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주문
1. 피고가 2014. 10. 1. 원고에 대하여 한 2013년도 귀속 법인세 159,088,310원의 부과 처분을...
이유
1. 처분의 경위
가. 원고는 2000. 7. 25. 화장지 등의 제조 및 도소매업을 목적으로 설립된 법인으로 2010 사업연도에는 1,013억 원, 2011 사업연도에는 1,169억 원, 2012 사업연도에는 1,243억 원, 2013 사업연도에는 1,289억 원의 매출액을 달성하였는바, 원고의 매출액이 2010 사업연도에 최초로 1,000억 원을 초과하여 중소기업에 해당하지 않게 되었으나, 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제2조 제2항 본문에 따라 2010 사업연도부터 2013 사업연도까지 유예기간의 적용을 받게 되었다.
나. 한편, 조세특례제한법 시행령의 중소기업 요건은 중소기업기본법 시행령을 준용하고 있는데, 중소기업기본법 시행령은 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정되면서 제3조 제2호에서 2011. 1. 1.부터 중소기업의 실질적 독립성의 요건으로 다목을 추가하여 ‘관계회사’에 속하는 기업이 중소기업의 규모기준을 충족할 것을 규정하였다.
이후 구 조세특례제한법 시행령은 2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되면서, 제2조 제1항 제3호 전단 및 제2조 제2항 단서에서 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 다목의 관계회사 기준을 도입하여 관계회사의 매출액 합계 등이 중소기업 제외기준을 충족하는 경우에는 제외기준 충족 당해 연도와 그 후 3년 동안 적용해주던 중소기업 유예기간을 적용하지 않도록 규정하고, 부칙 제1조에서 제2조 제1항 제3호 전단의 개정규정은 2012. 1. 1.부터 시행하도록 하였다.
다. 원고가 보유하고 있던 주식회사 미래페이퍼(이하 ‘미래페이퍼’라 한다)의 주식 변동 사항은 아래 표와 같다.
사업연도 보유주식 추가취득 주식수 취득일자 지분율(%) 2010 222,808 20...