1. 피고가 2014. 10. 1. 원고에 대하여 한 2012년 귀속 법인세 741,664,160원의 부과처분을 취소한다.

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1. 처분의 경위

가. 중소기업 유예기간의 적용 원고는 1986. 2. 27. 건설업 등을 목적으로 설립된 법인으로 2009 사업연도에 매출액이 최초로 1,000억 원을 초과하여 구 조세특례제한법 시행령[2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되어 2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정된 것)’이라 한다] 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 중소기업에 해당하지 않게 되었으나, 같은 시행령 제2조 제2항 본문에 따라 2009 사업연도와 그 다음 3개 과세연도인 2010, 2011, 2012 사업연도까지 중소기업 유예기간의 적용을 받게 되었다.

나. 중소기업기본법 시행령과 조세특례제한법 시행령의 개정 경과 1) 조세특례제한법 시행령의 중소기업 요건은 중소기업기본법 시행령을 준용하고 있는데, 중소기업기본법 시행령은 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정되면서 제3조 제2호에서 중소기업의 실질적인 독립성의 요건으로 ㈐목을 추가하여 ‘관계회사’(중소기업기본법 시행령 제2조 제3호 참조)에 속하는 기업의 경우에는 제7조의2에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액이 제3조 제1호에 따른 기준을 초과하는 기업이 아닐 것‘을 규정하였고, 그 부칙 제1조 제1호는 제3조 제2호 ㈐목의 개정규정은 2011. 1. 1.부터 시행하도록 하였다. 2) 이후 조세특례제한법 시행령이 2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되면서, 제2조 제1항 제3호 전단에서 ‘실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 ㈎목부터 ㈐목까지의 규정에 적합할 것'을 규정하면서, 후단에서"이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 ㈐목을 적용할 때 '중소기업기본법...