감심 2015 377(2015.07.23)

이 사건 토지는 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하지 않았을 뿐만 아니라 비사업용토지에 해당됨

이 사건 토지는 법인에서 묘지로 사용하고 있었으나 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 것이고 현황상 묘지일 뿐 아니라 지적공부상으로도 묘지에 해당하여야 함으로 지적공부상 임야인 이 사건 토지는 비사업용토지에 해당함

청주지방법원 2015구합11948 법인세부과처분취소

00교회

00세무서장

2015.12.17.

2016.01.14.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2015. 2. 5. 원고에 대하여 한 법인세 497,654,010원의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 예배, 전도, 교육, 봉사, 친교를 통한 종교행위를 목적으로 설립된 비법인 사단으로, 1987. 2. 14. 00시 00구 00면 00리 산00-0 임야 6,713㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다)를 증여를 원인으로 취득한 후 그 일부 지상에 묘지를 조성하여 사용하다가 2013. 4. 30. 소외 박00 외 1인에게 이 사건 토지를 855,500,000원에 양도하였다.

나. 원고는, 원고가 이 사건 토지를 원고 소속 교회재직자와 신도들의 매장을 위한 묘지로 사용함으로써 원고의 고유목적사업에 직접 사용하였다고 보아 피고에게 이 사건 토지의 양도소득에 대한 법인세를 신고‧납부하지 않았다.

다. 그러나 피고는 2015. 2. 5. 원고에 대하여, 원고가 이 사건 토지를 처분일 현재3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하지 않았을 뿐만 아니라 이 사건 토지가 구 법인세법(2014. 1. 1. 법률 제12166호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제55조의2 제1항 제3호에서 정하는 비사업용토지에 해당한다고 보아 이 사건 토지의 양도소득과 관련하여 법인세 497,654,010원의 부과처분(구 법인세법 제55조의2에 따른 법인세 314,112,010원 포함)을 하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2014. 12. 15. 피고에게 과세적부심사청구를 하였으나, 위 청구는 2015. 1. 29. 기각되었고, 이후 2015. 4. 13. 감사원에 심사청구를 하였으나, 위 청구는 2015. 7. 23. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고가 이 사건 토지를 신도들을 위한 묘지로 사용할 목적으로 취득하였고, 이후 실제 이 사건 토지를 묘지로 사용한 점, 원고가 교회 묘지를 관리‧운영하는 것은 교회 의식에 대한 장례절차의 수행 등을 통하여 기독교 정신에 따른 영생과 부활을 예비함은 물론이고, 신도들에게 이러한 내용을 각인시키고 알리며, 교인들에게 저렴한 비용으로 교회묘지를 사용할 수 있는 특혜를 줌으로써 교인들을 많이 확보할 수 있는 전교에 그 본질적인 목적이 있는 점, 원고가 이 사건 토지를 묘지로 사용함에 있어 구매장 및 묘지 등에 관한 법률(이하 '구 묘지법'이라 한다) 내지 장사 등에 관한 법률(이하 '장사법'이라 한다) 소정의 사설묘지설치허가를 받지 않기는 하였으나 원고가 묘지관리규칙을 정하고 그에 따라 묘지를 운영함으로써 오히려 사설묘지설치허가로 인하여 달성하려는 구 묘지법 내지 장사법의 입법취지에 부합하였는바, 이를 불법사용에 해당한다고 할 것은 아닌 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 토지는 구 법인세법 제3조 제3항 제5호, 구 법인세법 시행령(2013. 11. 5. 대통령령 제24824호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제2항이 정하는 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산에 해당한다고 봄이 상당하므로, 피고의 이 사건 처분 중 구 법인세법 제55조의2에 따른 법인세 314,112,010원 부과처분을 제외한 부분은 위법하다.

2) 이 사건 토지는 원고가 재산증식이나 투기의 수단으로 취득‧양도한 것이 아닌 점, 이 사건 토지는 구 법인세법 제55조의2 제2항 제2호 다.목, 제4호 가.목, 구 법인세법 시행령 제92조의6 제5호가 정하는 비사업용 토지에 해당하는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 토지의 양도소득에 대하여 구 법인세법 제55조의2가 정하는 토지 등 양도소득에 대한 과세특례가 적용된다고 할 수 없으므로, 이를 전제로 한 피고의 이 사건 처분 중 구 법인세법 제55조의2에 의한 314,112,010원 부과처분 부분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 토지를 고유목적사업에 직접 사용한 것인지 여부

구 법인세법 제3조 제3항 제5호는, 비영리내국법인의 과세대상이 되는 사업소득 중 하나로 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 원칙적인 과세대상으로 정하되, 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 예외적인 비과세대상으로 삼고 있다. 이에 관하여 구 법인세법 시행령 제2조 제2항은 '해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 자산'일 경우 그 처분수입을 비과세대상으로 하도록 규정하고 있다. 이 사건에 관하여 보건대, 갑 제7, 8, 9, 15호증, 을 제2호증의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 보태어 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 법령이나 원고의 정관은 묘지의 설치 및 관리‧운영 사업(이하 '묘지 사업'이라 한다)을 원고의 목적사업으로 정하고 있지 아니한 점, ② 원고가 정하고 있는 서남교회 묘지관리규칙에 의하면, 원고는 2000년경까지는 묘지의 사용과 관련하여 사용료라는 항목을 별도로 정하여 이를 이용자로부터 징수하였고, 이후부터는 묘지사용 감사헌금 내지 찬조금의 명목으로 그 사용 대가를 징수하였는바, 원고의 묘지 사업이 온전히 교인들에 대한 전교의 수단이었다고 단정할 수 없을 뿐만 아니라 묘지 사업이 종교의 전도와 직접적인 관련이 있다고 보기 어려운 점, ③ 이 사건 토지 중 묘지로 사용되는 부분 외의 토지는 임야 등 상태 그대로 방치되어 있는 것으로 보이는바, 이 사건 토지 전부를 원고가 자신의 사업과 관련하여 사용하였다고 할 수도 없는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 토지가 원고의 고유목적사업에 직접적으로 사용된 것이라고 인정할 수 없다. 또한 구 법인세법 제3조 제3항 제5호, 구 법인세법 시행령 제2조 제2항이 정하고 있는 '사용'이란 법인의 목적사업을 전제로 그 적법한 수행을 뜻하는 것이므로, 그 과정에서 행정법규상의 절차의 지연 등이 있으나 시정이 가능한 경우라든가 본래의 목적에 사용하기 위한 준비작업 중 임시로 다른 업무용에 공하고 있는 동안 사소한 행정법규의 위반이 있다는 등의 경우에까지 위 사용에 해당하지 않는다고는 할 수 없지만, 토지의 용도에 관한 법적 규제에 위반하거나 건축허가 신청조차 없이 무단으로 건축하여 언제든지 철거 또는 시정명령의 대상이 되는 불법적 사용의 경우까지 여기에서 말하는 사용에 해당한다고 할 수는 없는 것이고(대법원 1997. 11. 14. 선고 97누7936판결 참조), 면세요건에 대한 입증책임은 이를 주장하는 자에게 있는 것이므로, 부동산을 사용함에 있어 행정법규의 위반이 있는 경우 그것이 일시적이고도 사소한 행정법규 위반에 해당한다는 점은 원고가 이를 입증하여야 할 것인데, 원고가 제출한 증거만으로는 원고가 이 사건 토지를 묘지로 사용함에 있어 구 묘지법 내지 장사법 소정의 사설묘지설치허가를 받았다거나 그 허가를 받지 아니한 위법이 일시적이고도 사소한 행정법규 위반에 해당한다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이러한 점에 비추어 보더라도 이 사건 토지가 구 법인세법 제3조 제3항 제5호, 구 법인세법시행령 제2조 제2항이 정하는 '고유목적사업에 직접 사용된 고정자산'에 해당한다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

2) 이 사건 토지가 구 법인세법 제55조의2가 정하는 비사업용 토지에 해당하는지 여부

구 법인세법 제55조의2 제1항 제3호는 내국법인이 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 원칙적으로 100분의 30을 곱하여 산출한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세액에 추가하여 납부하도록 규정하고, 제2항에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다고 규정하면서 제2호에서 임야를 원칙적으로 비사업용 토지로 정하는 한편, 예외적으로 '토지의 소유자・소재지・이용상황・보유기간 및 면적 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령으로 정하는 것'을 비사업용 토지에서 제외되는 것으로 규정하고 있다. 그리고 그 위임에 따라 구 법인세법 시행령 제92조의6 제4항 제5호는 '제사・종교・자선・학술・기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 지방세법 시행령 제22조에 따른 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 임야'를 규정하고 있으며, 구 지방세법 시행령(2014. 1. 1. 대통령령 제25058호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제22조 제1호에 의하면, 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체를 비영리사업자로 규정하고 있다. 한편, 구 법인세법 시행령 제92조의4는 '법 제55조의2 제2항의 규정을 적용함에 있어서 농지・임야・목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다'고 규정하고 있고, 농지・임야・목장용지 외의 토지에 관하여 구 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 가.목은 지방세법이나 관계법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지는 비사업용 토지에서 제외되도록 규정하고 있다. 이 사건을 위 법령에 비추어 보건대, 비사업용 토지 제외사유 중 어느 경우에도 해당하지 아니하는 경우 해당 토지는 비사업용 토지로 보아야 하고, 이 사건 토지는 지적공부상 임야이나 그 일부 지상에 묘지를 설치‧운영함으로써 그 일부는 사실상의 현황이 묘지에 해당하므로, 이하에서는 이 사건 토지가 구 법인세법 제55조의2 제2항 제2호 다.목이나 같은 항 제4호 가.목이 정하는 비사업용 토지 제외사유에 해당하는지를 보기로 한다. 우선, 이 사건 토지가 구 법인세법 제55조의2 제2항 제2호 다.목이 정하는 제외사유에 해당하는지를 보건대, 앞서 2. 다. 1)항에서 본 바와 같이 원고가 이 사건 토지를 원고의 고유목적사업에 직접 사용하였다고 할 수 없으므로, 이 사건 토지는 구법인세법 제55조의2 제2항 제2호 다.목이 정하는 제외사유에 해당하지 않는다. 나아가 이 사건 토지가 구 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 가.목의 제외사유에 해당하는지에 관하여 보건대, 지방세법 제109조는 용도구분에 의한 재산세 비과세에 관하여 '다음 각 호에 규정하는 재산(제13조 제5항에 따른 과세대상은 제외한다)에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 당해 재산이유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 당해 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 그러하지 아니하다'고 규정하면서 그 제1호에서 '대통령령이 정하는 도로・하천・제방・구거・유지 및 묘지'를 들고 있고, 구 지방세법 시행령 제108조 제1항 제6호는 위 대통령령이 정하는 묘지에 관하여 무덤과 이에 접속된 부속시설물의 부지로 사용되는 토지로서 지적공부상 지목이 묘지인 토지'라고 규정하고 있다. 그렇다면 지방세법상 재산세가 비과세되는 묘지는 현황상 묘지일 뿐만 아니라 지적공부 상으로도 묘지인 토지라고 보아야 할 것인데(대법원 2010.11.25. 선고 2009두14613 판결 참조), 이 사건 토지는 지적공부상 임야일뿐만 아니라 이 사건 토지 중 상당 부분은 여전히 그 현황 역시 임야의 상태로 존재하고 있는바, 이 사건 토지는 구 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 가.목이 정하는 제외 사유에도 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 토지가 비사업용 토지의 제외사유에 해당한다는 원고의 주장은 이유 없다.

3) 소결

원고가 이 사건 토지를 고유목적사업에 직접 사용하지 않았고, 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당한다는 이유로 이루어진 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

(별지)

관계 법령

▣ 구 법인세법(2014. 1. 1. 법률 제12166호로 개정되기 전의 것)

제3조(과세소득의 범위)

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지 등 양도소득

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 수익사업 이라한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

제13조(과세표준)

내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정・경정되거나, 「국세기본법」 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다.

2. 이 법 및 다른 법률에 따른 비과세소득

3. 이 법 및 다른 법률에 따른 소득공제액

제55조(세율)

① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 제13조에 따른 과세표준에 다음 표의 세율을 적용하여 계산한 금액(제55조의2에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인세액이 있으면 이를 합한 금액으로 한다. 이하 산출세액 이라 한다)을 그 세액으로 한다.

과세표준 세율

2억 원 이하 과세표준의 100분의 10

2억 원 초과 200억 원 이하 2천만 원 + (2억 원을 초과하는 금액의 100분의 20)

200억 원 초과 39억 8천만 원 + (200억 원을 초과하는 금액의 100분의 22)

제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례)

① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 토지 등 이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각호에 따라 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서 비사업용 토지 란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다.

다. 토지의 소유자・소재지・이용상황・보유기간 및 면적 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령으로 정하는 것

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

가. 「지방세법」이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

▣ 구 법인세법 시행령(2013. 11. 5. 대통령령 제24824호로 개정되기 전의 것)

제2조(수익사업의 범위)

② 법 제3조 제3항 제5호에서 대통령령으로 정하는 것 이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지・관리 등을 위한 관람료・입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

제92조의4(토지지목의 판정)

법 제55조의2 제2항의 규정을 적용함에 있어서 농지・임야・목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다.

제92조의6(임야의 범위 등)

④ 법 제55조의2 제2항 제2호 다목에서 대통령령으로 정하는 것 이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

5. 제사・종교・자선・학술・기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 「지방세법 시행령」 제22조에 따른 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 임야

7. 그 밖에 토지의 소유자, 소재지, 이용상황, 소유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무에 직접 관련이 있는 임야로서 기획재정부령이 정하는 임야

▣ 지방세법

제109조(비과세)

③ 다음 각 호에 따른 재산(제13조 제5항에 따른 과세대상은 제외한다)에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이유료로 사용되는 경우의 그 재산(제3호 및 제5호의 재산은 제외한다) 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 재산세를 부과한다.

1. 대통령령으로 정하는 도로・하천・제방・구거・유지 및 묘지

▣ 구 지방세법 시행령(2014. 1. 1. 대통령령 제25058호로 개정되기 전의 것)

제22조(비영리사업자의 범위)

법 제11조 제1항 제2호 단서에서 대통령령으로 정하는 비영리사업자 란 각각 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체

제108조(비과세)

① 법 제109조 제3항 제1호에서 대통령령으로 정하는 도로・하천・제방・구거・유지 및 묘지 란 다음 각 호에서 정하는 토지를 말한다.

6. 묘지: 무덤과 이에 접속된 부속시설물의 부지로 사용되는 토지로서 지적공부상 지목이 묘지인 토지