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주문
1. 피고가 2011. 9. 1. 원고에 대하여 한 2010년 제1기 부가가치세 230,434,550원 및 2010년 제2기...
이유
1. 처분의 경위
가. 원고는 전자상거래업을 주업으로 하는 법인으로, 2010년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간 중 ① 주식회사 중소기업유통센터(이하 ‘중소기업유통센터’라고 한다)로부터 공급가액 합계 15,901,286,279원의 매입세금계산서 17매를 교부받고, ② 주식회사 A, 주식회사 B 및 주식회사 C(이하 위 각 회사들을 개별적으로 칭할 경우 앞의 ‘주식회사’를 생략하고, 위 회사들을 합하여 칭할 경우 ‘D’라고 한다)에게 공급가액 합계 13,298,176,216원의 매출세금계산서 16매를 교부하였다.
나. 원고는 이를 기초로 해당 과세기간의 부가가치세를 신고하였는데, 다만 중소기업유통센터로부터 거래가 발생하지 아니하였다는 통보를 받고 위 매입세금계산서 중 2010. 10. 31. 중소기업유통센터로부터 교부받은 공급가액 합계 2,616,394,954원의 세금계산서 2매는 폐기하였고, 이를 부가가치세 신고대상에서 제외하였다.
다. 서울지방국세청장은 2011. 5. 17.부터 2011. 8. 24.까지 원고 및 관련 업체 등에 대한 세무조사를 실시하여 원고가 수수한 이 사건 세금계산서가 모두 가공세금계산서라고 보고 이를 피고에게 통보하였다. 라.
이에 피고는 신고된 매출세금계산서의 매출세액을 감액하고 매입세금계산서의 매입세액을 불공제한 뒤(이로써 환급세액이 발생하였다), 구 부가가치세법(2010. 12. 27. 법률 제10409호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제22조 제3항에 따라 원고가 수수한 위 각 세금계산서(원고가 폐기하여 신고하지 아니한 세금계산서 포함)에 대하여 세금계산서불성실가산세를 가산하여 2011. 9. 1. 원고에게 주문 기재와 같이 부가가치세(가산세)를 부과하였다
따라서 위 부가가치세는 가산세로만 이루어져 있다.
이하 이를 '이 사건...