사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 한다.

[1] 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우, 과세사업과 면세사업에 관련된 매입세액을 실지귀속에 따라 계산하여야 하는지 여부(원칙적 적극)

[2] 협력업체들로부터 매입한 각종 상품을 자신의 직영점을 통해 최종소비자에게 판매하거나 다른 사업자가 운영하는 상품취급점에 판매하는 ‘상품유통업’, 협력업체가 각종 상품을 물류센터에 입고시키면 이를 자신의 직영점 또는 상품취급점으로 운송하는 ‘물류대행업’ 등을 영위하는 갑 주식회사가 부가가치세 신고 시 물류대행업에 대한 매입세액을 과세·면세 겸영사업인 상품유통업과 관련된 공통매입세액으로 보고 신고한 사안에서, 매입세액인 물류용역비용은 과세사업인 물류대행업에 관련된 것으로 보는 것이 옳은데도 과세사업인 물류대행업뿐만 아니라 과·면세사업인 상품유통업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당한다고 본 원심 판단에 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다고 한 사례

[1] 구 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것) 제17조 제1항 (현행 제37조 제2항 참조), 제2항 제6호 (현행 제39조 제1항 제7호 참조), 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것) 제61조 제1항 (현행 부가가치세법 제40조 및 현행 부가가치세법 시행령 제81조 제1항 참조) [2] 구 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것) 제17조 제1항 (현행 제37조 제2항 참조), 제2항 제6호 (현행 제39조 제1항 제7호 참조), 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것) 제61조 제1항 (현행 부가가치세법 제40조 및 현행 부가가치세법 시행령 제81조 제1항 참조)

[1] 대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두10389 판결 (공2009하, 1347)

주식회사 에브리데이리테일 (소송대리인 변호사 이재홍 외 4인)

중부세무서장 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 조철호 외 3인)

서울고법 2016. 8. 18. 선고 2015누59527 판결

원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

상고이유를 판단한다.

1. 구 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것) 제17조 제1항 , 제2항 제6호 는 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액을 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 하는 한편, 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것) 제61조 제1항 등은 ‘사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분하는 방법 등으로 계산한다’고 규정하고 있다.

따라서 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 한다 ( 대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두10389 판결 등 참조).

2. 원심판결 이유와 기록에 의하면, ① 원고는 다수의 협력업체들로부터 매입한 각종 과세 및 면세 상품을 원고의 직영점을 통해 최종소비자에게 판매하거나 다른 사업자가 운영하는 상품취급점 등에 판매하는 ‘상품유통업’을 영위한 사실, ② 이를 위하여 원고는 협력업체들로 하여금 직영점 등 판매처로 상품을 납품하도록 하는 이 사건 직매입 거래계약을 체결한 사실, ③ 원고는 협력업체들이 희망하는 경우에는 물류센터를 이용하여 납품할 수 있도록 하되, 이를 위해 별도로 배송수수료 계약을 체결하여 협력업체가 각종 상품을 물류센터에 입고하면 원고가 물류대행업체를 통해 직영점 등 판매처로 운송하는 물류대행용역을 공급하고 그 대가로 협력업체로부터 이 사건 매출세액인 ‘물류대행수수료’를 지급받는 ‘물류대행업’을 영위한 사실, ④ 한편 원고는 물류대행용역을 수행하기 위하여 물류창고를 보유하고 있는 물류대행업체들과 사이에 이 사건 물류대행계약을 체결하여 물류센터에 입고된 상품의 보관, 전국에 있는 물류센터로의 수송, 직영점 등 판매처로의 배송 및 이에 부수되는 업무에 관련한 용역을 제공받았고, 그 대가로 이 사건 매입세액인 ‘물류용역비용’을 지출하고 이를 물류대행업 관련 비용으로 구분하여 기장한 사실, ⑤ 이 사건 물류대행업체들은 원고가 상품발주서를 통해 협력업체에 발주한 상품이 물류센터로 입고되면 그에 관한 주문처리와 상품의 검수, 분류 및 보관(재고관리) 등의 과정을 거쳐 배송을 하고, 그 밖에 반품 업무와 전표처리 및 전산마감처리 등의 용역을 원고에게 제공한 사실 등을 알 수 있다.

3. 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 매입세액인 물류용역비용은 원고가 협력업체들로부터 위탁받은 물류대행용역을 제공하는 데 소요되는 비용으로서 물류대행업으로 인한 이 사건 매출세액에 대응하는 것으로 볼 수 있는 점, 원고가 상품유통업을 영위하는 데 물류용역비용이 필수적으로 소요되는 것은 아니라는 점, 원고는 상품유통업과는 별도의 물류대행업을 영위하면서 이 사건 매입세액을 물류대행업에 관련한 비용으로 회계처리하여 그 기장상의 구분도 확연한 점 등을 종합하여 볼 때 이 사건 매입세액은 과세사업인 물류대행업에 관련된 것으로 보는 것이 옳다.

그런데도 원심은 이와 달리 그 판시와 같은 이유만으로 이 사건 매입세액이 과세사업인 물류대행업뿐만 아니라 과·면세사업인 상품유통업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당한다고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 과세사업과 면세사업에 관련된 매입세액의 구분방법에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

4. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 박병대(재판장) 박보영 권순일(주심) 김재형