1. 피고가 2016. 7. 20. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 법인세 1,854,302,552원, 2013 사업연도 법인세...

처분의 경위

1) 원고는 2009 사업연도 매출액이 처음으로 1,000억 원을 초과하여 중소기업에 해당하지 않게 된 회사로, 이후 사업연도 매출액도 모두 1,000억 원을 초과하였다. 2) 원고는 2000. 9.경부터 주식회사 유나이티드인터팜의 발행주식 39.39%, 2007. 8.경부터 케일럽멀티랩 주식회사의 발행주식 45%, 2009. 9.경부터 한국바이오켐제약 주식회사의 발행주식 42%를 각 보유하고 있다.

1) 한편 조세특례제한법 시행령의 중소기업 요건은 중소기업기본법 시행령을 준용하고 있는데, 중소기업기본법 시행령은 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정되면서 제3조 제2호에서 2011. 1. 1.부터 중소기업의 실질적 독립성의 요건으로 다목을 추가하여 ‘관계기업’에 속하는 기업이 중소기업의 규모기준을 충족할 것을 규정하였다. 2) 이후 조세특례제한법 시행령은 2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되면서(이하 ‘개정 조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제2조 제1항 제3호 전단 및 제2조 제2항 단서에서 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 다목의 관계기업 기준을 도입하여 관계기업의 매출액 합계 등이 중소기업 제외기준을 충족하는 경우에는 제외기준 충족 당해 연도와 그 후 3년 동안 적용해주던 중소기업 유예기간을 적용하지 않도록 규정하고, 부칙 제1조에서 제2조 제1항 제3호 전단의 개정규정은 2012. 1. 1.부터 시행하도록 하였다.

원고는 공주세무서장에게 2013. 3. 31. 2012 사업연도 법인세를, 2014. 3. 31. 2013 사업연도 법인세를, 2015. 3. 31. 2014 사업연도 법인세를, 2016. 3. 31. 2015 사업연도 법인세를 각 신고하면서, 관계기업 기준에 따라 중소기업 유예기간이 중도에 실효되었음을 전제로 연구 및 인력개발비 세액공제 계산 시 중소기업이 아닌 일반기업...