1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심...

1. 기초 사실 아래의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정된다.

[1] 원고는 사료제조업 등을 영위하는 주식회사로서 2011년 제2기부터 2015년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 동안 개인에게 사료를 공급하였다.

원고는 위 사료공급에 관하여 영(零)세율을 적용하여 세금계산서를 발급하고, 그 부가가치세를 신고하였다.

위 부가가치세 과세기간 동안 시행되던「조세특례제한법」(2011. 3. 9. 법률 제10455호로 개정되고 2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조세특례제한법’이라 한다) 제105조 제1항 제5호 마목은 ‘대통령령으로 정하는 농민’에게 사료를 공급하는 경우 부가가치세 영세율을 적용한다고 규정하였다.

위와 같이 ‘대통령령으로 정하는 농민’에 관하여「농축산임어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정」(2010. 12. 30. 대통령령 제22575호로 개정된 것, 이하 ‘이 사건 특례규정’이라 한다) 제2조 제1항은, 작물재배업축산업 등에 종사하는 자로서 개인의 경우「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」(이하 ‘농어업경영체법’이라 한다) 제4조 제1항에 따라 ‘농어업경영정보를 등록한 자’만 해당한다고 규정하였다.

[2] 중부지방국세청장이 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과, 원고의 위 사료공급 가운데 공급가액 11,185,266,329원은 농어업경영체법 제4조 제1항에 따라 농어업경영정보를 등록하지 않은 개인에게 공급한 것으로서, 영세율 적용대상이 아니라는 과세자료를 피고에게 통보하였다.

피고는 위 통보에 따라 2016. 7. 14. 원고에게 별지1 기재와...