔 것이라며, 2013. 3. 4. 피고에게 이 사건 가동 1층에 관한 취득세 1,156,210원, 지방교육세 115,610원, 농어촌특별세 57,800원만을 신고납부하였다. 라.

피고는 이 사건 가동 건물과 그 부속토지의 경우 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년 이내에 의료업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아, 2013. 4. 10. 원고에게 이 사건 가동 2, 3층과 이 사건 토지 중 이 사건 가동 건물 부지(252㎡)에 관하여 취득세 43,451,330원, 지방교육세 3,979,490원, 농어촌특별세 1,806,940원(각 가산세 포함)을 부과하였다

(이하 ‘이 사건 당초처분’이라 한다). 마.

원고는 이 사건 당초처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2013. 12. 24. 기각되었다.

바. 피고는 2014. 6. 27. 원고에게 이 사건 당초처분에 계산상 오류가 있었다며 이 사건...