특수관계자에게 업무와 관련 없이 자금을 대여한 것이고, 일부 사업연도는 중복조사에 해당됨

교환사채를 매입한 것은 경제적인 합리성을 일탈하여 특수관계자에게 업무와 관련 없이 자금을 지원한 것으로서 원고의 사주가 원고의 경영권을 승계하도록 하기 위한 변칙거래라고 할 것이고, 제2차 세무조사 중 제1차 세무조사의 세목과 기간이 중첩되는 사업연도 부분은 중복조사에 해당됨

2008구합1810 법인세부과처분취소

XXXXXX 주식회사

OO세무서장

2009.9.2.

2009.10.28.

1. 피고가 2006. 8. 16. 원고에 대하여 한 2001사업연도 법인세 1,742,751,460원의 부과처분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 이를 3분하여 그 1은 피고가, 나머지는 원고가 각 부담한다.

피고가 원고에 대하여, 2006. 8. 16.자로 한 2001사업연도 법인세 1,742,751,460원, 2002사업연도 법인세 1,599,566,420원, 2003사업연도 법인세 765,349,120원의, 2006. 6. 1.자로 한 2004사업연도 법인세 257,216,860원의 각 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 서울지방국세청장은 2005. 10. 27.부터 2006. 3. 17.까지 XX산업 주식회사(이하 'XX산업'이라고 한다)에 대한 주식변동조사를 실시한 결과, 원고가 특수관계법인인 XX산업이 보유한 원고의 주식 1,800,000주(이하 '이 사건 주식'이라고 한다)를 취득하기 위하여 2001. 6. 7. XX산업이 발행한 교환사채(발행가액 540억 원, 주당 30,000원, 교환주식: 이 사건 주식 이하 '이 사건 교환사채'라고 한다)를 연 단리 8%의 이자율로 인수한 것은 특수관계자에게 업무와 관련 없이 자금을 대여한 것이라고 보고, 인수자금 관련 차입금의 지급이자 9,488,351,596원을 손금부인함과 동시에 특수관계자에게 금전을 대여하면서 인정이자율보다 부당하게 낮은 이자율로 대여하여 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 보아 인정이자 1,852,183,562원을 익금산업하고 피고에게 과세자료로 통보하였다.

나. 피고는 위 과세자료 통보에 따라 원고에게, 2006. 6. 1.자로 2001사업연도 법인세 2,155,235,480원, 2002사업 연도 법인세 1,679,447,360원, 2003사업 연도 법인세 799,170, 180원, 2004사업연도 법인세 257,216,860원을 각 경정 ・ 고지하였다.

다. 그 후 피고는 2006. 8. 16.자로 다른 사유(2001 내지 2003사업연도에서 특수관계

법인의 은행대출금 담보로 제공한 정기예금 등에 대한 가지급금 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산업, 2002사업연도에서 자산 계상 접대비로 인한 한도초과액 손금불 산입, 2003사업연도에서 연도말 도시가스 검침분에 대한 수입금액 신고누락액 익금산 입 및 수입금액 증가로 인한 접대비 한도액 재계산으로 과다부인액 손금산입, 이하 원고는 위 사유로 인한 각 사업연도 법인세 증액경정부분을 다투지 아니함)에 의해 2001 사업연도 법인세 160,907,025원, 2002사업연도 법인세 1,018,877,280원, 2003사업연도 법인세 1,236,830,869원을 각 증액경정 ・ 고지하였다가, 2006. 8. 31.자로 손금부인하였던 이 사건 교환사채 인수자금 관련 차입금의 지급이자액을 일부 감액하여 2001사업 연도 법인세 412,484,010원, 2002사업연도 법인세 79,880,930원, 2003사업연도 법인세 33,821,050원을 각 감액경정 ・ 고지하였다(위와 같이 증액되었다가 감액되고 남은 2001, 2002, 2003 사업연도 각 법인세 중 원고가 다투는 2001사업연도 법인세 1,742,751,460 원, 2002사업 연도 법인세 1,599,566,420원, 2003사업 연도 법인세 765,349,120원 및 2004사업연도 법인세 257,216,860원의 각 부과처분을 '이 사건 처분'이라고 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2006. 9. 11. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판 원은 2008. 4. 25. 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장

㈎ 이 사건 교환사채의 취득은 주식을 취득할 수 있는 권리를 취득한 것이고 이를 두고 법인의 업무와 관련없는 자금의 대여액으로 볼 수 없으므로, 이를 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

㈏ 대구지방국세청은 2002. 4.부터 같은 해 5.까지 원고의 1999사업연도에 대한 법 인세 세무조사를 하면서 2001사업연도의 이 사건 교환사채의 취득에 대하여도 조사를 하였고, 2002. 9. 14. 국세청 본청 감사관실에서 북대구세무서 감사시에도 위 쟁점이 다시 검토되었으나 정당한 것으로 인정되었는데, 그 후 2005.경 서울지방국세청에서 XX그룹에 대한 주식변동조사를 하면서 이 사건 교환사채의 취득에 대하여 다시 조사 를 하고 이 사건 처분을 하였는바, 이는 통일 쟁점에 대한 중복조사이므로 이러한 위 법한 중복조사에 기초하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 피고의 주장

㈎ 원고가 특수관계법인인 XX산업이 발행한 이 사건 교환사채를 매입한 것은 원고의 사주인 김AA이 원고의 경영권 승계를 위한 업무와 관련없는 변칙적인 자금대여에 해당하는 것이고, 부당행위계산부인 대상이 되므로, 이를 전제로 한 이 사건 처분은 적법하다.

㈏ 2002년 대구지방국세청에서 실시한 조사는 원고의 1999사업연도에 대한 법인제세 통합조사를 한 것이고, 2005년 서울지방국세청에서는 XX그룹에 대한 주식변동조사를 한 것으로서 같은 조사대상이 아니고, 이 사건 쟁점에 대하여 2003년 서울지방국세청에서 SS도시가스 주식회사에 대하여 법인세를 부과하여 완납한 점, 2004. 7.경 XX그룹의 2002년도분 주식이동조사를 하면서 특수관계자 사이에 이루어진 이 사건 교환사채인수자료를 인터넷관련 사이트에서 획득하여 조세탈루 혐의에 대하여 서면검토가 이루어진 점 서울지방국세청장의 주식이동조사 결과 원고에 대하여 2001사업연도 내지 2004사업연도에 걸쳐 법인세가 부과된 점 등으로 볼 때, 이는 중복조사의 예외적 허용사항인 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 및 2이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우에 해당한다고 할 것이므로, 이 사건 처분은 중복조사금지원칙에 위반한 처분이 아니다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) XX그룹의 창업자인 소외 김BB이 사망하자 XX그룹은 2001. 5. 29. 이사회를 통해 주식회사 XX산업 계열은 김BB의 장남인 소외 김CC가, SS도시가스 주식회사 계열은 차남인 소외 김DD이, 원고 계열은 삼남인 소외 김AA이 각각 맡기로 합의하고, XX그룹과 관련된 경영권 분쟁을 종식시키기로 하였고, 위 합의시 체결한 주식교환거래원칙에 의하면, 김CC는 원고의 주식을 주당 30,000원에 김AA 또는 김AA이 관할하는 법인에 매각하여야 하는 것으로 되어 있다.

(2) 위 합의에 따라 주식회사 XX산업(이하 'XX산업'이라고 한다)은 2001. 6. 7. 한국증권거래소 주권 상장법인인 원고에게 원고의 보통주 180만주(전체발행주식수의 62.9%)와 1:1로 교환할 수 있는 권리가 부여된 액면가 540억 원(주당 교환가액 30,000 원X180만주)의 이 사건 교환사채(당시 한국증권거래소 종가는 주당 17,700원)를 다음과 같은 내용으로 발행하였다. (다음 생략)

(3) 원고는 2001. 6. 7. XX산업으로부터 이 사건 교환사채를 취득한 후인 같은 달 26.경 무기명식 이권부 무보증사채(발행금액: 5백억 원, 이자율: 6%, 기간: 3년)를 공모 형식으로 발행하여 운영자금으로 조달하였다.

(4) 원고는 이 사건 교환사채를 취득한 후 2002. 12. 28. 원고와 특수관계자인 주식회 사 EE케이블TV경기방송 및 FF방송 주식회사에 이 사건 교환사채 중 77만주(취득금액 231억 원)를 240억 원에, 2003. 3. 10. GG조합에 10만주(취득금액 30억 원)를 31억 원에, 2004. 6. 2. HH원 주식회사 등에 93만주(취득금액 279억 원)를 279 억 원에 각 양도하였고, 위 양수인들은 이 사건 교환사채를 주식(주당 31,122원)으로

전환하였다.

(5) SS도시가스 주식회사의 주식 1,840,816주를 보유하고 있던 XX산업은 2001. 6.

7. SS도시가스 주식회사의 보통주를 주당 교환가격 25,000원(당일 종가 16,600원)으 로 하여 교환사채를 발행하고, SS도시가스 주식회사는 위 교환사채를 전액 취득하였는데, SS도시가스 주식회사는 2003. 11.경 실시된 서울지방국세청의 세무조사시 위 거래에 대하여 특수관계법인에 대한 업무무관 대여금이라는 이유로 법인세를 경정 ・ 고지받고 이를 전액 납부하였다.

(6) 대구지방국세청은 2002. 4. 3.부터 2002. 5. 15.까지 사이에 원고에 대하여 원고 의 1999사업연도에 대한 법인제세 통합조사(이하 '제1차 세무조사'라고 한다)를 실시하면서 2001사업연도의 이 사건 교환사채취득거래도 조사하였는데, 이 사건 교환사채의 취득에 관하여는 별다른 문제점을 지적한 바 없이 2002. 5. 21. 2001사업연도에 대한 법인세 과세표준금액 및 세액경정결의가 이루어졌고, 2002. 9. 14. 대구지방국세청 감사관실의 북대구세무서 감사시 원고에게 이 사건 교환사채 취득과 관련한 계약서 사본과 취득경위 및 취득목적 등을 소명하도록 요구한 바 있었으며, 서울지방국세청장은 2005. 10. 27.부터 2006. 3. 17.까지 사이에 XX그룹에 대한 주식변동조사를 하면서 원고에 대하여 원고의 2001사업연도 내지 2004사업연도에 대한 세무조사(이하 '제2차 세무조사'라고 한다)를 실시하고 이 사건 교환사채 취득거래에 관하여 조사하였다.

[인정근거] 앞서 든 증거, 갑 제3, 4, 11, 12, 13호증, 을 제6 내지 24호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 이 사건 교환사채의 취득이 업무무관 대여금이 아니라는 주장에 관하여

㈎ 법인세법 제28조 제1항 제4호 나목, 법인세법시행령 제53조 제1항에서 법인이 특수관계자에게 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 조달 등을 위한 차입금에 대한 이자를 손금으로 산입할 수 없도록 규제하고 있는 것은, 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 조달 등을 위한 차입금에 대하여 지출한 이자는 법인의 수익을 창출하기 위하여 지출한 비용이 아니므로 수익대응성이 없어 세무회계상 이를 손금으로 보기 어려울 뿐 만 아니라, 조세정책적으로도 법인인 기업의 사주가 자신의 개인적인 필요를 위해 기업자금을 무분별하게 유출하여 기업이 부실화되는 것을 막고, 아울러 특수관계에 있는 계열기업들이 업무와 무관하게 상호간에 자금대여 등으로 얽히게 되어 어느 한 기업이 도산할 경우 다른 계열기업이 연쇄도산하거나 부실하게 되는 것을 방지하기 위하여, 즉 재무구조가 취약한 법인이 타인자본에 의존하여 자금을 비생산적으로 활용하는 것 을 규제함으로써 기업의 재무구조를 개선하고 건전한 경제활동을 유도하여 기업의 경 쟁력을 강화하기 위한 취지라고 할 것이므로, 이와 같은 관련규정의 입법취지에 비추 어 볼 때, 위 규정상의 지급이자 손금불산입의 대상기준인 '업무와 관련 없이 지급한 가지급금'에는 순수한 의미의 대여금은 물론 채권의 성질상 대여금에 준하는 것도 포 함되고, 적정한 이자율에 의하여 이자를 받으면서 가지급금을 제공한 경우도 포함된다 고 할 것이며, 가지급금의 업무관련성 여부는 당해 법인의 목적사업이나 영업내용을 기준으로 객관적으로 판단되어야 할 것이고(대법원 2003. 3. 11. 선고 2002두4068 판 결, 1992. 11. 10. 선고 91누8302 판결 등 참조), 한편, 부당행위계산이라 함은 납세자가 정상적인 경제인의 합리적 거래형식에 의하지 아니하고 우회행위, 다단계행위 그 밖의 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세 의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위계산을 말하고, 법인세법 제52조에서 부당행위계 산부인 규정을 둔 취지는 법인과 특수관계에 있는 자와의 거래가 법인세법시행령 제 88조 제1항 각 호에 정한 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되어 조세법적인 측면에서 부당한 것으로 보일 때 과세권자가 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하고자 하는 것인바, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 한다(대법 원 2002. 9. 4. 선고 2001두7268 판결 등 참조).

㈏ 이 사건에 관하여 살피건대, 위 인정사실 및 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 언정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고가 2001. 6. 7. 이 사건 교환사채를 인수한 후 이를 주식과 교환하지 아니하고, 만기일(2004. 6. 7.) 이전인 2002. 12. 28.부터 2004. 6. 2.까지 사이에 원고의 사주인 김AA이 지배하고 있는 주식회사 EE케이블TV경기방송 등에 대부분을 매각한 점,② 원고가 경영권 조정과정에서 주식을 취득할 목적으로 이 사건 교환사채를 형식상 취득하였으나, 이 사건 교환사채 발행일 현재 상장법인인 원고의 주식 종가는 17,700원으로서 이 사건 교환사채의 교환가액 30,000원의 59%밖에 되지 않는 불리한 조건의 사채를 당좌대월이자율(2001년 11%, 2002년 9%)보다 낮은 연 단리 8%의 이자율로 매입한 것은 원고의 사주인 김AA의 경영권을 확보하기 위한 것으로서 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서는 성립하기 어려운 것이고 경제적 합리성을 결여한 거래로 볼 수 있으며, 특수관계자간 교환 사채 취득을 통한 변칙적인 자금지원으로 볼 수 있는 점,③ 원고가 XX산업으로부터 이 사건 교환사채를 취득한 것은 원고의 자산운용이 아닌 원고의 사주 김AA의 경영권 확보가 목적이므로 원고의 업무와 무관하게 교환사채를 취득한 것으로 인정되고 상법 제341조가 금지하고 있는 자기주식취득금지규정을 우회적으로 위반한 것으로 보이 는 점,④ SS도시가스 주식회사의 경우 이 사건 교환사채와 유사한 일자 ・ 조건 ・ 목적 ・ 이자율의 교환사채를 XX산업으로부터 취득한 것에 대하여 과세관청이 업무무관 대여금으로 보아 법인세를 과세하였으나 불복 없이 전액 납부한 것은 원고와 SS도시 가스 주식회사가 특수관계법인인 XX산업이 발행한 교환사채를 취득한 거래가 XX산업에 대한 변칙적인 자금대여임을 입증하는 것이라고 볼 수 있는 점 등에 비추어 보면, 원고가 특수관계법인인 XX산업이 발행한 이 사건 교환사채를 매입한 것은 경제적인 합리성을 일탈하여 특수관계자에게 업무와 관련 없이 자금을 지원한 것으로서 원고의 사주인 김AA이 원고의 경영권을 승계하도록 하기 위한 변칙거래라고 할 것이 다. 따라서, 피고가 이 사건 교환사채를 취득한 것에 대하여 원고가 특수관계자인 XX 산업에 업무와 관련 없이 자금을 대여한 것으로 보아 이 사건 처분을 한 것은 적법하, 이와 다른 원고의 이 부분 주장은 이유가 없다.

(2) 중복조사금지원칙 위반 주장에 관하여

㈎ 중복세무조사 해당 여부

1) 세무조사라 함은 세무공무원이 각 세법에 규정되어 있는 질문검사권 내지 질문 조사권을 행사하여 납세의무자 등에게 직무상의 필요에 따라 질문을 하고 또 관계서류 ・ 장부 기타 물건을 조사하거나 그 제출을 명하는 행위를 의미하고{법인세법 제122조, 조사사무처리규정(국세청 훈령) 제2조 제1호 등 참조}, 국세기본법 제81조의3, 같은 법 시행령 제63조의2 및 조사사무처리규정 제13조에서 규정하고 있는 중복세무조사금 지원칙의 입법취지는 반복적인 세무조사를 허용하게 되면 납세자의 영업의 자유, 프라 이버시를 침해할 뿐만 아니라 과세관청에 의한 자의적인 세무조사의 위험도 있어 과세 관청에 의한 세무조사의 남용을 방지함에 있다.

따라서 관련규정들을 종합하여 보면 국세기본법 제81조의3 제2항 및 같은 법 시행령 제63조의2 각호에 규정된 예외적인 사유에 해당하는 경우가 아니면 중복세무조사는 허용되지 않으며, 세무조사착수 후에도 중복세무조사 사실이 확인되는 경우에는 과세관청은 즉시 조사철회 및 조사반철수 등 필요한 조치를 취하여야 하고(조사사무처리 규정 제13조 제1항), 부분조사가 이루어진 부분에 대하여 전부조사라는 명목으로 다시 조사할 수도 없다고 봄이 상당하다(조사사무처리규정 제13조 제3항).

다만, 자료상혐의자료, 위장가공자료, 범칙조사 파생자료 중 세무조사에 의하지 아니하고 단순사실 확인만으로 처리할 수 있는 업무, 세무조사 과정에서 실시하는 납세자의 거래처 또는 거래상대방에 대한 사실여부 확인, 민원처리 등을 위한 현지출장 ・ 확인이나 탈세제보자료, 과세자료 등의 처리를 위한 일회성 확인업무 등의 현지확인은 중복세무조사금지원칙에 따라 금지되어야 하는 조사에 해당되지는 않는다(조사사무처

리규정 제13조 제1항 단서, 제2조 제2호).

2) 이 사건에 관하여 살피건대, 위 인정사실 및 앞서 든 증거, 갑 제14 내지 16호

증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 제1 차 세무조사의 조사대상기간은 1999사업연도이었지만 통상적으로 세무조사시 부과제 척기간인 5년의 범위 내의 모든 사항에 관한 조사가 이루어져 위 조사시 원고의 1997 사업연도부터 2001사업연도까지 전반적 사항에 관한 조사가 이루어졌고, 그 결과에 따 라 각 사업연도별 문제된 쟁점에 관하여 세액결정이 이루어진 점,② 제1차 세무조사 시 2001사업연도에 있었던 이 사건 교환사채 취득에 관한 조사도 이루어졌고, 대구지 방국세청 감사관실의 소명요구에 따라 이 사건 교환사채 취득의 업무상 필요성 및 가 격결정경위 등에 관한 소명자료를 제출하였으나, 이후 별다른 조치는 이루어지지 아니 한 점,③ 제2차 세무조사 당시 서울지방국세청은 XX그룹에 대한 주식변동조사를 하 면서 원고에 대하여도 이 사건 교환사채 인수계약서, 이사회회의록 등의 자료를 제출 받아 실지조사를 하였던 점 등에 비추어 보면, 대구지방국세청장의 제1차 세무조사와 서울지방국세청장의 제2차 세무조사가 세무조사에 착수하게 된 동기 내지는 계기가 다

없는 것이므로 제2차 세무조사는 위 조항이 정한 예외사유에 해당하지 않는다.

2) 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호의 '조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'에 해당 여부

살피건대, '조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'라 함은 중복된 세무조사를 정당화시킬 정도의 조세탈루에 관한 명백한 자료가 중복된 세무조사의 실시 전에 이미 존재하고 있는 경우를 말하는데(대법원 2006. 6. 2. 선고 2004두12070 판결 취지 참조), 피고가 제2차 세무조사 전에 작성하였다고 주장하는 원고에 대한 주 식변동서면검토조서(을 제13호증의 1) 및 교환사채 취득 및 권리행사에 따른 과세여부 검토조서(을 제13호증의 2)는 이 사건 교환사채 취득 등에 관한 검토조서이나 작성일 자가 기재되어 있지 않아 위와 같은 조서가 제2차 세무조사 전에 작성된 것인지 여부 가 불분명한 점, 피고는 인터넷에 공시된 이 사건 교환사채인수자료(을 제13호증의 3) 와 공시되지 않은 자료를 통해 알게 된 교환사채 발행을 위한 자금조달 내역, 원고가 교환사채를 매도한 경위 및 내용 등의 여러 제반 사정들을 감안하여 이 사건 교환사채 의 취득을 업무무관 대여금이라고 인정하게 된 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 교환사채의 취득과 같은 쟁점에 관하여 서울지방국세청에서 SS도시가스 주 식회사에 대하여 법인세를 부과하여 전액 납부한 점 및 을 제13호증의 1, 2, 3의 각 기재만으로는 제2차 세무조사가 '조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'라고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거도 없으므로 제2차 세무조사는 위 조항이 정한 예외사유에도 해당하지 않는다.

㈐ 중복조사금지원칙에 위배한 세무조사에 근거한 부과처분의 적법 여부

살피건대, 중복조사금지원칙은 납세자의 영업의 자유 및 프라이버시 침해 방지 및 자의적인 세무조사에 대한 사전적 통제를 통하여 납세자의 권리를 절차적인 측면에서 보장함을 목적으로 하고 있는 점에 비추어, 중복조사금지원칙에 위배한 세무조사에 기 초하여 이루어진 과세처분은 위법하다고 할 것이다(대법원 2006. 6. 2. 선고 2004두

12070 판결 취지 참조).

㈑ 소결

따라서 제2차 세무조사가 국세기본법 제81조의4 제2항 및 같은 법 시행령 제63조의2의 규정에서 금지하고 있는 중복세무조사에 해당한다는 원고의 주장은 제2차 세무조사 중 제1차 세무조사의 세목과 기간이 중첩되는 '2001사업연도' 부분의 범위 내에서 이유 있다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머

지는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.