원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

상고이유를 판단한다.

1. 구 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것) 제17조 제1항, 제2항 제6호는 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액을 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 하는 한편, 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것) 제61조 제1항 등은 ‘사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분하는 방법 등으로 계산한다’고 규정하고 있다.

따라서 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 한다

(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두10389 판결 등 참조). 2. 원심판결 이유와 기록에 의하면, ① 원고는 다수의 협력업체들로부터 매입한 각종 과세 및 면세 상품을 원고의 직영점을 통해 최종소비자에게 판매하거나 다른 사업자가 운영하는 상품취급점 등에 판매하는 ‘상품유통업’을 영위한 사실, ② 이를 위하여 원고는 협력업체들로 하여금 직영점 등 판매처로 상품을 납품하도록 하는 이 사건 직매입 거래계약을 체결한 사실, ③ 원고는 협력업체들이 희망하는 경우에는 물류센터를 이용하여 납품할 수 있도록 하되, 이를 위해 별도로 배송수수료 계약을 체결하여 협력업체가 각종 상품을 물류센터에 입고하면 원고가 물류대행업체를 통해 직영점 등...